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流水有痕

铜虫 (初入文坛)

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10楼: Originally posted by 龙小娴 at 2013-09-12 18:11:27
楼主问题解决了吗?用的什么做的分析,现在在做菌群结构分析,也是生工做的STR,求指教

我也在做,也木有看懂看明白。
11楼2013-10-22 09:34:34
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bamboozhb

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

12楼2013-10-24 18:47:29
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星影索蓟1990

铜虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by kingleo99 at 2011-09-28 11:52:26
第一个图中横坐标表示TRFs或者峰(酶切后带荧光的那段)的片段大小,纵坐标表示荧光强度。第二个表格中是详细的峰所对应的片段大小,峰高,峰面积。一般用于分析主要使用的是峰面积。建议你多看看一些关于T-RFLP分析 ...

弱弱的问一句,SQ代表什么?结果里面SQ那一栏是黄色的三角符号图标说明什么问题???
13楼2014-05-06 10:16:41
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woshizhufeng

新虫 (小有名气)

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3楼: Originally posted by kingleo99 at 2011-09-28 16:07:34
T-RFLP技术主要需要分析的有,计算各种多样性指数,还可以做聚类分析(如果你的样本不是只有一个的话),CCA分析。另外,可以将你的条带信息,整理好提交到MICA网站上进行在线比对,从而确定你的那些峰所代表的具体 ...

你好,我在做t-rflp,结果出来了,我用的是双酶切。使用http://mica.ibest.uidaho.edu/runtrflp.php分析,引物和酶切位点都需要自己输入,但是提交后总是出现错误是怎么回事啊,请指教
14楼2014-08-21 10:16:39
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任二宝

新虫 (初入文坛)

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3楼: Originally posted by kingleo99 at 2011-09-28 16:07:34
T-RFLP技术主要需要分析的有,计算各种多样性指数,还可以做聚类分析(如果你的样本不是只有一个的话),CCA分析。另外,可以将你的条带信息,整理好提交到MICA网站上进行在线比对,从而确定你的那些峰所代表的具体 ...

前辈你好,我刚接触T-RFLP不就,也是想到MICA网站上进行在线比对,但我不清楚,要提交的文件内容要包括什么,就是你说的“条带信息整理好”具体什么意思?请帮忙,谢谢谢谢
15楼2014-12-18 09:57:07
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任二宝

新虫 (初入文坛)

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9楼: Originally posted by jerryzyy at 2013-08-21 08:31:15
你好,如果我要做主成分分析的话,T-RFs之间相差多少可以被认为是一条带。另外,我如果做多样性分析的话,比如说丰富性什么的,需不需要先将相似的条带归为一类再做。在线比对的时候需不需要呢?...

楼主解决了,求帮忙
16楼2014-12-23 16:02:57
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nanakaoyan

新虫 (初入文坛)

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5楼: Originally posted by kingleo99 at 2011-11-30 15:45:58
在EXCEL中的第一列是你的片段的峰面积或者峰高,第二列是相应的片段大小,然后保存成CSV格式(点击EXCEL的另存为然后选择这个格式,MICA默认这个格式)。

您好,请问真菌T-RFLP也可以在MICA网站上分析吗,细菌T-RFLP数据可以在这个网站上导出来,真菌怎么导不出来?
17楼2015-10-13 09:52:51
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香桃木

新虫 (初入文坛)

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6楼: Originally posted by zyz2007 at 2012-03-08 20:30:57
http://trex.biohpc.org/ 这个网站分析T-RFLP数据时需要使用的就是这种格式,该网站还可以做数据的后续分析,数据统计使用AMMI,关于该网站他们已经写了两篇文章,其中一篇发在Environmental microbiology上。呵呵, ...

这个网站是如何让比对的?求教
18楼2016-02-29 07:42:06
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