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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 请教，为什么会出现这样的情况？谢谢大家
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identation

金虫 (著名写手)

[求助] 请教，为什么会出现这样的情况？谢谢大家

我在测试mesh cutoff的时候，一直很顺利，mesh cutoff从200Ry一直增加到750ry，200到700ry的测试中都很顺利完成了scf运算，但是当mesh cutoff增加到750ry时，出现了这样的输出情况

InitMesh: MESH =    80 x    80 x    80 =      512000
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   750.000   870.761 Ry

* Maximum dynamic memory allocated =   168 MB

stepf: Fermi-Dirac step function

siesta: Program's energy decomposition (eV):
siesta: Ebs     = -48733249.309373
siesta: Eions   =     10539.985266
siesta: Ena     =*****************
siesta: Ekin    =      5039.821056
siesta: Enl     =     -2320.791946
siesta: DEna    =        -0.148201
siesta: DUscf   =         0.000000
siesta: DUext   =         0.000000
siesta: Exc     =     -1407.884017
siesta: eta*DQ  =         0.000000
siesta: Emadel  =         0.000000
siesta: Emeta   =         0.000000
siesta: Emolmec =         0.000000
siesta: Ekinion =         0.000000
siesta: Eharris =*****************
siesta: Etot    =*****************
siesta: FreeEng =*****************

siesta: iscf   Eharris(eV)      E_KS(eV)   FreeEng(eV)   dDmax  Ef(eV)
siesta:    1******************************************390.3300********
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1    2189.282  98.32
elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF        1     327.087  98.11
siesta:    2******************************************  0.0553********
siesta:    3******************************************  0.0453********
siesta:    4******************************************  0.0027********
siesta:    5******************************************  0.0030********
siesta:    6******************************************  0.0009********
siesta:    7******************************************  0.0007********
siesta:    8******************************************  0.0003********
siesta:    9******************************************  0.0002********
siesta:   10******************************************  0.0002********
siesta:   11******************************************  0.0002********
siesta:   12******************************************  0.0002********
siesta:   13******************************************  0.0002********
siesta:   14******************************************  0.0001********
siesta:   15******************************************  0.0001********
siesta:   16******************************************  0.0002********
siesta:   17******************************************  0.0002********
siesta:   18******************************************  0.0002********
siesta:   19******************************************  0.0002********
siesta:   20******************************************  0.0002********
siesta:   21******************************************  0.0001********
请问是为什么呢？
我的输入文件如下：

SystemName         
SystemLabel         
NumberOfAtoms       10
NumberOfSpecies     4

%block ChemicalSpeciesLabel
1  * *    # Species index, atomic number, species label
2  * *
3  * *
4   * *
%endblock ChemicalSpeciesLabel

LatticeConstant    1.889727 Bohr
%block LatticeVectors
* * *
* * *
* * *
%endblock LatticeVectors

AtomicCoordinatesFormat  ScaledByLatticeVectors
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
   * * *   1
   * * *   1
* * *  2
* * *   3
  * * *  4
    * * *   4
    * * * 0  4
  * * *   4
  * * *   4
   * * *   4
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
%block AtomicCoordinatesOrigin
  0.000   0.000   0.000
%endblock AtomicCoordinatesOrigin

PAO.BasisType    split
PAO.SplitNorm    0.15
PAO.EnergyShift  0.01 Ry

%block PAO.Basis # Define Basis set
*  5      2.23376
n=5   0   1   E    75.06727     3.90515
     4.47365
     1.00000
n=6   0   2   E    71.19116     3.69937
     5.35635     4.45480
     1.00000     1.00000
n=5   1   1   E     9.59098     0.01349
     4.68524
     1.00000
n=6   1   1   E    87.28316     3.65766
     5.49527
     1.00000
n=5   2   1   E    14.20169     4.25960
     5.28396
     1.00000
*   5      2.25014
n=3   0   1   E     0.64399     2.65247
     3.03150
     1.00000
n=4   0   2   E    18.52214     3.13305
     4.15184     3.42190
     1.00000     1.00000
n=3   1   1   E     8.12894     2.27894
     3.02759
     1.00000
n=4   1   1   E    16.26911     2.00889
     4.26349
     1.00000
n=3   2   2   E    14.23042     3.38062
     3.78964     2.62819
     1.00000     1.00000
*    3      0.09
n=2    0    2   E     24.13      2.59
   4.601   2.082
   1.000   1.000
n=2    1    2   E     47.15      2.61
   5.813   2.127
   1.000   1.000
n=3    2    1   E     41.49      4.31
   7.798
   1.000
%endblock PAO.Basis

%block ProjectedDensityOfStates
-20.00 10.00 0.050 2000 eV
%endblock ProjectedDensityOfStates

MeshCutoff        750. Ry
FilterCutoff      750. Ry


ElectronicTemperature   0.001 eV
DM.MixingWeight         0.1
DM.NumberPulay          4
MaxSCFiterations      400
SCFMustConverge  .true.

WriteMullikenPop  1

COOP.Write .true.

SpinPolarized     yes
NonCollinearSpin  no

%block kgrid_Monkhorst_Pack
   6  0  0  0.5
   0  6  0  0.5
   0  0  6  0.5
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

DM.UseSaveDM      yes

%block DM.InitSpin
*  +*     0.   0.   # atom,spin,theta,phi (deg)
*  +*    0.   0.
%endblock DM.InitSpin
之前的计算中并无问题，请问怎么回事呢？谢谢
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1楼 2011-09-06 17:47:58
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

identation(金币+30): 2011-09-10 21:13:38
这个是因为这些打着星号的地方的数值超出了输出字符格式输出的宽度。你看看能量分解的那地方，打着星号的地方的数，然后看看这个数是不是随着你的mesh cutoff的增大而增大。
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弘德明志博学笃行
2楼2011-09-06 19:10:07
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

identation(金币+20): 谢谢哈 2011-09-06 19:18:31
补充一下：我看到你的收敛输出好像是一直走向收敛的。虽然输出不正常了，但是数据在计算机内存里面是正常的，所以结果也是可信的。只不过如果你关心的数据恰好被打上了星号，那就无奈了。这个说明你关心的这个数据随着你的mesh cutoff没有一个收敛的趋势。另外你要想让输出的这些星号变成数值，简单的办法就是到程序里面找到输出这些数的代码，然后把格式输出的宽度增加就行。
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弘德明志博学笃行
3楼2011-09-06 19:13:34
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identation

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhangguangping at 2011-09-06 19:13:34:
补充一下：我看到你的收敛输出好像是一直走向收敛的。虽然输出不正常了，但是数据在计算机内存里面是正常的，所以结果也是可信的。只不过如果你关心的数据恰好被打上了星号，那就无奈了。这个说明你关心的这个数据 ...

测试meshcutoff时，收敛标准是怎么样的呢？Mesh cutoff大体上用多大数值呢？我的meshcutoff从600变到650RY，能量差大约是0.02eV，force和stress一般小数点后第三位开始变化 那取mesh cutoff为600ry，结果可信么？谢谢您
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4楼2011-09-06 19:20:23
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by identation at 2011-09-06 19:20:23:
测试meshcutoff时，收敛标准是怎么样的呢？Mesh cutoff大体上用多大数值呢？我的meshcutoff从600变到650RY，能量差大约是0.02eV，force和stress一般小数点后第三位开始变化 那取mesh cutoff为600ry，结果可信么？ ...

收敛标准不是你自己定的吗？
我看到好像你定义的是DM收敛1.d-4
0.0553
0.0453
0.0027
0.0030
0.0009
0.0007
0.0003
0.0002
0.0002
0.0002
0.0002
0.0002
0.0001
0.0001
0.0002
0.0002
0.0002
0.0002
0.0002
0.0001
这个不就说明你的计算在走向收敛吗？
如果你的能量差别在0.002eV的话，当取750Ry的时候，为什么能量出现了很大的数，导致超出了输出长度呢？
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弘德明志博学笃行
5楼2011-09-06 20:13:22
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identation

金虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangguangping at 2011-09-06 20:13:22:
收敛标准不是你自己定的吗？
我看到好像你定义的是DM收敛1.d-4
0.0553
0.0453
0.0027
0.0030
0.0009
0.0007
0.0003
0.0002
0.0002
0.0002
0.0002
0.0002
0.0001
0.0001
0.0002
0.0002
0.0002
...

我指的收敛是相对于mesh cutoff来讲能量的收敛啊
另外
MeshCutoff        750. Ry
FilterCutoff      750. Ry

这里FilterCutoff 怎么指定呢？如果仅制定mesh cutoff，其余的用默认值可以么？
谢谢
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6楼2011-09-06 20:19:36
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-09-06 22:46:07
引用回帖:
6楼: Originally posted by identation at 2011-09-06 20:19:36:
我指的收敛是相对于mesh cutoff来讲能量的收敛啊
另外
MeshCutoff        750. Ry
FilterCutoff      750. Ry

这里FilterCutoff 怎么指定呢？如果仅制定mesh cutoff，其余的用默认值可以么？
谢谢

这个我不是很清楚。但是我看到手册上说要是用了FilterCutoff，并且跟着改变的话，就不要尝试着做mesh cutoff的收敛测试。你正是做的这个测试。
所以看看手册。把这个Filter的去掉或者固定一个值。
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弘德明志博学笃行
7楼2011-09-06 22:02:04
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