24小时热门版块排行榜    

查看: 2768  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

c_chi

木虫 (正式写手)

[求助] siesta基组优化问题 已有1人参与

和PW方法相比,LCAO方法有时候的计算准确度确实有所不够,特别是对于过渡金属和贵金属感觉不太容易计算,之前用siesta优化一个Beta相的MnO2,发现结果基本是错的。问了些人,也在论坛里翻了其他人的帖子,说是可以通过优化基组来达到PW的准确度(工具:/Util/Optimizer目录下的simplex),但是还是不怎么明白。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2486484&fpage=1&target=blank
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2485045&fpage=1&target=self&page=1
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3146982
也看了高手提供的一篇这方面的文章,看了下,没能全看懂。
Optimal strictly localized basis sets for noble metal surfaces.(PHYSICAL REVIEW B79, 075441 2009)

这里希望有人能够解一下疑惑:
1详细.解释下基组,大家经验来看什么情况下使用什么基组可以达到可行的精度?
2.解释下siesta基组优化的具体方法和技巧,或者提供这方面的资料?或者可不可以参考高斯的基组来设置siesta的基组?
3.我在siesta计算过渡金属氧化物时,感觉scf比较难以收敛,如果优化基组后可能更难,计算量更大,我一般的做法是加大DM.NumberPulay并减小DM.MixingWeight,如下。请问我的做法合理吗?还有什么其他方法?
DM.NumberPulay         8
DM.MixingWeight       0.1
4. 最后对于赝势一般是用软件提供的赝势,这里也能够优化来提高准确度?需要怎么做?
先谢谢了!!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lqh91

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by c_chi at 2014-09-11 14:45:11
问题还是没解决,我主要是想优化MnO2的基组,我看了下例子不是很明白,优化参数和原子轨道有什么关系吗?能解释下下面的内容:
1.有个如下的VASRS文件,应该是优化的阈值,但是怎么取?有什么规则还不是很明白?为 ...

请问楼主弄清楚这些值代表的意思了吗?最近我也在用siesta算氧化铁,需要优化基组,但是完全不懂这些值代表的意思,请问楼主可否赐教?
6楼2019-02-28 22:55:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

liqizuiyang

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-09-22 22:29:11
推荐楼主去看下openmx的帮助文档和项目组发的文章,我记得有篇PRB文章专门讲基组优化的。虽然方法不同,但都是LCAO,应该有相通的部分。

LCAO使用原子轨道作为基组,原子轨道可分为径向函数和球谐函数两部分。球谐函数有确定的表达式,径向函数有slater型,gauss型和数值型。数值型就是把径向函数分成一系列格点,存储格点上的函数值,计算时再用插值法还原。基组优化实际上就是调整格点上的值。
2楼2014-09-09 16:01:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

c_chi

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liqizuiyang at 2014-09-09 16:01:22
推荐楼主去看下openmx的帮助文档和项目组发的文章,我记得有篇PRB文章专门讲基组优化的。虽然方法不同,但都是LCAO,应该有相通的部分。

LCAO使用原子轨道作为基组,原子轨道可分为径向函数和球谐函数两部分。球 ...

谢谢,我去研究下opemx的文档和文章。
3楼2014-09-10 08:30:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

c_chi

木虫 (正式写手)

问题还是没解决,我主要是想优化MnO2的基组,我看了下例子不是很明白,优化参数和原子轨道有什么关系吗?能解释下下面的内容:
1.有个如下的VASRS文件,应该是优化的阈值,但是怎么取?有什么规则还不是很明白?为什么要这样取这些轨道?
s_z1_rc_O         2.5  8.0
spl_s_O         0.05  0.5  0.15
p_z1_rc_O         2.5  8.0
spl_p_O         0.05  0.5
d_z1_rc_O         2.5  8.0
s_z1_rc_H         2.0  8.0
spl_s_H         0.05  0.8
p_z1_rc_H         2.0  8.0
2.同时运行的输入文件有个基组的block,这个和上面的优化阈值有什么关系吗?谢谢了!!!
%block PAO.Basis                                   # Define Basis set
O     3     
n=2    0    2  S $spl_s_O
   $s_z1_rc_O   0.0
   1.000   1.000
n=2    1    2  S $spl_p_O
   $p_z1_rc_O   0.0
   1.000   1.000  
n=3    2    1  
   $d_z1_rc_O
   1.000  
H     2      
n=1    0    2  S $spl_s_H
   $s_z1_rc_H  0.0
   1.000   1.000  
n=2    1    1
   $p_z1_rc_H
   1.000  
%endblock PAO.Basis
4楼2014-09-11 14:45:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 极限拉扯,如何抉择 +3 Isak0320 2026-10-12 5/250 2026-10-12 16:42 by Isak0320
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么? +3 好运来~9527 2026-10-10 6/300 2026-10-12 14:55 by 简单化xn
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了,离AI做有机合成还有多远? +4 wangyl_123 2026-10-10 7/350 2026-10-12 14:47 by chuans0923
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷!
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬,路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费,对账才发现官费比别人多掏了一倍 +5 13108017953 2026-10-08 5/250 2026-10-10 11:15 by wdwd123
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些? +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
请填处理意见