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wxwsunny87

金虫 (小有名气)

[交流] 关于DS中的Cdocker 已有6人参与

在用CDOCKER做native docking时,为什么对接出来结果的配体构象和原来晶体配合物中的配体构象是反的?
原来以为是给蛋白做了优化的原因,后来蛋白没有做优化,只是加了力场,结果还是反的,求解~
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yaohua009

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-01-11 19:48:13
我也碰到过同样的情况,对接出来的结果与杂志上的对接图相比较,小分子的方向是反的,但有的是一样的。
6楼2011-11-25 19:29:39
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PSA

专家顾问 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-11-25 10:32:42
对接方法不可靠呀
2楼2011-11-24 15:50:37
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blue_cat

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-25 10:32:49
换别的对接程序试试,如果只有ds,可以试试ligandfit和libdock
DS
3楼2011-11-24 18:09:35
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wxwsunny87

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by blue_cat at 2011-11-24 18:09:35:
换别的对接程序试试,如果只有ds,可以试试ligandfit和libdock

我还试了薛定谔里的Glide,也是反的
我正在试Libdock和ligandfit
4楼2011-11-24 22:04:43
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