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zhiyin8028金虫 (初入文坛)
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[求助]
genebank中18S，26S序列检索求助
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各位虫友： 大家好！小弟最近在做唇形科lamiaceae植物ITS序列分析，想自己设计一对引物，需要查找最好是该科内属种的18S（至少要知道18S结尾的一二百bp）和26S（至少要知道26S开始的一二百bp）（18S和26S属于保守序列）序列的部分或全部序列，根据保守序列设计引物，但是在genebank里输入检索词后，有大量的结果，但不少序列是18S-ITS1-5.8S-ITS2-26S单元的中间部分序列，关于18S和26S多数最多几十bp的片段，而且变化较大（不同文献对两段序列长度的界定也有一定差异），无法据此确定保守序列，如何在genebank里查到唇形科lamiaceae里的相关属或今源科属的18S或26S的complete sequence，或者较长的序列呢？以便根据相关序列比对，确定保守序列。自己的检索水平有限，不知道如何在上完个检索结果中找到自己需要的序列，望塔里的高手给予指导，先谢了！ 另外还有两个小问题，1能不能在ncbi里直接查找一小段核酸序列？2如何对ncbi（或者某一子库如genebank）检索结果中得到的全文进行检索？ |
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2楼2011-12-24 15:17:22
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