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xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 怎么消除虚频,细节

大家好,用siesta算声子振动谱,出现虚频,如附件图所示,怎么消除虚频呢,我看到很多人讨论过,说提高收敛精度,还有就是用虚频对应的简正坐标加到体系的坐标上去,重新优化结构,再计算声子。我精度设到10-8,已经很高,但结果还是不好,所以我想试试用虚频对应简正坐标加到体系坐标上去重新优化试试,但是这个具体操作过程我不是很了解,一个虚频的振动模式不是体系所有的原子的振动结果么?虚频的简正坐标是根据对应gamma点的虚频的频率值,解附件中的常微分方程得到的么,得到的简正坐标又加到体系的哪个原子上呢,是x,y,z的哪一个分量上呢,很多东西不是很明白,还望大家不腻赐教,谢谢!


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yinwei_li

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


xhzha(金币+2): 2011-09-21 08:08:01
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-09-21 13:02:56
引用回帖:
6楼: Originally posted by xhzha at 2011-09-20 16:43:13:
谢谢您的回复,我是用Material Studio 建的模型,然后用siesta去优化,但siesta只是局域内的稳定结构,所以我才想移动原子,调整结构试试。

MS建的模型是不是在一个大的框架里模拟纳米结构啊?这样的话有虚频可能很正常!因为你建的结构实际上还是有周期性的。不知道是否可以这样理解。
与其临渊羡鱼,不如退而结网!
7楼2011-09-20 19:55:34
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yinwei_li

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
xhzha(金币+5): 2011-09-20 09:53:08
zzy870720z(金币+2): 谢谢指点 2011-09-20 12:39:38
引用回帖:
1楼: Originally posted by xhzha at 2011-09-18 22:31:59:
大家好,用siesta算声子振动谱,出现虚频,如附件图所示,怎么消除虚频呢,我看到很多人讨论过,说提高收敛精度,还有就是用虚频对应的简正坐标加到体系的坐标上去,重新优化结构,再计算声子。我精度设到10-8,已 ...

有虚频说明你的结构动力学不稳定,原则上按照虚频的模式的原子振动方式移动原子(冷冻声子方法)可以找到动力学稳定的结构,但是你这个结构虚的太离谱,基本类似能带了,无法用冷冻声子计算。
虚频就虚频,为什么要消除呢?只有那些由于计算精度不够引起的虚频才能想办法消除,要是真是由于结构不稳定引起的虚频,如果你人为的消除虚频是不是有改数据的嫌疑呢?
与其临渊羡鱼,不如退而结网!
2楼2011-09-20 08:49:11
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xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yinwei_li at 2011-09-20 08:49:11:
有虚频说明你的结构动力学不稳定,原则上按照虚频的模式的原子振动方式移动原子(冷冻声子方法)可以找到动力学稳定的结构,但是你这个结构虚的太离谱,基本类似能带了,无法用冷冻声子计算。
虚频就虚频,为什 ...

谢谢您的回复,DFT优化是在初始模型的基础上小范围移动原子找到局域内稳定结构,可能并不是体系的最稳定结构,所以我就想按照虚频的原子振动方式移动原子,改变初始构型,优化找到动力学最稳定的结构,所以用这种方法消除虚频应该还是合理的吧。但是也就是怎样去移动原子这点我比较模糊,虚频是个别原子造成的么?siesta虚频的振动方向可以可视化么,希望您能够讲述移动原子的细节。非常感谢您,我算的是纳米管的周期性结构。
3楼2011-09-20 09:52:38
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yinwei_li

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zzy870720z(金币+2): 鼓励讨论 2011-09-20 12:39:51
xhzha(金币+5): 2011-09-20 16:45:32
引用回帖:
3楼: Originally posted by xhzha at 2011-09-20 09:52:38:
谢谢您的回复,DFT优化是在初始模型的基础上小范围移动原子找到局域内稳定结构,可能并不是体系的最稳定结构,所以我就想按照虚频的原子振动方式移动原子,改变初始构型,优化找到动力学最稳定的结构,所以用这种 ...

通过原子移动来找稳定结构的方法是有一定限制的,如果你的声子谱只是在布里渊区某个特殊点有虚频,找到此点对应的本征矢(本征矢可表征原子如何振动),沿着本征矢逐步移动原子并计算每移动一步体系的能量的变化,你会发现能量的变化会出现一个低谷,那么这个能量低谷的位置就对应新的稳定结构。计算这个稳定结构的声子谱应该是没有虚频的。但是你给出的声子谱在整个布里渊区都有虚频,用这种方法可能就不适应了,因为你没办法同时按照所有布里渊区点的本征矢移动原子。

或许大家有别的方法,这个我就不太清楚了!
与其临渊羡鱼,不如退而结网!
4楼2011-09-20 11:41:18
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