应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】虚频消除问题--虚频振动坐标能找到，怎么找不到相应的原坐标
71/1返回列表
查看: 1551  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

qqfly2003

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】虚频消除问题--虚频振动坐标能找到，怎么找不到相应的原坐标 已有2人参与

网上找到一个方法：
找到虚频振动坐标
把xsd存为mol,用写字板打开，里面有各原子坐标
把虚频坐标一半加到相应原子坐标上，以之为初始即可
问题：打开Fe2Ge5-1-D5h.mol
  MatStudio         3D                             0

  7 15  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -5.4950    0.7640   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.7560   -1.0250   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.4830   -0.1005   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.3029    2.3467   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.5402    3.4508   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4375    1.3215    1.1536 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4375    1.3215   -1.1733 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
  3  2  1  0  0  0
  4  3  1  0  0  0
  5  4  1  0  0  0
  1  2  1  0  0  0
  1  5  1  0  0  0
  5  6  1  0  0  0
  1  6  1  0  0  0
  2  6  1  0  0  0
  4  6  1  0  0  0
  3  6  1  0  0  0
  5  7  1  0  0  0
  4  7  1  0  0  0
  3  7  1  0  0  0
  2  7  1  0  0  0
  1  7  1  0  0  0
M  END
不知道该如何下手
寻求：如何找到对应的坐标，下图如何相加
比如  1:  -45.0  
  
Ge x      0.0000      
    y      0.1858      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y     -0.5216      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y      0.6011      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y     -0.5216      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y      0.1858      
    z      0.0000      
Fe x      0.0000      
    y      0.0402      
    z     -0.1053      
Fe x      0.0000      
    y      0.0402      
    z      0.1053
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-07-07 10:57:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lfhuang

木虫 (著名写手)
★ ★
qqfly2003(金币+1):谢谢参与
lvjian8596(金币+1):感谢交流！ 2010-07-07 12:59:10
qqfly2003(金币+2): 2010-07-09 08:27:51
消除虚频可以直接结构优化（无对称性限制）。如果这样还有虚频，那纯属振动频率计算的数值误差导致的。
赞一下(2人) 回复此楼
先进使役材料计算（https://aidme.nimte.ac.cn）
2楼2010-07-07 12:24:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qqfly2003

银虫 (初入文坛)
直接优化，我试着使用不同精度进行再次优化，多数有虚频的结构仍然没有消除，是不是需要尝试调整一下结构..
赞一下 回复此楼
3楼2010-07-09 08:30:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qqfly2003

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by qqfly2003 at 2010-07-07 10:57:04:
网上找到一个方法：
找到虚频振动坐标
把xsd存为mol,用写字板打开，里面有各原子坐标
把虚频坐标一半加到相应原子坐标上，以之为初始即可
问题：打开Fe2Ge5-1-D5h.mol
  MatStudio         3D              ...

直接优化，我试着使用不同精度进行再次优化，多数有虚频的结构仍然没有消除，是不是需要尝试调整一下结构..
赞一下 回复此楼
4楼2010-07-09 08:30:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lfhuang

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢指点 2010-07-09 14:32:04
计算振动频率很可能需要较高的收敛精度和较多的基组数目（在其它地方可以理解为较高的截断能）。
赞一下(1人) 回复此楼
先进使役材料计算（https://aidme.nimte.ac.cn）
5楼2010-07-09 13:39:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yasistar

禁虫 (正式写手)
★
qqfly2003(金币+1):谢谢参与
本帖内容被屏蔽
6楼2011-04-18 12:14:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

woxiangfei

木虫 (文坛精英)
★
qqfly2003(金币+1): 谢谢参与
你在小木虫里找个消除虚频的软件
赞一下 回复此楼
7楼2012-06-27 14:22:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 qqfly2003 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +23 医学老男孩 2026-08-13 49/2450 2026-08-14 20:02 by zhaifei
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +5 Ldrop2023 2026-08-13 5/250 2026-08-14 18:48 by ssxclkj
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +8 a089 2026-08-07 8/400 2026-08-14 18:46 by beefly
[基金申请] filecode +6 cratir 2026-08-14 10/500 2026-08-14 18:29 by 笑叹辞穷
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +6 majunge000 2026-08-11 8/400 2026-08-14 14:44 by 医学老男孩
[基金申请] 好奇怪的filecode +6 布布和一二 2026-08-08 7/350 2026-08-14 13:38 by Equinoxhua
[论文投稿] 职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊 +5 工厂打螺丝 2026-08-08 5/250 2026-08-14 11:03 by 玖戈弋
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +10 Tide man 2026-08-10 11/550 2026-08-14 10:30 by 沁言学术
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭