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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » siesta基组优化问题
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c_chi

木虫 (正式写手)

[求助] siesta基组优化问题已有1人参与

和PW方法相比，LCAO方法有时候的计算准确度确实有所不够，特别是对于过渡金属和贵金属感觉不太容易计算，之前用siesta优化一个Beta相的MnO2，发现结果基本是错的。问了些人，也在论坛里翻了其他人的帖子，说是可以通过优化基组来达到PW的准确度（工具：/Util/Optimizer目录下的simplex），但是还是不怎么明白。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2486484&fpage=1&target=blank
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2485045&fpage=1&target=self&page=1
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3146982
也看了高手提供的一篇这方面的文章，看了下，没能全看懂。
Optimal strictly localized basis sets for noble metal surfaces.（PHYSICAL REVIEW B79, 075441 2009）

这里希望有人能够解一下疑惑：
1详细.解释下基组，大家经验来看什么情况下使用什么基组可以达到可行的精度？
2.解释下siesta基组优化的具体方法和技巧，或者提供这方面的资料？或者可不可以参考高斯的基组来设置siesta的基组？
3.我在siesta计算过渡金属氧化物时，感觉scf比较难以收敛，如果优化基组后可能更难，计算量更大，我一般的做法是加大DM.NumberPulay并减小DM.MixingWeight，如下。请问我的做法合理吗？还有什么其他方法？
DM.NumberPulay         8
DM.MixingWeight       0.1
4. 最后对于赝势一般是用软件提供的赝势，这里也能够优化来提高准确度？需要怎么做？
先谢谢了！！！
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1楼2014-09-09 14:35:20
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lqh91

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by c_chi at 2014-09-11 14:45:11
问题还是没解决，我主要是想优化MnO2的基组，我看了下例子不是很明白，优化参数和原子轨道有什么关系吗？能解释下下面的内容：
1.有个如下的VASRS文件，应该是优化的阈值，但是怎么取？有什么规则还不是很明白？为 ...

请问楼主弄清楚这些值代表的意思了吗？最近我也在用siesta算氧化铁，需要优化基组，但是完全不懂这些值代表的意思，请问楼主可否赐教？
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6楼2019-02-28 22:55:30
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-09-22 22:29:11
推荐楼主去看下openmx的帮助文档和项目组发的文章，我记得有篇PRB文章专门讲基组优化的。虽然方法不同，但都是LCAO，应该有相通的部分。

LCAO使用原子轨道作为基组，原子轨道可分为径向函数和球谐函数两部分。球谐函数有确定的表达式，径向函数有slater型，gauss型和数值型。数值型就是把径向函数分成一系列格点，存储格点上的函数值，计算时再用插值法还原。基组优化实际上就是调整格点上的值。
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2楼2014-09-09 16:01:22
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c_chi

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqizuiyang at 2014-09-09 16:01:22
推荐楼主去看下openmx的帮助文档和项目组发的文章，我记得有篇PRB文章专门讲基组优化的。虽然方法不同，但都是LCAO，应该有相通的部分。

LCAO使用原子轨道作为基组，原子轨道可分为径向函数和球谐函数两部分。球 ...

谢谢，我去研究下opemx的文档和文章。
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3楼2014-09-10 08:30:24
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c_chi

木虫 (正式写手)
问题还是没解决，我主要是想优化MnO2的基组，我看了下例子不是很明白，优化参数和原子轨道有什么关系吗？能解释下下面的内容：
1.有个如下的VASRS文件，应该是优化的阈值，但是怎么取？有什么规则还不是很明白？为什么要这样取这些轨道？
s_z1_rc_O         2.5  8.0
spl_s_O         0.05  0.5  0.15
p_z1_rc_O         2.5  8.0
spl_p_O         0.05  0.5
d_z1_rc_O         2.5  8.0
s_z1_rc_H         2.0  8.0
spl_s_H         0.05  0.8
p_z1_rc_H         2.0  8.0
2.同时运行的输入文件有个基组的block，这个和上面的优化阈值有什么关系吗？谢谢了！！！
%block PAO.Basis                                   # Define Basis set
O     3     
n=2    0    2  S $spl_s_O
   $s_z1_rc_O   0.0
   1.000   1.000
n=2    1    2  S $spl_p_O
   $p_z1_rc_O   0.0
   1.000   1.000  
n=3    2    1  
   $d_z1_rc_O
   1.000  
H     2      
n=1    0    2  S $spl_s_H
   $s_z1_rc_H  0.0
   1.000   1.000  
n=2    1    1
   $p_z1_rc_H
   1.000  
%endblock PAO.Basis
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4楼2014-09-11 14:45:11
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