应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】虚频消除问题--虚频振动坐标能找到，怎么找不到相应的原坐标
71/1返回列表
查看: 1561  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

qqfly2003

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】虚频消除问题--虚频振动坐标能找到，怎么找不到相应的原坐标 已有2人参与

网上找到一个方法：
找到虚频振动坐标
把xsd存为mol,用写字板打开，里面有各原子坐标
把虚频坐标一半加到相应原子坐标上，以之为初始即可
问题：打开Fe2Ge5-1-D5h.mol
  MatStudio         3D                             0

  7 15  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -5.4950    0.7640   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.7560   -1.0250   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.4830   -0.1005   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.3029    2.3467   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.5402    3.4508   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4375    1.3215    1.1536 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4375    1.3215   -1.1733 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
  3  2  1  0  0  0
  4  3  1  0  0  0
  5  4  1  0  0  0
  1  2  1  0  0  0
  1  5  1  0  0  0
  5  6  1  0  0  0
  1  6  1  0  0  0
  2  6  1  0  0  0
  4  6  1  0  0  0
  3  6  1  0  0  0
  5  7  1  0  0  0
  4  7  1  0  0  0
  3  7  1  0  0  0
  2  7  1  0  0  0
  1  7  1  0  0  0
M  END
不知道该如何下手
寻求：如何找到对应的坐标，下图如何相加
比如  1:  -45.0  
  
Ge x      0.0000      
    y      0.1858      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y     -0.5216      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y      0.6011      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y     -0.5216      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y      0.1858      
    z      0.0000      
Fe x      0.0000      
    y      0.0402      
    z     -0.1053      
Fe x      0.0000      
    y      0.0402      
    z      0.1053
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-07-07 10:57:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lfhuang

木虫 (著名写手)
★ ★
qqfly2003(金币+1):谢谢参与
lvjian8596(金币+1):感谢交流！ 2010-07-07 12:59:10
qqfly2003(金币+2): 2010-07-09 08:27:51
消除虚频可以直接结构优化（无对称性限制）。如果这样还有虚频，那纯属振动频率计算的数值误差导致的。
赞一下(2人) 回复此楼
先进使役材料计算（https://aidme.nimte.ac.cn）
2楼2010-07-07 12:24:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qqfly2003

银虫 (初入文坛)
直接优化，我试着使用不同精度进行再次优化，多数有虚频的结构仍然没有消除，是不是需要尝试调整一下结构..
赞一下 回复此楼
3楼2010-07-09 08:30:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qqfly2003

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by qqfly2003 at 2010-07-07 10:57:04:
网上找到一个方法：
找到虚频振动坐标
把xsd存为mol,用写字板打开，里面有各原子坐标
把虚频坐标一半加到相应原子坐标上，以之为初始即可
问题：打开Fe2Ge5-1-D5h.mol
  MatStudio         3D              ...

直接优化，我试着使用不同精度进行再次优化，多数有虚频的结构仍然没有消除，是不是需要尝试调整一下结构..
赞一下 回复此楼
4楼2010-07-09 08:30:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lfhuang

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢指点 2010-07-09 14:32:04
计算振动频率很可能需要较高的收敛精度和较多的基组数目（在其它地方可以理解为较高的截断能）。
赞一下(1人) 回复此楼
先进使役材料计算（https://aidme.nimte.ac.cn）
5楼2010-07-09 13:39:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yasistar

禁虫 (正式写手)
★
qqfly2003(金币+1):谢谢参与
本帖内容被屏蔽
6楼2011-04-18 12:14:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

woxiangfei

木虫 (文坛精英)
★
qqfly2003(金币+1): 谢谢参与
你在小木虫里找个消除虚频的软件
赞一下 回复此楼
7楼2012-06-27 14:22:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 qqfly2003 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤？
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +20 koalala 2026-08-24 22/1100 2026-08-24 18:01 by Nano-Firefly
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +5 scalable 2026-08-24 5/250 2026-08-24 17:03 by spiderzhuzhi
[基金申请] 估计是周四 +4 archvillain 2026-08-18 4/200 2026-08-24 13:53 by zzuzxg
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 明天应该可查了！？ +4 chengyan1220 2026-08-23 4/200 2026-08-24 08:47 by gloomy6159
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭