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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 关于DS中的Cdocker
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wxwsunny87

金虫 (小有名气)

[交流] 关于DS中的Cdocker 已有6人参与

在用CDOCKER做native docking时，为什么对接出来结果的配体构象和原来晶体配合物中的配体构象是反的？
原来以为是给蛋白做了优化的原因，后来蛋白没有做优化，只是加了力场，结果还是反的，求解~
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1楼 2011-11-24 09:34:11
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PSA

专家顾问 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-11-25 10:32:42
对接方法不可靠呀
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2楼2011-11-24 15:50:37
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blue_cat

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-25 10:32:49
换别的对接程序试试，如果只有ds，可以试试ligandfit和libdock
赞一下(2人) 回复此楼
DS
3楼2011-11-24 18:09:35
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wxwsunny87

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by blue_cat at 2011-11-24 18:09:35:
换别的对接程序试试，如果只有ds，可以试试ligandfit和libdock

我还试了薛定谔里的Glide，也是反的
我正在试Libdock和ligandfit
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4楼2011-11-24 22:04:43
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1994yw

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by PSA at 2011-11-24 15:50:37:
对接方法不可靠呀

绝对正解，做过得都明白
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5楼2011-11-25 11:20:14
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yaohua009

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-01-11 19:48:13
我也碰到过同样的情况，对接出来的结果与杂志上的对接图相比较，小分子的方向是反的，但有的是一样的。
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6楼2011-11-25 19:29:39
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wxwsunny87

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yaohua009 at 2011-11-25 19:29:39:
我也碰到过同样的情况，对接出来的结果与杂志上的对接图相比较，小分子的方向是反的，但有的是一样的。

那你后来是怎么处理的呢？
可以通过调参数加限制的方法解决么？
谢谢哈！
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7楼2011-11-26 08:50:55
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870609

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-01-11 19:48:19
cdocker的结果不太可靠，把其他对接方法都用一遍找个这种一点的结果比较靠谱
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8楼2012-01-09 09:46:52
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wxwsunny87

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 870609 at 2012-01-09 09:46:52:
cdocker的结果不太可靠，把其他对接方法都用一遍找个这种一点的结果比较靠谱

我试过了其他的一些对接方法，有的还是反的，不过这一步已经做完啦~
还是谢谢~
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9楼2012-01-10 09:19:04
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wwb168

银虫 (小有名气)
配体也要加力场的
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10楼2012-04-27 09:29:36
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