应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】虚频消除问题--虚频振动坐标能找到，怎么找不到相应的原坐标
71/1返回列表
查看: 1370  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

qqfly2003

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】虚频消除问题--虚频振动坐标能找到，怎么找不到相应的原坐标 已有2人参与

网上找到一个方法：
找到虚频振动坐标
把xsd存为mol,用写字板打开，里面有各原子坐标
把虚频坐标一半加到相应原子坐标上，以之为初始即可
问题：打开Fe2Ge5-1-D5h.mol
  MatStudio         3D                             0

  7 15  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -5.4950    0.7640   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.7560   -1.0250   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.4830   -0.1005   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.3029    2.3467   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.5402    3.4508   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4375    1.3215    1.1536 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4375    1.3215   -1.1733 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
  3  2  1  0  0  0
  4  3  1  0  0  0
  5  4  1  0  0  0
  1  2  1  0  0  0
  1  5  1  0  0  0
  5  6  1  0  0  0
  1  6  1  0  0  0
  2  6  1  0  0  0
  4  6  1  0  0  0
  3  6  1  0  0  0
  5  7  1  0  0  0
  4  7  1  0  0  0
  3  7  1  0  0  0
  2  7  1  0  0  0
  1  7  1  0  0  0
M  END
不知道该如何下手
寻求：如何找到对应的坐标，下图如何相加
比如  1:  -45.0  
  
Ge x      0.0000      
    y      0.1858      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y     -0.5216      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y      0.6011      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y     -0.5216      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y      0.1858      
    z      0.0000      
Fe x      0.0000      
    y      0.0402      
    z     -0.1053      
Fe x      0.0000      
    y      0.0402      
    z      0.1053
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-07-07 10:57:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lfhuang

木虫 (著名写手)
★ ★
qqfly2003(金币+1):谢谢参与
lvjian8596(金币+1):感谢交流！ 2010-07-07 12:59:10
qqfly2003(金币+2): 2010-07-09 08:27:51
消除虚频可以直接结构优化（无对称性限制）。如果这样还有虚频，那纯属振动频率计算的数值误差导致的。
赞一下(2人) 回复此楼
先进使役材料计算（https://aidme.nimte.ac.cn）
2楼2010-07-07 12:24:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qqfly2003

银虫 (初入文坛)
直接优化，我试着使用不同精度进行再次优化，多数有虚频的结构仍然没有消除，是不是需要尝试调整一下结构..
赞一下 回复此楼
3楼2010-07-09 08:30:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qqfly2003

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by qqfly2003 at 2010-07-07 10:57:04:
网上找到一个方法：
找到虚频振动坐标
把xsd存为mol,用写字板打开，里面有各原子坐标
把虚频坐标一半加到相应原子坐标上，以之为初始即可
问题：打开Fe2Ge5-1-D5h.mol
  MatStudio         3D              ...

直接优化，我试着使用不同精度进行再次优化，多数有虚频的结构仍然没有消除，是不是需要尝试调整一下结构..
赞一下 回复此楼
4楼2010-07-09 08:30:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lfhuang

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢指点 2010-07-09 14:32:04
计算振动频率很可能需要较高的收敛精度和较多的基组数目（在其它地方可以理解为较高的截断能）。
赞一下(1人) 回复此楼
先进使役材料计算（https://aidme.nimte.ac.cn）
5楼2010-07-09 13:39:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yasistar

禁虫 (正式写手)
★
qqfly2003(金币+1):谢谢参与
本帖内容被屏蔽
6楼2011-04-18 12:14:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

woxiangfei

木虫 (文坛精英)
★
qqfly2003(金币+1): 谢谢参与
你在小木虫里找个消除虚频的软件
赞一下 回复此楼
7楼2012-06-27 14:22:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 qqfly2003 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 271材料工程求调剂 +8 .6lL 2026-03-18 8/400 2026-03-21 00:58 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:32 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交大，求调剂 +5 材化逐梦人 2026-03-18 5/250 2026-03-21 00:26 by JourneyLucky
[考研] 299求调剂 +4 shxchem 2026-03-20 5/250 2026-03-21 00:24 by 星空星月
[考研] 296求调剂 +6 www_q 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:56 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华中农业071010，总分320求调剂 +3 困困困困坤坤 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:38 by 学员8dgXkO
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:35 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
[考研] 353求调剂 +3 拉钩不许变 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:56 by JourneyLucky
[考研] 261求B区调剂，科研经历丰富 +3 牛奶很忙 2026-03-20 4/200 2026-03-20 19:34 by JourneyLucky
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考博] 申博26年 +3 八6八68 2026-03-19 3/150 2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +5 梨花珞晚风 2026-03-17 5/250 2026-03-18 14:49 by haxia
[考研] 303求调剂 +4 睿08 2026-03-17 6/300 2026-03-18 11:01 by Iveryant
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 326求调剂 +5 上岸的小葡 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:26 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿南京大学，080500材料科学与工程，调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭