应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 某基因在某些大麦品系很难扩出的原因
51/1返回列表
查看: 880  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看

hqc87

铁虫 (小有名气)

[求助] 某基因在某些大麦品系很难扩出的原因

设计了引物想扩大麦的一个转录因子基因，用的就是基因组DNA做模板来扩增，模板质量经检测没有问题，浓度调整到200ng/ul左右用于扩增的，此基因GC含量70%，加了DMSO还是轻易能扩出，问题是我有八个大麦品种，为什么两个品种条带很弱很弱，其他六个很亮很亮，重复几次还是这样，考虑到引物区在这两个品种中存在SNP的可能性，所以又设计了一对引物，结果扩增结果还是那两个品种很弱，有可能是这两个品系中该基因拷贝少么？还有其他原因么？请各位看官、大虾分析分析

[ Last edited by hqc87 on 2011-11-3 at 21:24 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

生物科学

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-11-03 21:22:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

terry130

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

hqc87(金币+1): 谢谢回复！ 2011-11-16 23:11:02
高GC含量的区域有时会这样的。你可以试试TAKARA的EX taq 配上 GC buffer。这套组合在我们实验室里用来扩高GC含量模板效果蛮好的
赞一下 回复此楼
摒气动方息，宁神心自明。
2楼2011-11-16 08:47:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hqc87

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by terry130 at 2011-11-16 08:47:12:
高GC含量的区域有时会这样的。你可以试试TAKARA的EX taq 配上 GC buffer。这套组合在我们实验室里用来扩高GC含量模板效果蛮好的

谢谢回复！我在扩增时也加了DMSO 问题是在模板DNA的质量保证都没问题的情况下，为什么6个大麦品种能扩出很强的带，而其他两个品种却很弱很弱？
赞一下 回复此楼
3楼2011-11-16 23:09:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

terry130

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
silicare(金币+3, BioEPI+1): 2011-11-17 12:25:15
hqc87(金币+4): 2011-11-18 05:14:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by hqc87 at 2011-11-16 23:09:54:
谢谢回复！我在扩增时也加了DMSO 问题是在模板DNA的质量保证都没问题的情况下，为什么6个大麦品种能扩出很强的带，而其他两个品种却很弱很弱？

既然是不同品种，那片段序列就可能不同啊。
第一点：有时候高GC含量区域并不是简单的加DMSO就能解决的，DMSO的量也有讲究的，而一些复杂二级结构的区域也会造成扩增效果不好，商品化的buffer比你自己加DMSO要好一些，也不贵，就几十块钱而已。TAKARA的GCbuffer就有两种，可见这类buffer的最佳配方要根据情况而定呢。
第二点：既然是不同的品系，那么序列就会有差异，你确定你选择的引物互补序列是绝对保守的吗？？有没有可能那两个品系里引物互补序列发生变化导致不完美互补？？
赞一下(1人) 回复此楼
摒气动方息，宁神心自明。
4楼2011-11-17 08:58:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hqc87

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by terry130 at 2011-11-17 08:58:07:
既然是不同品种，那片段序列就可能不同啊。
第一点：有时候高GC含量区域并不是简单的加DMSO就能解决的，DMSO的量也有讲究的，而一些复杂二级结构的区域也会造成扩增效果不好，商品化的buffer比你自己加DMSO要好 ...

这个我也考虑过引物结合序列存在SNP的可能性，所以重新设计了另一对引物，两对引物的结果都是这两个品种条带很弱，但条带大小和其他品种一样，明天试着把这两个品种的扩增产物做模板进行二次扩增，看能不能得到强的条带 然后克隆测序看看 到底怎么回事，谢谢给我思考这个问题 金币都送给你了 呵呵
赞一下 回复此楼
5楼2011-11-18 05:13:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hqc87 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿南京理工大学085701资源与环境302分求调剂 +3 葵梓卫队 2026-03-18 5/250 2026-03-19 19:35 by 给你你注意休息
[考研] 266求调剂 +5 阳阳哇塞 2026-03-14 10/500 2026-03-19 15:08 by 阳阳哇塞
[考研] 317求调剂 +3 申子申申 2026-03-19 6/300 2026-03-19 14:16 by 申子申申
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-17 7/350 2026-03-18 20:41 by Wangjingyue
[考研] 0854可跨调剂，一作一项核心论文五项专利，省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 070300化学319求调剂 +6 锦鲤0909 2026-03-17 6/300 2026-03-18 13:22 by Iveryant
[考研] 268求调剂 +6 简单点0 2026-03-17 6/300 2026-03-18 09:04 by 无际的草原
[基金申请] 被我言中：新模板不强调格式了，假专家开始管格式了 +4 beefly 2026-03-14 4/200 2026-03-17 22:04 by 黄鸟于飞Chao
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 318求调剂 +3 Yanyali 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:41 by houyaoxu
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油！? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[基金申请] 现在如何回避去年的某一个专家，不知道名字 +3 zk200107 2026-03-12 6/300 2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +3 小匕仔汁 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:17 by vgtyfty
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭