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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Coarse - graining 模型中Lennard - Jones 势能函数的指数是怎么调整的？
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q1036210267

木虫 (正式写手)

[求助] Coarse - graining 模型中Lennard - Jones 势能函数的指数是怎么调整的？

Sample Text一般力场中 都选择L-J( 12 - 6 ),但是在  Coarse grained 模型中L-J参数需要自己去调整，有的选择L-J( 9 - 6 ), 也有用L-J( 8.5 - 4 )，我想问下，这些参数是怎么选择和调整的，有什么依据和方法, 万分Sample Text感谢！！！

一般的 L - J 势能方程



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生活中坚持快乐的原则不改变，学习工作中踏实上进！`~`
1楼 2011-11-09 17:41:34
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sdwp1233

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-11-10 21:11:50
q1036210267(金币+3): 2011-11-11 20:26:34
自定义力场里面可以调整，你可以自己建一个力场文件，然后选着相应的LJ势能函数。但是没有L-J( 8.5 - 4 )。
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2楼2011-11-10 16:07:21
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q1036210267

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sdwp1233 at 2011-11-10 16:07:21:
自定义力场里面可以调整，你可以自己建一个力场文件，然后选着相应的LJ势能函数。但是没有L-J( 8.5 - 4 )。

您的意思，就是LJ 指数都是整数，对吗？
还有  Coarse grained 模型中 非键 的能量是怎么处理的？
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3楼2011-11-10 16:36:10
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-11-10 21:11:36
引用回帖:
3楼: Originally posted by q1036210267 at 2011-11-10 16:36:10:
您的意思，就是LJ 指数都是整数，对吗？
还有  Coarse grained 模型中 非键 的能量是怎么处理的？

MS中mesocite模块，可以自己定义介观力场。。。
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好好学习，天天向上。
4楼2011-11-10 19:58:44
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q1036210267

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zyj8119 at 2011-11-10 19:58:44:
MS中mesocite模块，可以自己定义介观力场。。。

您能具体 说下 怎么去调整  有效非键   的参数的吗？
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5楼2011-11-11 14:38:44
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
q1036210267(金币+7): 2011-11-11 20:25:41
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-12 09:23:01
引用回帖:
5楼: Originally posted by q1036210267 at 2011-11-11 14:38:44:
您能具体 说下 怎么去调整  有效非键   的参数的吗？

自己做力场不现实，你得查文献，自己记载有用的力场数据，自己做力场，估计需要的数学水平很高。
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好好学习，天天向上。
6楼2011-11-11 20:21:56
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q1036210267

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zyj8119 at 2011-11-11 20:21:56:
自己做力场不现实，你得查文献，自己记载有用的力场数据，自己做力场，估计需要的数学水平很高。

好的， 我知道了。谢谢
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7楼2011-11-11 20:25:26
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-11-12 09:23:10
对于CG体系，一般需要对应AAMD体系，并且CG作用参数需要符合AA体系的某个物理量（一般是热力学物理量）：
1）：Lipid membrane体系，或者以膜表面张力为拟合标准，或者以每个磷脂分子的表面积为你和标准。
2）：高分子体系，或者是以溶度参数为标准，或者以RDF为标准，或者以界面张力为标准，等等

标准不同，即使同一个作用函数（例如9-6势），得到的参数也不一定相同，因为拟合得到的力场参数以某一个或某几个热力学量为标准，并不能符合所有的热力学量。
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8楼2011-11-11 23:04:01
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q1036210267

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by tianlangxingaa at 2011-11-11 23:04:01:
对于CG体系，一般需要对应AAMD体系，并且CG作用参数需要符合AA体系的某个物理量（一般是热力学物理量）：
1）：Lipid membrane体系，或者以膜表面张力为拟合标准，或者以每个磷脂分子的表面积为你和标准。
2）： ...

好的，我知道了，多谢啦
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9楼2011-11-13 13:33:25
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chuntao118

新虫 (著名写手)
各位亲。你们是用软件在做粗粒化研究那还是自己编写程序的，有自己编写程序的，我想请教个问题，就是在模拟时，我们要多对参数无量纲化，但是在这里面要是用到beta=波尔兹曼常数乘以温度的倒数时，怎么无量纲这里面的beta 那？谢谢！！
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10楼2014-05-17 12:14:10
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