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紫米粥

新虫 (初入文坛)

[求助] DNA电泳图，奇怪的条带，大家帮我解解惑分析下吧


RNA从肝脏中提取，共有两只动物的。从左到右依次是：1号动物目的基因（380bp---PRPS）四个温度，1号动物内参（299bp----Mgapdh）四个温度，2号动物目的基因（380bp---PRPS）四个温度，100bp DNA ladder ，2号动物内参（299bp----Mgapdh）四个温度。电泳条件：100v，40min。
内参跑得比较猥琐。。。。目的基因在100bp有条带是蛋白质污染么？
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1楼 2011-11-03 20:02:29
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紫米粥

新虫 (初入文坛)
1949stone: maker很委屈啊 2011-11-03 22:12:20
是maker跑得比较猥琐。。。
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2楼2011-11-03 20:06:15
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gao-feng

铁杆木虫 (著名写手)

疯子

【答案】应助回帖

是不是胶问题，应为MARKER都跑得不算很好。提高退火温度试试。或者做一个梯度PCR优化退火温度。
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开开心心做科研，踏踏实实做好人。
3楼2011-11-03 22:09:46
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longrna

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

1.猥琐问题：100bp Marker(100-1000bp)的DNA片段要用2%的gel来跑，那样Marker就不猥琐了。如果想跑得漂亮些，电压不要过大，6-7V/cm
2.RNA从肝脏提取？直接合一链扩的吗？100bp有条带建议去比比引物看除了目的片段还会扩出来什么。
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伟大航线....
4楼2011-11-04 09:20:11
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紫米粥

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by longrna at 2011-11-04 09:20:11:
1.猥琐问题：100bp Marker(100-1000bp)的DNA片段要用2%的gel来跑，那样Marker就不猥琐了。如果想跑得漂亮些，电压不要过大，6-7V/cm
2.RNA从肝脏提取？直接合一链扩的吗？100bp有条带建议去比比引物看除了目的片 ...

是从肝脏提取，然后用天根的cDNA第一链合成试剂盒反转。
后来把引物量和模版量都降下来了，目的片段不明显，100bp条带还是很多，怎么看引物还合成了什么片段呢？引物都在20bp左右，会不会是形成了引物四聚体。。。。还是引物设计得不好呢
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5楼2011-11-21 09:38:04
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NEVER000

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

是胶的浓度的问题，而且你的目的条带很少，是不是P的时候条件还没摸出来啊，可以考虑下引物问题
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6楼2011-11-21 15:08:21
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bbwalkman

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

多大浓度的胶啊，是有点猥琐，我感觉引物是不是有点问题啊，估计是有dimer吧、、、、
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7楼2011-11-21 16:44:20
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jocelyn2012

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4094429楼: Originally posted by 紫米粥 at 2011-11-21 09:38:04:
是从肝脏提取，然后用天根的cDNA第一链合成试剂盒反转。
后来把引物量和模版量都降下来了，目的片段不明显，100bp条带还是很多，怎么看引物还合成了什么片段呢？引物都在20bp左右，会不会是形成了引物四聚体。。 ...

把你的模板序列（如基因组序列）和引物用软件或是NCBI blast，看有多少个结合点
另外，若是蛋白质污染的话一般是在胶孔及附近有白带，所以应该不是蛋白污染
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8楼2012-05-03 14:24:15
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