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mika金虫 (正式写手)
纳米宝贝
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siesta3.1并行 已有3人参与
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我是个新手，试着编译了新版本3.1，我没有在总的服务器上编译，只是在我自己的端口编译了一下，configure之后就自动出来一个arch.make文件，其中我只修改FC=mpif90这一句（整个arch.make见最后），但是在运行mpirun的时候，出现如下错误： No species found!!! ERROR STOP from Node: 0 abort: Fortran Abort Called No species found!!! ERROR STOP from Node: 0 abort: Fortran Abort Called No species found!!! ERROR STOP from Node: 0 abort: Fortran Abort Called -------------------------------------------------------------------------- mpirun noticed that the job aborted, but has no info as to the process that caused that situation. -------------------------------------------------------------------------- 但是我看了看程序还是在运行，在.out文件的开始写着这样的内容，我用了mpirun怎么还是serial version呢？ Siesta Version: siesta-3.1 Architecture : x86_64-unknown-linux-gnu--unknown Compiler flags: mpif90 -g -O2 SERIAL version Siesta Version: siesta-3.1 Architecture : x86_64-unknown-linux-gnu--unknown Compiler flags: mpif90 -g -O2 SERIAL version * Running in serial mode >> Start of run: 23-SEP-2011 10:45:13 arch.make如下： # # This file is part of the SIESTA package. # # Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid: # E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal # and J.M.Soler, 1996- . # # Use of this software constitutes agreement with the full conditions # given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users. # .SUFFIXES: .SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90 SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--unknown FPP= FPP_OUTPUT= FC=mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) FFLAGS=-g -O2 FPPFLAGS= -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT LDFLAGS= ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= BLAS_LIBS=libblas.a LAPACK_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a BLACS_LIBS= SCALAPACK_LIBS= COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a NETCDF_LIBS= NETCDF_INTERFACE= LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS) #SIESTA needs an F90 interface to MPI #This will give you SIESTA's own implementation #If your compiler vendor offers an alternative, you may change #to it here. MPI_INTERFACE= MPI_INCLUDE= #Dependency rules are created by autoconf according to whether #discrete preprocessing is necessary or not. .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $< .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $< .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f) $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90) $< |
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http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2420318&fpage=1 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1930406&fpage=1 这两个是教程 |
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mika
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