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bjwang铁杆木虫 (正式写手)
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siesta结构优化收敛标准
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用sieata优化一个结构，优化部分设置如下： MD.TypeOfRun cg MD.NumCGsteps 150 MD.MaxCGDispl 0.1 Ang MD.MaxForceTol 0.02 eV/Ang MD.VariableCell F scf部分： MaxSCFIterations 300 # Maximum number of SCF iter DM.MixingWeight 0.25 # New DM amount for next SCF cycle DM.NumberPulay 10 DM.Tolerance 1.d-4 # Tolerance in maximum difference between input and output DM DM.UseSaveDM T # to use continuation files DM.MixSCF1 F DM.PulayOnFile F # Store in memory ('F') or in files ('T') SolutionMethod diagon # OrderN or Diagon ElectronicTemperature 100.0 K #Temp. for Fermi smearing 但58步正常结束后发现： 1.各个原子受力里面有0.03左右的： siesta: Atomic forces (eV/Ang): siesta: 27 0.022356 0.023712 0.000000 2.总力也不小于0.02呀 siesta: Tot -0.041567 0.000155 0.000000 问题：优化收敛标准不是是看输出文件中的siesta: Atomic forces (eV/Ang):项吗？ 如果是，为什么会在最大步数达到前，还没达到收敛标准就正常结束呢？ 谢谢！ |
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zhangguangping
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2楼2012-12-08 17:10:36
bjwang
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所有原子我都没有设置限制呀，我利用的是 %block Zmatrix cartesian 2 -7.810 -7.380 0.000 1 1 1 2 -3.550 -7.380 0.000 1 1 1 2 0.710 -7.380 0.000 1 1 1 2 4.970 -7.380 0.000 1 1 1 。。。。。。。。。。。 3 3.410 -9.597 0.000 1 1 1 3 3.410 9.597 0.000 1 1 1 3 7.670 -9.597 0.000 1 1 1 3 7.670 9.597 0.000 1 1 1 %endblock Zmatrix 这种格式设置坐标输入的。 另外，我又利用： AtomicCoordinatesFormat Ang %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 设置坐标输入，计算结果正常结束，不过是74步，各个原子的受力满足收敛标准， 总的好像还不满足（ Tot -0.031389 0.004750 0.000000）。 附：bon.xyz格式类似： -7.810 -7.380 0.000 2 N -3.550 -7.380 0.000 2 N 0.710 -7.380 0.000 2 N 4.970 -7.380 0.000 2 N -7.810 -4.920 0.000 2 N ................................ 难道不同坐标输入，结果还不同？ 谢谢广平同学的及时回帖！ |
3楼2012-12-08 20:40:33
yangxuezhang
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4楼2012-12-24 15:14:22
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5楼2012-12-24 15:21:51
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哦，谢谢了，看了你写了很多关于结构优化的意见，我想打扰一下，我最近在优化一个结构，但是计算时间太长了，一直算不完，前面过了walltime才掉下来（后面加长walltime继续），上面那个是对的就说明收敛了，这样算是正常还是出了问题了，另外附上我的输入文件，麻烦您帮忙看一下是不是有哪些参数设置得不对 SystemLabel Ti3SiC2 NumberOfAtoms 12 NumberOfSpecies 3 %block ChemicalSpeciesLabel 1 22 Ti 2 6 C 3 14 Si %endblock ChemicalSpeciesLabel PAO.BasisSize DZP PAO.EnergyShift 0.02 Ry PAO.SplitNorm 0.2 %block kgrid_Monkhorst_Pack 7 0 0 0.5 0 7 0 0.5 0 0 5 0.5 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack MeshCutoff 150. Ry SolutionMethod diagon MaxSCFIterations 60 DM.MixingWeight 0.1 DM.NumberPulay 4 ElectronicTemperature 5 K #DM.UseSaveDM true #UseSaveData true SpinPolarized false xc.functional GGA xc.authors PBE # Molecular dynamics and relaxations MD.TypeOfRun CG # Type of dynamics: MD.NumCGsteps 5000 MD.MaxCGDispl 0.1 Ang # Maximum atomic displacement MD.VariableCell .true. WriteMullikenPop 1 SaveDeltaRho .true. SaveRho .true. SaveElectrostaticPotential .true. SaveTotalPotential .true. DM.UseSaveDM true UseSaveData true LatticeConstant 3.082 Ang %block LatticeVectors 1.000 0.000 0.000 0.500 0.866 0.000 0.000 0.000 5.712 %endblock LatticeVectors AtomicCoordinatesFormat Fractional %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.00000 0.00000 0.00000 1 0.00000 0.00000 0.50000 1 0.33300 0.66670 0.13550 2 0.66670 0.33330 0.63550 2 0.66670 0.33330 0.86450 2 0.33330 0.66670 0.36450 2 0.00000 0.00000 0.25000 3 0.00000 0.00000 0.75000 3 0.33330 0.66670 0.57220 1 0.33330 0.66670 0.92780 1 0.66670 0.33330 0.07220 1 0.66670 0.33330 0.42780 1 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies # Output options WriteCoorInitial .true. WriteCoorStep .true. WriteForces .true. WriteKpoints .true. WriteEigenvalues .true. WriteDM .true. WriteKbands .true. WriteBands .true. WriteWaveFunctions .true. WriteMullikenPop 1 # Write Mulliken Population Analysis WriteCoorXmol .true. WriteCoorCerius .true. WriteMDCoorXmol .true. WriteMDhistory .true. WriteMDXmol .true 辛苦了  |
6楼2012-12-28 15:26:14
