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centian2004

金虫 (正式写手)

[求助] 我该如何表达我的膜蛋白

各位老师：
     您们好！近来，我刚刚做真核表达一个膜蛋白受体，检测这个受体的吞噬功能。对于一个新手来说，实在是碰到了很多难处。想请教大家，希望能得到帮助。
我查了我所要表达的膜蛋白情况，mRNA有2个isoforms（1型和2型），但由同一基因编码。看了一些文献，决定表达2型的这个膜蛋白受体。有几个问题请教：
1）        我表达这个受体，是不是只需要表达CDS部分就可以了吗？（这一部分有起始密码子和终止密码子）
2）        如果只表达CDS部分，翻译后的蛋白会在细胞膜上出现吗？这种在膜上的信息是否在CDS中？
3）        我用verctor 软件看了mRNA结构，发现除了CDS外，还有好多exon，这些enox表达蛋白吗？（CDS只包含了部分enox）我看了这些exon第一个密码子，不是表达蛋白的起始密码子ATG，我想知道这些exon有什么作用，对CDS会有什么影响。
4）        我在查找这个受体时，genebank以C57BL小黑鼠的mRNA，而我所需要的是Balb/c的mRNA则没有。用C57BL的CDS为模板设计引物，会不会不能扩增不出来这个蛋白表达RNA。即C57BL 和Balb/c 这个蛋白的RNA差异大吗？我该怎么办？
我所表达的这个膜蛋白是：CD204（小鼠）。谢谢大家！

[ Last edited by centian2004 on 2011-11-18 at 22:45 ]
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1楼 2011-11-18 22:39:41
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凡子1985

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

centian2004(金币+40): 谢谢您！ 2011-11-19 12:40:21
1）        我表达这个受体，是不是只需要表达CDS部分就可以了吗？（这一部分有起始密码子和终止密码子）
对
2）        如果只表达CDS部分，翻译后的蛋白会在细胞膜上出现吗？这种在膜上的信息是否在CDS中？
对
3）        我用verctor 软件看了mRNA结构，发现除了CDS外，还有好多exon，这些enox表达蛋白吗？（CDS只包含了部分enox）我看了这些exon第一个密码子，不是表达蛋白的起始密码子ATG，我想知道这些exon有什么作用，对CDS会有什么影响。
为什么要用软件看mRNA的结构呢，所有外含子和CDS信息在NCBI上都显示了啊，CDS是包含在exon里面的，比如有些基因有3个外显子，但实际编码蛋白的只是其中的一个内含子的一段序列，其实这个问题很简单，所谓外含子就是最后在成熟mRNA中出现的序列，所谓CDS就是最后在蛋白质中对应的序列，mRNA不一定整个都翻译成蛋白，所以你表达蛋白时只需扩增你的CDS片段就好了，当然只是针对你表达蛋白而言，要研究其他的就另当别论了，至于不编码的外显子序列当然是有作用的，但作用不一
4）        我在查找这个受体时，genebank以C57BL小黑鼠的mRNA，而我所需要的是Balb/c的mRNA则没有。用C57BL的CDS为模板设计引物，会不会不能扩增不出来这个蛋白表达RNA。即C57BL 和Balb/c 这个蛋白的RNA差异大吗？我该怎么办？
你只要查到小鼠的序列就行了，而不管他提供的小鼠的品系，记住品系和种差别很大，一般的品系之间基因差别几乎可以忽略不计，SNP的差别而已。所以放心做。
我所表达的这个膜蛋白是：CD204（小鼠）。谢谢大家！
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2楼2011-11-19 05:32:00
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