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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求助TRFLP数据分析
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bamboozhb

禁虫 (小有名气)
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1楼 2011-09-27 23:18:22
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kingleo99

木虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by jerryzyy at 2013-05-20 08:33:54
你好，如果每个样品做了3次重复，在线比对的时候该怎么比对，是3个重复都比对吗，还是只挑一个比对就可以了。...

你好，三次重复是为了尽可能的将测序误差和酶切误差降到最低点。如果三次误差非常小（比如就是几个峰的有无这样差异）那么挑选一个峰多的去做或者其中任何一个都可以，如果三次重复差异太大了那么考虑重新做。三次重复有两种类型，第一种是真重复，比如一个地点设定一定范围后采集三分土壤样品，然后分别提取三分DNA然后分别各做一个T-RFLP。另外是三分土样混在一起然后提取三分DNA混在一起在做三个平行这样的重复。后面这种重复的重现性较好，第一种方法可能差异较大。
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科学就是发现规律，而规律是上帝创造的，认识独一上帝就是智慧。
8楼2013-05-20 16:08:01
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jerryzyy

金虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by kingleo99 at 2013-05-20 16:08:01
你好，三次重复是为了尽可能的将测序误差和酶切误差降到最低点。如果三次误差非常小（比如就是几个峰的有无这样差异）那么挑选一个峰多的去做或者其中任何一个都可以，如果三次重复差异太大了那么考虑重新做。三次 ...

你好，如果我要做主成分分析的话，T-RFs之间相差多少可以被认为是一条带。另外，我如果做多样性分析的话，比如说丰富性什么的，需不需要先将相似的条带归为一类再做。在线比对的时候需不需要呢?
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9楼2013-08-21 08:31:15
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kingleo99

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

bamboozhb(金币+10): 谢谢你了，我先看看这些文献，你说的关于T-RFLP分析的文件主要是那些呢，我在网上找了好久没有找到，你是否可以给指点一些呢，万分感激！ 2011-09-28 14:13:46
第一个图中横坐标表示TRFs或者峰（酶切后带荧光的那段）的片段大小，纵坐标表示荧光强度。第二个表格中是详细的峰所对应的片段大小，峰高，峰面积。一般用于分析主要使用的是峰面积。建议你多看看一些关于T-RFLP分析的文件，推荐个文献你看看《Statistical methods for characterizing diversity of microbial communities by analysis of terminal restriction fragment length polymorphisms of 16S rRNA genes》《 Evaluation of terminal-restrictionfragment length polymorphism analysis in contrastingmarine environments》
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科学就是发现规律，而规律是上帝创造的，认识独一上帝就是智慧。
2楼2011-09-28 11:52:26
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kingleo99

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

bamboozhb(金币+60): 谢谢你了，经过你的指点，感觉对这个东西有一点了解了。 2011-09-28 16:11:17
T-RFLP技术主要需要分析的有，计算各种多样性指数，还可以做聚类分析（如果你的样本不是只有一个的话），CCA分析。另外，可以将你的条带信息，整理好提交到MICA网站上进行在线比对，从而确定你的那些峰所代表的具体为那个门类的微生物，基本可以确定到属的分类水平。这些分析都在文献中有。祝你好运
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科学就是发现规律，而规律是上帝创造的，认识独一上帝就是智慧。
3楼2011-09-28 16:07:34
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chais

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by kingleo99 at 2011-09-28 16:07:34:
T-RFLP技术主要需要分析的有，计算各种多样性指数，还可以做聚类分析（如果你的样本不是只有一个的话），CCA分析。另外，可以将你的条带信息，整理好提交到MICA网站上进行在线比对，从而确定你的那些峰所代表的具 ...

请问提交到mica上的“条带信息”格式是怎么样的？
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4楼2011-11-29 21:27:25
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kingleo99

木虫 (小有名气)
在EXCEL中的第一列是你的片段的峰面积或者峰高，第二列是相应的片段大小，然后保存成CSV格式（点击EXCEL的另存为然后选择这个格式，MICA默认这个格式）。
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科学就是发现规律，而规律是上帝创造的，认识独一上帝就是智慧。
5楼2011-11-30 15:45:58
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zyz2007

金虫 (正式写手)
http://trex.biohpc.org/ 这个网站分析T-RFLP数据时需要使用的就是这种格式，该网站还可以做数据的后续分析，数据统计使用AMMI，关于该网站他们已经写了两篇文章，其中一篇发在Environmental microbiology上。呵呵，我用这个网站分析过数据，可惜不知道在上面怎么设置每个样品的重复～～～
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6楼2012-03-08 20:30:57
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jerryzyy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by kingleo99 at 2011-09-28 16:07:34
T-RFLP技术主要需要分析的有，计算各种多样性指数，还可以做聚类分析（如果你的样本不是只有一个的话），CCA分析。另外，可以将你的条带信息，整理好提交到MICA网站上进行在线比对，从而确定你的那些峰所代表的具体 ...

你好，如果每个样品做了3次重复，在线比对的时候该怎么比对，是3个重复都比对吗，还是只挑一个比对就可以了。
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7楼2013-05-20 08:33:54
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龙小娴

银虫 (小有名气)
楼主问题解决了吗？用的什么做的分析，现在在做菌群结构分析，也是生工做的STR，求指教
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10楼2013-09-12 18:11:27
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