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hqc87铁虫 (小有名气)
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[求助]
某基因在某些大麦品系很难扩出的原因
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设计了引物想扩大麦的一个转录因子基因，用的就是基因组DNA做模板来扩增，模板质量经检测没有问题，浓度调整到200ng/ul左右用于扩增的，此基因GC含量70%，加了DMSO还是轻易能扩出，问题是我有八个大麦品种，为什么两个品种条带很弱很弱，其他六个很亮很亮，重复几次还是这样，考虑到引物区在这两个品种中存在SNP的可能性，所以又设计了一对引物，结果扩增结果还是那两个品种很弱，有可能是这两个品系中该基因拷贝少么？还有其他原因么？请各位看官、大虾分析分析 [ Last edited by hqc87 on 2011-11-3 at 21:24 ] |
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 生物科学 |
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2楼2011-11-16 08:47:12
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【答案】应助回帖
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silicare(金币+3, BioEPI+1): 2011-11-17 12:25:15
hqc87(金币+4): 2011-11-18 05:14:11
silicare(金币+3, BioEPI+1): 2011-11-17 12:25:15
hqc87(金币+4): 2011-11-18 05:14:11
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既然是不同品种，那片段序列就可能不同啊。 第一点：有时候高GC含量区域并不是简单的加DMSO就能解决的，DMSO的量也有讲究的，而一些复杂二级结构的区域也会造成扩增效果不好，商品化的buffer比你自己加DMSO要好一些，也不贵，就几十块钱而已。TAKARA的GCbuffer就有两种，可见这类buffer的最佳配方要根据情况而定呢。 第二点：既然是不同的品系，那么序列就会有差异，你确定你选择的引物互补序列是绝对保守的吗？？有没有可能那两个品系里引物互补序列发生变化导致不完美互补？？ |
4楼2011-11-17 08:58:07
hqc87
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