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bamboozhb

禁虫 (小有名气)

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chais

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by kingleo99 at 2011-09-28 16:07:34:
T-RFLP技术主要需要分析的有,计算各种多样性指数,还可以做聚类分析(如果你的样本不是只有一个的话),CCA分析。另外,可以将你的条带信息,整理好提交到MICA网站上进行在线比对,从而确定你的那些峰所代表的具 ...

请问提交到mica上的“条带信息”格式是怎么样的?
4楼2011-11-29 21:27:25
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kingleo99

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

bamboozhb(金币+10): 谢谢你了,我先看看这些文献,你说的关于T-RFLP分析的文件主要是那些呢,我在网上找了好久没有找到,你是否可以给指点一些呢,万分感激! 2011-09-28 14:13:46
第一个图中横坐标表示TRFs或者峰(酶切后带荧光的那段)的片段大小,纵坐标表示荧光强度。第二个表格中是详细的峰所对应的片段大小,峰高,峰面积。一般用于分析主要使用的是峰面积。建议你多看看一些关于T-RFLP分析的文件,推荐个文献你看看《Statistical methods for characterizing diversity of microbial communities by analysis of terminal restriction fragment length polymorphisms of 16S rRNA genes》《 Evaluation of terminal-restrictionfragment length polymorphism analysis in contrastingmarine environments》
科学就是发现规律,而规律是上帝创造的,认识独一上帝就是智慧。
2楼2011-09-28 11:52:26
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kingleo99

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

bamboozhb(金币+60): 谢谢你了,经过你的指点,感觉对这个东西有一点了解了。 2011-09-28 16:11:17
T-RFLP技术主要需要分析的有,计算各种多样性指数,还可以做聚类分析(如果你的样本不是只有一个的话),CCA分析。另外,可以将你的条带信息,整理好提交到MICA网站上进行在线比对,从而确定你的那些峰所代表的具体为那个门类的微生物,基本可以确定到属的分类水平。这些分析都在文献中有。祝你好运
科学就是发现规律,而规律是上帝创造的,认识独一上帝就是智慧。
3楼2011-09-28 16:07:34
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kingleo99

木虫 (小有名气)

在EXCEL中的第一列是你的片段的峰面积或者峰高,第二列是相应的片段大小,然后保存成CSV格式(点击EXCEL的另存为然后选择这个格式,MICA默认这个格式)。
科学就是发现规律,而规律是上帝创造的,认识独一上帝就是智慧。
5楼2011-11-30 15:45:58
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