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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】如何找到序列中的内含子
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fanta911

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】如何找到序列中的内含子

我有几株菌测了ITS(包括18s,ITS1,5.8S.ITS2,28S),其他序列都在600左右，但是有一株菌1000多bp，据说里面有内含子，但是我不知道哪里有，也不知道怎么找内含子，因为我这个序列要提交到GENBANK,所以要把有内含子的部分注释出来，请高手指点！
非常感谢！
还有，我用sequin编辑好了序列，想通过邮件发给ncbi，但是不知道信的题目写什么，请指教
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1楼 2010-09-21 20:38:00
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linysm

银虫 (小有名气)
fanta911(金币+5): 2010-09-21 22:00:24
GTAG原则，看看编码区附近。GT--内含子-AG
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2楼2010-09-21 20:51:13
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fanta911

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by linysm at 2010-09-21 20:51:13:
GTAG原则，看看编码区附近。GT--内含子-AG

你说的我还真不是很明白，能给讲的更具体点么，或者推荐参考文献看下，非常感谢
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3楼2010-09-21 22:01:07
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linysm

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by fanta911 at 2010-09-21 22:01:07:

你说的我还真不是很明白，能给讲的更具体点么，或者推荐参考文献看下，非常感谢

上网搜索GT-AC 内含子就很多了。
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4楼2010-09-23 09:47:29
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xld1984

金虫 (小有名气)
????
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5楼2010-09-26 10:52:19
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gene001

金虫 (正式写手)

就是个普通教师
用genescan等在线分析软件就可以的呀！
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大家共同交流、共同提高！！！
6楼2010-09-26 18:59:16
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Ran2010

新虫 (初入文坛)
用blast比较基因序列和其所表达蛋白质序列，gap应该就是内含子了吧
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7楼2010-10-19 08:26:50
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