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churmi

银虫 (正式写手)

[求助] 16rRNA序列酶切后,带型相同的菌株被确认在哪个分类水平了?

如题啊

16rRNA序列酶切后,带型相同的菌株被确认在哪个分类水平了?

是属,目科,还是门纲的?谢谢
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匿名

用户注销 (著名写手)


zhang8826857(金币+1): 鼓励应助 2011-11-11 08:35:01
本帖仅楼主可见
2楼2011-11-11 02:55:27
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mingzhu392

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

带标准菌株一起酶切呀!
3楼2011-11-13 09:21:48
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candice_fly

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhang8826857(金币+5): 鼓励新虫 2011-11-14 15:52:49
你做酶切是为了分类?好像不行吧,应该是测序,序列提交NCBI才可以分类的,酶切条带相同,只是说明这两个片段是一个目的基因片段。类似于基因组文库,区分假阳性后,酶切,不同条带的送测,然后鉴定。这是我的个人理解,希望多交流
4楼2011-11-14 11:34:35
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xinongfish

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

还是要测序的,酶切只是为了缩小比对范围,这样如果带型和你的对照菌株相同的话,可能目的性更强。
5楼2011-11-14 15:31:26
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wangsongwei

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

酶切后确定相同与否,还是要测序的。测序后比对建立16s系统发育树即可
6楼2011-11-30 10:20:45
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chenchuan24891

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhang8826857(金币+5): 鼓励新虫 2011-11-30 11:11:38
仅仅是酶切是不能对菌种进行分类的,酶切之后还得测序的,不是说作了酶切就行的,得出测序结果后,还行作个同源比对,这个比对有专门的软件,很方便和简单的。这样就能确定你的菌种哪个种属的,或者是不是新种,如是你就开心了。
7楼2011-11-30 10:43:32
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vaivaiann

铜虫 (小有名气)


zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-12-28 11:48:36
我在做酶切  发现酶切结果和测序结果又一定的冲突。比如同一个酶切图谱包含几个属的细菌,同时同一个属的细菌又有几种酶切图谱。不知道各位有经验的同学有没有这种情况?鉴于这种情况的  我的数据没法往下分析了
8楼2011-12-26 19:16:12
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vaivaiann

铜虫 (小有名气)

求帮助
9楼2011-12-28 10:01:06
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20093651

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

酶切只是为了缩小比对范围,这样如果带型和你的对照菌株相同的话,可能目的性更强。但最终还是要测序的
但行好事,莫问前程
10楼2013-05-27 23:28:05
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