| 查看: 1589 | 回复: 8 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
mika金虫 (正式写手)
纳米宝贝
|
[交流]
siesta3.1并行 已有3人参与
|
||
|
我是个新手，试着编译了新版本3.1，我没有在总的服务器上编译，只是在我自己的端口编译了一下，configure之后就自动出来一个arch.make文件，其中我只修改FC=mpif90这一句（整个arch.make见最后），但是在运行mpirun的时候，出现如下错误： No species found!!! ERROR STOP from Node: 0 abort: Fortran Abort Called No species found!!! ERROR STOP from Node: 0 abort: Fortran Abort Called No species found!!! ERROR STOP from Node: 0 abort: Fortran Abort Called -------------------------------------------------------------------------- mpirun noticed that the job aborted, but has no info as to the process that caused that situation. -------------------------------------------------------------------------- 但是我看了看程序还是在运行，在.out文件的开始写着这样的内容，我用了mpirun怎么还是serial version呢？ Siesta Version: siesta-3.1 Architecture : x86_64-unknown-linux-gnu--unknown Compiler flags: mpif90 -g -O2 SERIAL version Siesta Version: siesta-3.1 Architecture : x86_64-unknown-linux-gnu--unknown Compiler flags: mpif90 -g -O2 SERIAL version * Running in serial mode >> Start of run: 23-SEP-2011 10:45:13 arch.make如下： # # This file is part of the SIESTA package. # # Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid: # E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal # and J.M.Soler, 1996- . # # Use of this software constitutes agreement with the full conditions # given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users. # .SUFFIXES: .SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90 SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--unknown FPP= FPP_OUTPUT= FC=mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) FFLAGS=-g -O2 FPPFLAGS= -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT LDFLAGS= ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= BLAS_LIBS=libblas.a LAPACK_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a BLACS_LIBS= SCALAPACK_LIBS= COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a NETCDF_LIBS= NETCDF_INTERFACE= LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS) #SIESTA needs an F90 interface to MPI #This will give you SIESTA's own implementation #If your compiler vendor offers an alternative, you may change #to it here. MPI_INTERFACE= MPI_INCLUDE= #Dependency rules are created by autoconf according to whether #discrete preprocessing is necessary or not. .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $< .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $< .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f) $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90) $< |
回复此楼» 猜你喜欢
国自科面上基金字体
已经有7人回复
-
药学383 求调剂
已经有4人回复
-
286求调剂
已经有5人回复
-
085601求调剂
已经有3人回复
-
302求调剂
已经有5人回复
-
考研化学学硕调剂，一志愿985
已经有5人回复
-
328求调剂，英语六级551，有科研经历
已经有4人回复
-
机械专硕325，寻找调剂院校
已经有5人回复
-
材料专硕306英一数二
已经有6人回复
-
伙伴们，祝我生日快乐吧
已经有26人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- （求大神）SIESTA %block Zmatrix 疑问
已经有2人回复
- siesta基组优化问题
已经有7人回复
- 使用gfortran和openmpi并行编译SIESTA(原创)
已经有2人回复
- siesta运行出现问题，Error in Cholesky factorisation in cdiag，原子间距过小，求助
已经有5人回复
- 强势增强CASTEP输出的工具：check2xsf （Windows版）
已经有165人回复
- 用MPIF90编译后的Siesta并行出错，串行没事……
已经有1人回复
- Siesta3.1识别不了NetCDF？ 如何设置INTERFACE?
已经有3人回复
- siesta 3.1 画电荷密度图
已经有4人回复
- SIESTA中能带文件*.bands的处理
已经有49人回复
- 请教，为什么会出现这样的情况？谢谢大家
已经有6人回复
- 【分享】《纳米模拟软件》(v11.2.2.3069【已搜索无重复】
已经有10人回复
- 【其他】【诚聘版主】第一性原理版欢迎您的加入
已经有62人回复
- 【分享】第一性原理版斑竹招新（非诚勿扰）
已经有7人回复
- 【诚聘版主】第一性原理版欢迎您的加入
已经有3人回复
- 【诚聘版主】第一性原理版欢迎您的加入
已经有11人回复
- 【原创】siesta 3.0成功编译的arch.make
已经有26人回复
- 【分享】量化软件 - 输运相关 (zz)
已经有13人回复
- 【分享】世界上讲述电子结构计算的最权威和实用的网站
已经有22人回复
mika
金虫 (正式写手)
纳米宝贝
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 992.4
- 散金: 76
- 帖子: 400
- 在线: 120.9小时
- 虫号: 836617
- 注册: 2009-08-29
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
5楼2011-09-23 17:06:03
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢提示 2011-09-23 12:04:28
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢提示 2011-09-23 12:04:28
|
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2420318&fpage=1 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1930406&fpage=1 这两个是教程 |
2楼2011-09-23 11:25:50
souledge
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +174 - 1ST强帖: 19
- 应助: 303 (大学生)
- 金币: 11306.4
- 散金: 1123
- 红花: 108
- 帖子: 2814
- 在线: 916.1小时
- 虫号: 941486
- 注册: 2010-01-12
- 专业: 结构陶瓷
- 管辖: 第一性原理
4楼2011-09-23 16:40:52
mika
金虫 (正式写手)
纳米宝贝
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 992.4
- 散金: 76
- 帖子: 400
- 在线: 120.9小时
- 虫号: 836617
- 注册: 2009-08-29
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
6楼2011-09-23 17:07:02
50