| 查看: 2331 | 回复: 7 | ||||
c_chi木虫 (正式写手)
|
[求助]
siesta基组优化问题 已有1人参与
|
|
和PW方法相比，LCAO方法有时候的计算准确度确实有所不够，特别是对于过渡金属和贵金属感觉不太容易计算，之前用siesta优化一个Beta相的MnO2，发现结果基本是错的。问了些人，也在论坛里翻了其他人的帖子，说是可以通过优化基组来达到PW的准确度（工具：/Util/Optimizer目录下的simplex），但是还是不怎么明白。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2486484&fpage=1&target=blank http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2485045&fpage=1&target=self&page=1 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3146982 也看了高手提供的一篇这方面的文章，看了下，没能全看懂。 Optimal strictly localized basis sets for noble metal surfaces.（PHYSICAL REVIEW B79, 075441 2009） 这里希望有人能够解一下疑惑： 1详细.解释下基组，大家经验来看什么情况下使用什么基组可以达到可行的精度？ 2.解释下siesta基组优化的具体方法和技巧，或者提供这方面的资料？或者可不可以参考高斯的基组来设置siesta的基组？ 3.我在siesta计算过渡金属氧化物时，感觉scf比较难以收敛，如果优化基组后可能更难，计算量更大，我一般的做法是加大DM.NumberPulay并减小DM.MixingWeight，如下。请问我的做法合理吗？还有什么其他方法？ DM.NumberPulay 8 DM.MixingWeight 0.1 4. 最后对于赝势一般是用软件提供的赝势，这里也能够优化来提高准确度？需要怎么做？ 先谢谢了！！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
285求调剂
已经有5人回复
-
生物学求调剂
已经有4人回复
-
0854求调剂
已经有3人回复
-
319分085702安全工程求调剂
已经有4人回复
-
生物学308分求调剂（一志愿华东师大）
已经有6人回复
-
085600材料与化工301分求调剂院校
已经有14人回复
-
0703化学调剂325分
已经有12人回复
-
求助071001调剂！！！
已经有5人回复
-
工科370求调剂
已经有3人回复
-
材料专硕322
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 基组or结构问题，B3lyp优化成功，B3PW91/WB97XD优化全出错
已经有16人回复
- 请教如何加快siesta的收敛速度
已经有9人回复
- Siesta从官网下载赝势计算出错
已经有7人回复
- 求助siesta收敛问题
已经有3人回复
- 赝试基组输入出错，求教
已经有5人回复
- siesta结构优化收敛标准
已经有5人回复
- SIESTA计算能级不准怎么解决
已经有10人回复
- 求助siesta优化问题
已经有3人回复
- siesta 计算电子占据数的问题
已经有3人回复
- 求助赝势基组的问题
已经有9人回复
- 关于SIESTA中如何计算功函数的一种做法探讨
已经有8人回复
- 手动写入原子轨道基组的原则和技巧
已经有5人回复
- SIESTA几何优化不收敛是不是就说明了这个结构是不稳定的?
已经有4人回复
- siesta计算弱相互作用VDW
已经有17人回复
- 【求助】siesta 优化晶胞
已经有3人回复
- 【分享】SIESTA中Bader analysis
已经有43人回复
- 【求助】siesta 计算DOS应该注意什么问题
已经有3人回复
- 【讨论】关于如何优化大体系的问题
已经有9人回复
- 【求助】siesta多个/种分子优化的问题
已经有7人回复
- 【求助】siesta输入文件中赝势文件的作用？
已经有8人回复
- 【求助】谁能具体说一下各个基组的优缺点
已经有5人回复
- 【求助】siesta中关于几何结构优化的问题【完结】
已经有17人回复
- 【求助】求gamess 输入使用赝势基组与分裂基组的例子
已经有6人回复
liqizuiyang
木虫 (著名写手)
- 应助: 59 (初中生)
- 金币: 6859.5
- 散金: 261
- 红花: 94
- 帖子: 2093
- 在线: 708.9小时
- 虫号: 2366686
- 注册: 2013-03-21
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2014-09-09 16:01:22
c_chi
木虫 (正式写手)
- 应助: 17 (小学生)
- 金币: 2449.7
- 散金: 228
- 红花: 2
- 帖子: 551
- 在线: 493.6小时
- 虫号: 1253512
- 注册: 2011-04-02
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
3楼2014-09-10 08:30:24
c_chi
木虫 (正式写手)
- 应助: 17 (小学生)
- 金币: 2449.7
- 散金: 228
- 红花: 2
- 帖子: 551
- 在线: 493.6小时
- 虫号: 1253512
- 注册: 2011-04-02
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
|
问题还是没解决，我主要是想优化MnO2的基组，我看了下例子不是很明白，优化参数和原子轨道有什么关系吗？能解释下下面的内容： 1.有个如下的VASRS文件，应该是优化的阈值，但是怎么取？有什么规则还不是很明白？为什么要这样取这些轨道？ s_z1_rc_O 2.5 8.0 spl_s_O 0.05 0.5 0.15 p_z1_rc_O 2.5 8.0 spl_p_O 0.05 0.5 d_z1_rc_O 2.5 8.0 s_z1_rc_H 2.0 8.0 spl_s_H 0.05 0.8 p_z1_rc_H 2.0 8.0 2.同时运行的输入文件有个基组的block，这个和上面的优化阈值有什么关系吗？谢谢了！！！ %block PAO.Basis # Define Basis set O 3 n=2 0 2 S $spl_s_O $s_z1_rc_O 0.0 1.000 1.000 n=2 1 2 S $spl_p_O $p_z1_rc_O 0.0 1.000 1.000 n=3 2 1 $d_z1_rc_O 1.000 H 2 n=1 0 2 S $spl_s_H $s_z1_rc_H 0.0 1.000 1.000 n=2 1 1 $p_z1_rc_H 1.000 %endblock PAO.Basis |
4楼2014-09-11 14:45:11
c_chi
木虫 (正式写手)
- 应助: 17 (小学生)
- 金币: 2449.7
- 散金: 228
- 红花: 2
- 帖子: 551
- 在线: 493.6小时
- 虫号: 1253512
- 注册: 2011-04-02
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
5楼2014-09-17 14:04:48
lqh91
木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 3012.2
- 散金: 50
- 帖子: 495
- 在线: 141.6小时
- 虫号: 3141933
- 注册: 2014-04-16
- 性别: GG
- 专业: 分子与进化生态学
6楼2019-02-28 22:55:30
卡开发发
专家顾问 (著名写手)
Ab Initio Amateur
-
专家经验: +224 - 1ST强帖: 2
- 应助: 47 (小学生)
- 金币: 3519.8
- 散金: 14
- 红花: 223
- 帖子: 2477
- 在线: 1254小时
- 虫号: 1369423
- 注册: 2011-08-16
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的磨损与磨蚀
- 管辖: 第一性原理
【答案】应助回帖
|
1、这个不一定，我遇到过有些原子基组定义有bug（比如某个壳层都没定义）的情况，这种情况多大尺寸的基组都没用。除此之外SIESTA因为采用的是赝原子轨道框架，所以精度除了依赖基组，还得看赝势怎么优化，官方提供的赝势对过渡元素有些可能连标量相对论都没考虑。如果要排除赝势的问题就得用平面波和相同的赝势计算再进行对比，这在操作上可行性很差。大体上说，如果能做对比，目前我从几篇文献的了解来说，优化后的DZP基本上能在0.2eV/atom以内。 2、（1）SIESTA用单纯形方法优化基组的方案我看过文献和资料，但没具体取做过，我想应该是通过调整各项基组参数来极小化参考系统的能量来给出基组参数，这方面信息其实应该可以看看SIESTA官方的ppt（https://departments.icmab.es/lee ... utorials/index.html），如果有时间我去试试看弄一篇教程。 （2）高斯基组的方案不能够完全套用过来，原子轨道基组必须和赝势一一匹配使用，就连Gaussian的SDD和Lanl2的基组和赝势也是不能随便互换的。除非你针对相应的赝势自己优化相应的Gaussian轨道，然后反过来离散化、截断成数值轨道，这样是允许的，否则赝势基组没办法在core区域与赝势匹配。 （3）SIESTA优化基组过程确实比较繁琐。除了单纯形方法外，其他还有像OpenMX对轨道变分优化的；还有就是通过参考系统做平面波或有限差分等计算后再投影到局域轨道的方式，比如Plato这些程序（10.1103/PhysRevB.62.4899）。这些方法操作过程不一样，要移植过来就得另外想办法。 3、优化基组的目的就是为了能够使用小尺寸的基组获得更好的结果，因此原则上不会出现计算量更大的情况。你的方法是合理的，出现难收敛的情况应当考虑基组和赝势程序内部是否定义正确，所选取的参数是否合理（收敛性测试、磁矩初猜、结构等），如果还是很困难就应该考虑调整迭代方面的参数（混合的形式、因子大小）。 4、SIESTA可以使用官方提供的ATOM来生成Troullier-Martins赝势和HSC赝势，这方面应该也能找到教程。 |
7楼2019-04-02 15:02:31
卡开发发
专家顾问 (著名写手)
Ab Initio Amateur
-
专家经验: +224 - 1ST强帖: 2
- 应助: 47 (小学生)
- 金币: 3519.8
- 散金: 14
- 红花: 223
- 帖子: 2477
- 在线: 1254小时
- 虫号: 1369423
- 注册: 2011-08-16
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的磨损与磨蚀
- 管辖: 第一性原理
8楼2019-04-02 15:14:46
