| 查看: 1931 | 回复: 5 | |||
bjwang铁杆木虫 (正式写手)
|
[求助]
siesta结构优化收敛标准
|
|
用sieata优化一个结构，优化部分设置如下： MD.TypeOfRun cg MD.NumCGsteps 150 MD.MaxCGDispl 0.1 Ang MD.MaxForceTol 0.02 eV/Ang MD.VariableCell F scf部分： MaxSCFIterations 300 # Maximum number of SCF iter DM.MixingWeight 0.25 # New DM amount for next SCF cycle DM.NumberPulay 10 DM.Tolerance 1.d-4 # Tolerance in maximum difference between input and output DM DM.UseSaveDM T # to use continuation files DM.MixSCF1 F DM.PulayOnFile F # Store in memory ('F') or in files ('T') SolutionMethod diagon # OrderN or Diagon ElectronicTemperature 100.0 K #Temp. for Fermi smearing 但58步正常结束后发现： 1.各个原子受力里面有0.03左右的： siesta: Atomic forces (eV/Ang): siesta: 27 0.022356 0.023712 0.000000 2.总力也不小于0.02呀 siesta: Tot -0.041567 0.000155 0.000000 问题：优化收敛标准不是是看输出文件中的siesta: Atomic forces (eV/Ang):项吗？ 如果是，为什么会在最大步数达到前，还没达到收敛标准就正常结束呢？ 谢谢！ |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
» 猜你喜欢
申请2026年博士
已经有5人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有5人回复
-
寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件
已经有6人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有6人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有7人回复
-
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗
已经有6人回复
-
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了
已经有7人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有4人回复
-
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢
已经有5人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
vasp优化晶胞参数变化太大
已经有7人回复- 表面吸附体系的结构优化（弛豫）无法收敛 求分析求指导！
已经有5人回复
- 请教如何加快siesta的收敛速度
已经有9人回复
- 关于electrostatic potential
已经有5人回复
- 关于siesta的收敛问题
已经有5人回复
- 求助 高斯计算过程中一直不收敛 scf(maxcyc=500,xqc)
已经有9人回复
- 求助siesta收敛问题
已经有3人回复
- 收敛测试和结构优化
已经有10人回复
- 结构优化 siesta 和 vasp
已经有7人回复
- castep scf不收敛怎么办，怎么办！！ 急急急！！
已经有3人回复
- siesta-3.1 计算石墨烯条带不收敛，不知是不是我的输入有问题。
已经有24人回复
- 关于高斯的4个收敛标准
已经有11人回复
- siesta运行，forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
已经有7人回复
- 【活动or资源】vasp晶体结构优化
已经有142人回复
- siesta 表面不收敛
已经有3人回复
- SIESTA几何优化不收敛是不是就说明了这个结构是不稳定的?
已经有4人回复
- 【分享】SIESTA 国外教程
已经有14人回复
- SIESTA scf不收敛，怎么办？
已经有5人回复
- 【求助】优化收敛以后频率不完全收敛，但是任务正常结束
已经有12人回复
- 【求助】siesta 计算DOS应该注意什么问题
已经有3人回复
- 【求助】对于难收敛的体系
已经有9人回复
- 【求助】siesta中transiesta模块的收敛标准是啥~~
已经有20人回复
- 【求助】siesta中transiesta模块的收敛问题
已经有13人回复
- 【求助】siesta中关于几何结构优化的问题【完结】
已经有17人回复
- 【求助结束】结构优化的时候如何提高力的收敛精度？
已经有10人回复
zhangguangping
木虫 (著名写手)
- 1ST强帖: 23
- 应助: 71 (初中生)
- 贵宾: 0.031
- 金币: 1973.1
- 散金: 9059
- 红花: 79
- 帖子: 2681
- 在线: 2128.8小时
- 虫号: 529624
- 注册: 2008-03-20
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
2楼2012-12-08 17:10:36
bjwang
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 5859.3
- 散金: 94
- 红花: 6
- 帖子: 792
- 在线: 556.3小时
- 虫号: 250077
- 注册: 2006-05-08
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
送鲜花一朵|
所有原子我都没有设置限制呀，我利用的是 %block Zmatrix cartesian 2 -7.810 -7.380 0.000 1 1 1 2 -3.550 -7.380 0.000 1 1 1 2 0.710 -7.380 0.000 1 1 1 2 4.970 -7.380 0.000 1 1 1 。。。。。。。。。。。 3 3.410 -9.597 0.000 1 1 1 3 3.410 9.597 0.000 1 1 1 3 7.670 -9.597 0.000 1 1 1 3 7.670 9.597 0.000 1 1 1 %endblock Zmatrix 这种格式设置坐标输入的。 另外，我又利用： AtomicCoordinatesFormat Ang %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 设置坐标输入，计算结果正常结束，不过是74步，各个原子的受力满足收敛标准， 总的好像还不满足（ Tot -0.031389 0.004750 0.000000）。 附：bon.xyz格式类似： -7.810 -7.380 0.000 2 N -3.550 -7.380 0.000 2 N 0.710 -7.380 0.000 2 N 4.970 -7.380 0.000 2 N -7.810 -4.920 0.000 2 N ................................ 难道不同坐标输入，结果还不同？ 谢谢广平同学的及时回帖！ |
3楼2012-12-08 20:40:33
yangxuezhang
金虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 2250.4
- 散金: 216
- 红花: 5
- 帖子: 564
- 在线: 211.1小时
- 虫号: 1967414
- 注册: 2012-09-01
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
4楼2012-12-24 15:14:22
zhangguangping
木虫 (著名写手)
- 1ST强帖: 23
- 应助: 71 (初中生)
- 贵宾: 0.031
- 金币: 1973.1
- 散金: 9059
- 红花: 79
- 帖子: 2681
- 在线: 2128.8小时
- 虫号: 529624
- 注册: 2008-03-20
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
5楼2012-12-24 15:21:51
yangxuezhang
金虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 2250.4
- 散金: 216
- 红花: 5
- 帖子: 564
- 在线: 211.1小时
- 虫号: 1967414
- 注册: 2012-09-01
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
|
哦，谢谢了，看了你写了很多关于结构优化的意见，我想打扰一下，我最近在优化一个结构，但是计算时间太长了，一直算不完，前面过了walltime才掉下来（后面加长walltime继续），上面那个是对的就说明收敛了，这样算是正常还是出了问题了，另外附上我的输入文件，麻烦您帮忙看一下是不是有哪些参数设置得不对 SystemLabel Ti3SiC2 NumberOfAtoms 12 NumberOfSpecies 3 %block ChemicalSpeciesLabel 1 22 Ti 2 6 C 3 14 Si %endblock ChemicalSpeciesLabel PAO.BasisSize DZP PAO.EnergyShift 0.02 Ry PAO.SplitNorm 0.2 %block kgrid_Monkhorst_Pack 7 0 0 0.5 0 7 0 0.5 0 0 5 0.5 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack MeshCutoff 150. Ry SolutionMethod diagon MaxSCFIterations 60 DM.MixingWeight 0.1 DM.NumberPulay 4 ElectronicTemperature 5 K #DM.UseSaveDM true #UseSaveData true SpinPolarized false xc.functional GGA xc.authors PBE # Molecular dynamics and relaxations MD.TypeOfRun CG # Type of dynamics: MD.NumCGsteps 5000 MD.MaxCGDispl 0.1 Ang # Maximum atomic displacement MD.VariableCell .true. WriteMullikenPop 1 SaveDeltaRho .true. SaveRho .true. SaveElectrostaticPotential .true. SaveTotalPotential .true. DM.UseSaveDM true UseSaveData true LatticeConstant 3.082 Ang %block LatticeVectors 1.000 0.000 0.000 0.500 0.866 0.000 0.000 0.000 5.712 %endblock LatticeVectors AtomicCoordinatesFormat Fractional %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.00000 0.00000 0.00000 1 0.00000 0.00000 0.50000 1 0.33300 0.66670 0.13550 2 0.66670 0.33330 0.63550 2 0.66670 0.33330 0.86450 2 0.33330 0.66670 0.36450 2 0.00000 0.00000 0.25000 3 0.00000 0.00000 0.75000 3 0.33330 0.66670 0.57220 1 0.33330 0.66670 0.92780 1 0.66670 0.33330 0.07220 1 0.66670 0.33330 0.42780 1 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies # Output options WriteCoorInitial .true. WriteCoorStep .true. WriteForces .true. WriteKpoints .true. WriteEigenvalues .true. WriteDM .true. WriteKbands .true. WriteBands .true. WriteWaveFunctions .true. WriteMullikenPop 1 # Write Mulliken Population Analysis WriteCoorXmol .true. WriteCoorCerius .true. WriteMDCoorXmol .true. WriteMDhistory .true. WriteMDXmol .true 辛苦了  |
6楼2012-12-28 15:26:14