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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 请问构建系统发育树 比对菌株的选择原则
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zhymhbu

木虫 (正式写手)

[求助] 请问构建系统发育树 比对菌株的选择原则

分离得到的菌16S测序后，用NCBI的blast比对。99%相似度的就有几十个。而且都是同一个种的菌株。请问两个问题：
1 如果构建系统发育树，如何选择具体菌株进行建树。有人说过查LPSN。用模式株比对。是这样吗。我看国内微生物学报和通报上也不都是这样。有什么原则吗

2 发育树的各个分支，如何选择。比如我的菌应该是地衣芽孢杆菌，那么我建树是选择芽孢杆菌属的相似度高的菌株吗，还需要选择其他属的细菌建树吗


困惑了很久的问题，请高手赐教呀
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微生物学-发酵工程-生化工程-生化与分子生物学-环境毒理学
1楼 2011-10-09 23:50:01
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zhymhbu

木虫 (正式写手)
没人知道吗。。还是不屑于回答呀。

求帮助
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微生物学-发酵工程-生化工程-生化与分子生物学-环境毒理学
2楼2011-10-10 14:20:19
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zhen_fang

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
zhang8826857(金币+1): 鼓励帮助lz 2011-10-20 11:37:11
先去NCBI中下载你所需的比较序列，再用MEGA软件建立系统发育树。
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3楼2011-10-18 18:29:37
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david1as

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
zhang8826857(金币+1): 鼓励帮助lz 2011-10-20 11:37:18
zhymhbu(金币+1): 谢谢 2011-10-20 18:58:31
1.的确是查LPSN，用模式株比对，这样才是分类学的做法。
2.尽可能的把芽孢菌属的所有模式菌株都用来一起构树！
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4楼2011-10-20 09:48:26
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