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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求助TRFLP数据分析
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流水有痕

铜虫 (初入文坛)
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10楼: Originally posted by 龙小娴 at 2013-09-12 18:11:27
楼主问题解决了吗？用的什么做的分析，现在在做菌群结构分析，也是生工做的STR，求指教

我也在做，也木有看懂看明白。
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11楼2013-10-22 09:34:34
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bamboozhb

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
12楼2013-10-24 18:47:29
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星影索蓟1990

铜虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by kingleo99 at 2011-09-28 11:52:26
第一个图中横坐标表示TRFs或者峰（酶切后带荧光的那段）的片段大小，纵坐标表示荧光强度。第二个表格中是详细的峰所对应的片段大小，峰高，峰面积。一般用于分析主要使用的是峰面积。建议你多看看一些关于T-RFLP分析 ...

弱弱的问一句，SQ代表什么？结果里面SQ那一栏是黄色的三角符号图标说明什么问题？？？
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13楼2014-05-06 10:16:41
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woshizhufeng

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by kingleo99 at 2011-09-28 16:07:34
T-RFLP技术主要需要分析的有，计算各种多样性指数，还可以做聚类分析（如果你的样本不是只有一个的话），CCA分析。另外，可以将你的条带信息，整理好提交到MICA网站上进行在线比对，从而确定你的那些峰所代表的具体 ...

你好，我在做t-rflp，结果出来了，我用的是双酶切。使用http://mica.ibest.uidaho.edu/runtrflp.php分析，引物和酶切位点都需要自己输入，但是提交后总是出现错误是怎么回事啊，请指教
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14楼2014-08-21 10:16:39
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任二宝

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by kingleo99 at 2011-09-28 16:07:34
T-RFLP技术主要需要分析的有，计算各种多样性指数，还可以做聚类分析（如果你的样本不是只有一个的话），CCA分析。另外，可以将你的条带信息，整理好提交到MICA网站上进行在线比对，从而确定你的那些峰所代表的具体 ...

前辈你好，我刚接触T-RFLP不就，也是想到MICA网站上进行在线比对，但我不清楚，要提交的文件内容要包括什么，就是你说的“条带信息整理好”具体什么意思？请帮忙，谢谢谢谢
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15楼2014-12-18 09:57:07
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任二宝

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jerryzyy at 2013-08-21 08:31:15
你好，如果我要做主成分分析的话，T-RFs之间相差多少可以被认为是一条带。另外，我如果做多样性分析的话，比如说丰富性什么的，需不需要先将相似的条带归为一类再做。在线比对的时候需不需要呢?...

楼主解决了，求帮忙
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16楼2014-12-23 16:02:57
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nanakaoyan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by kingleo99 at 2011-11-30 15:45:58
在EXCEL中的第一列是你的片段的峰面积或者峰高，第二列是相应的片段大小，然后保存成CSV格式（点击EXCEL的另存为然后选择这个格式，MICA默认这个格式）。

您好，请问真菌T-RFLP也可以在MICA网站上分析吗，细菌T-RFLP数据可以在这个网站上导出来，真菌怎么导不出来？
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17楼2015-10-13 09:52:51
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香桃木

新虫 (初入文坛)
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6楼: Originally posted by zyz2007 at 2012-03-08 20:30:57
http://trex.biohpc.org/ 这个网站分析T-RFLP数据时需要使用的就是这种格式，该网站还可以做数据的后续分析，数据统计使用AMMI，关于该网站他们已经写了两篇文章，其中一篇发在Environmental microbiology上。呵呵， ...

这个网站是如何让比对的？求教
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18楼2016-02-29 07:42:06
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