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qqfly2003

银虫 (初入文坛)

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专业: 无机材料化学

[交流] 【求助】虚频消除问题--虚频振动坐标能找到，怎么找不到相应的原坐标已有2人参与

网上找到一个方法：
找到虚频振动坐标
把xsd存为mol,用写字板打开，里面有各原子坐标
把虚频坐标一半加到相应原子坐标上，以之为初始即可
问题：打开Fe2Ge5-1-D5h.mol
  MatStudio       3D                            0

  7 15  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
-5.4950 0.7640 -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-3.7560 -1.0250 -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-1.4830 -0.1005 -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-1.3029 2.3467 -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-3.5402 3.4508 -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-3.4375 1.3215 1.1536 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
-3.4375 1.3215 -1.1733 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
  3  2  1  0  0  0
  4  3  1  0  0  0
  5  4  1  0  0  0
  1  2  1  0  0  0
  1  5  1  0  0  0
  5  6  1  0  0  0
  1  6  1  0  0  0
  2  6  1  0  0  0
  4  6  1  0  0  0
  3  6  1  0  0  0
  5  7  1  0  0  0
  4  7  1  0  0  0
  3  7  1  0  0  0
  2  7  1  0  0  0
  1  7  1  0  0  0
M  END
不知道该如何下手
寻求：如何找到对应的坐标，下图如何相加
比如  1:  -45.0

Ge x    0.0000
y    0.1858
z    0.0000
Ge x    0.0000
y    -0.5216
z    0.0000
Ge x    0.0000
y    0.6011
z    0.0000
Ge x    0.0000
y    -0.5216
z    0.0000
Ge x    0.0000
y    0.1858
z    0.0000
Fe x    0.0000
y    0.0402
z    -0.1053
Fe x    0.0000
y    0.0402
z    0.1053

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1楼2010-07-07 10:57:04

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lfhuang

木虫 (著名写手)

应助: 39 (小学生)
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专业: 金属材料表面科学与工程

★ ★
qqfly2003(金币+1):谢谢参与
lvjian8596(金币+1):感谢交流！ 2010-07-07 12:59:10
qqfly2003(金币+2): 2010-07-09 08:27:51

消除虚频可以直接结构优化（无对称性限制）。如果这样还有虚频，那纯属振动频率计算的数值误差导致的。

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先进使役材料计算（https://aidme.nimte.ac.cn）

2楼2010-07-07 12:24:59

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qqfly2003

银虫 (初入文坛)

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专业: 无机材料化学

直接优化，我试着使用不同精度进行再次优化，多数有虚频的结构仍然没有消除，是不是需要尝试调整一下结构..

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3楼2010-07-09 08:30:30

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qqfly2003

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引用回帖:

Originally posted by qqfly2003 at 2010-07-07 10:57:04:
网上找到一个方法：
找到虚频振动坐标
把xsd存为mol,用写字板打开，里面有各原子坐标
把虚频坐标一半加到相应原子坐标上，以之为初始即可
问题：打开Fe2Ge5-1-D5h.mol
MatStudio 3D ...

直接优化，我试着使用不同精度进行再次优化，多数有虚频的结构仍然没有消除，是不是需要尝试调整一下结构..

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4楼2010-07-09 08:30:54

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