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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 1500bp全长的序列，设计引物时一般期望产物长度为多长呢？
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胡乱走走2011

银虫 (著名写手)

[交流] 1500bp全长的序列，设计引物时一般期望产物长度为多长呢？ 已有3人参与

如题，我有一序列全长1464bp，设计引物时pcr product size一般为多少最好呢？谢谢。
设计了很多对引物，做了pcr梯度扩增，但都没有条带。
酶和模板都没有问题，操作应该不会有什么问题。
该从哪里改进呢？谢谢高手指点。
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Things change, people grow.
1楼 2011-11-15 13:49:44
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love_st

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1楼: Originally posted by 胡乱走走2011 at 2011-11-15 13:49:44:
如题，我有一序列全长1464bp，设计引物时pcr product size一般为多少最好呢？谢谢。
设计了很多对引物，做了pcr梯度扩增，但都没有条带。
酶和模板都没有问题，操作应该不会有什么问题。
该从哪里改进呢？谢谢 ...

看你试验目的绝对你要P的产物大小，在这前提下，去设计引物，我想对于单一的PCR扩增的引物设计还是非常简单的，没有做出来的因素实在太多
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-11-16 10:32:23
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yesucao

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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wanhscn(金币+2): 鼓励应助！谢谢! 2011-11-16 10:22:10
PCR一直没有P出来，不知道楼主之前设计的引物是多长的？？是不是设计的引物太短了？？延伸的时间是多少？？
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2楼2011-11-15 18:56:10
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胡乱走走2011

银虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yesucao at 2011-11-15 18:56:10:
PCR一直没有P出来，不知道楼主之前设计的引物是多长的？？是不是设计的引物太短了？？延伸的时间是多少？？

先谢谢2楼。引物20个bp，应该不算短吧？延伸2分钟，可以吗？
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Things change, people grow.
3楼2011-11-15 21:32:44
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dnaxxx

至尊木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wanhscn(金币+2): 是的！很热心！ 2011-11-16 16:20:06
引用回帖:
4楼: Originally posted by love_st at 2011-11-16 10:32:23:
看你试验目的绝对你要P的产物大小，在这前提下，去设计引物，我想对于单一的PCR扩增的引物设计还是非常简单的，没有做出来的因素实在太多

是啊，得看你自己的实验目的。如果你需要全长基因，那肯定是从起始密码子到终止密码子都要，要是你只要其中一段，只要不导致密码子移位就行。怎么会提“设计引物时一般期望产物长度为多长呢”这样的问题呢。

不过全长可能还真不太好扩，毕竟起始密码子附近AT多，引物不太好设计，只能对着软件不断更改引物长度，选一个最佳的引物长度，我一般用primer premier 5看引物
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5楼2011-11-16 10:48:07
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