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胡乱走走2011

银虫 (著名写手)

[交流] 1500bp全长的序列,设计引物时一般期望产物长度为多长呢? 已有3人参与

如题,我有一序列全长1464bp,设计引物时pcr product size一般为多少最好呢?谢谢。
设计了很多对引物,做了pcr梯度扩增,但都没有条带。
酶和模板都没有问题,操作应该不会有什么问题。
该从哪里改进呢?谢谢高手指点。
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Things change, people grow.
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dnaxxx

至尊木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
wanhscn(金币+2): 是的!很热心! 2011-11-16 16:20:06
引用回帖:
4楼: Originally posted by love_st at 2011-11-16 10:32:23:
看你试验目的绝对你要P的产物大小,在这前提下,去设计引物,我想对于单一的PCR扩增的引物设计还是非常简单的,没有做出来的因素实在太多

是啊,得看你自己的实验目的。如果你需要全长基因,那肯定是从起始密码子到终止密码子都要,要是你只要其中一段,只要不导致密码子移位就行。怎么会提“设计引物时一般期望产物长度为多长呢”这样的问题呢。

不过全长可能还真不太好扩,毕竟起始密码子附近AT多,引物不太好设计,只能对着软件不断更改引物长度,选一个最佳的引物长度,我一般用primer premier 5看引物
5楼2011-11-16 10:48:07
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yesucao

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
wanhscn(金币+2): 鼓励应助!谢谢! 2011-11-16 10:22:10
PCR一直没有P出来,不知道楼主之前设计的引物是多长的??是不是设计的引物太短了??延伸的时间是多少??
2楼2011-11-15 18:56:10
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胡乱走走2011

银虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yesucao at 2011-11-15 18:56:10:
PCR一直没有P出来,不知道楼主之前设计的引物是多长的??是不是设计的引物太短了??延伸的时间是多少??

先谢谢2楼。引物20个bp,应该不算短吧?延伸2分钟,可以吗?
Things change, people grow.
3楼2011-11-15 21:32:44
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love_st

金虫 (著名写手)


★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
1楼: Originally posted by 胡乱走走2011 at 2011-11-15 13:49:44:
如题,我有一序列全长1464bp,设计引物时pcr product size一般为多少最好呢?谢谢。
设计了很多对引物,做了pcr梯度扩增,但都没有条带。
酶和模板都没有问题,操作应该不会有什么问题。
该从哪里改进呢?谢谢 ...

看你试验目的绝对你要P的产物大小,在这前提下,去设计引物,我想对于单一的PCR扩增的引物设计还是非常简单的,没有做出来的因素实在太多
4楼2011-11-16 10:32:23
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