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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 【求助】ph.x计算振动频率的问题
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】ph.x计算振动频率的问题 已有5人参与

我想计算一个吸附在硅表面上的水分子的振动频率。所有的原子都计算的话，我试过，太慢了，由于我只想计算水分子的振动频率，就把表面硅原子全部固定。方法是在ph.x的输入文件里加上这样一项：nat_todo=3，并给出水分子三个原子的原子系数。能跑起来，但是算完后，在out文件里却没有任何振动频率的结果。反复试了几次都是如此，还以为是bug,换用最新的QE4.2版本算也是同样的结果。问题出在哪里？请高人指点迷津...
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1楼 2010-05-31 11:22:18
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
huazhorg(金币+1):谢谢参与
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-05-31 14:15:52
请贴出你的ph.x的输入文件。
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2楼2010-05-31 12:52:42
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
ph.x 的输入是这样的：
vibrations of H2O
&inputph
  nat_todo=3,
  tr2_ph=4.0d-17,
  prefix='H2O',
  outdir='～/tmp',
  amass(1)=28.d0,
  amass(2)=16.d0,
  amass(3)=1.d0,
  fildyn='H2O.dyn',
  asr=.true.,
  zue=.true.,
  epsil=.true.,
  trans=.true.,
/
0.0 0.0 0.0
25 26  27

最下面的三个数，即是水的三个原子在超胞中的系号.（即1-24号原子都是硅原子)

其中输出文件最后的部分内容为：
       …………………………………………
      iter #  10 total cpu time : 54288.4 secs   av.it.:  21.0
      thresh= 0.256E-07 alpha_mix =  0.700 |ddv_scf|^2 =  0.362E-13

      iter #  11 total cpu time : 54509.6 secs   av.it.:  21.0
      thresh= 0.190E-07 alpha_mix =  0.700 |ddv_scf|^2 =  0.429E-14

     End of self-consistent calculation

     Convergence has been achieved

     Stopping because representation    1 is not done

     PHONON       :    15h 8m CPU time,       15h11m wall time

     INITIALIZATION:
     phq_setup    :     1.27s CPU
     phq_init     :  6207.15s CPU

     phq_init     :  6207.15s CPU
   ………………………………………………………………

可以看出，循环结束后，按照常规，本应该给出声子结果的，却没有，而是直接结束了，没有给出任何声子的数据。
（补充：asr=.true.,   zue=.true.,   epsil=.true.,   trans=.true. 这几项可以不要，但结果也是一样的：没有声子。）

[ Last edited by huazhorg on 2010-5-31 at 14:40 ]
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3楼2010-05-31 14:38:00
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
huazhorg(金币+2): 2010-05-31 18:40:35
qasd(金币+2):谢谢 2010-05-31 20:42:24
为计算出频率的原因，可能是你的tr2_ph的收敛精度设置太高，而未收敛，适当降低它。

在做ph.x之前进行的pw.x中，使用多个点。比如下面的：
K_POINTS {automatic}
6 6 1 1 1 1


将ph.x的输入文件中下面的：
vibrations of H2O
&inputph
  tr2_ph=4.0d-14,
  prefix='H2O',
  outdir='～/tmp',
  amass(1)=28.d0,
  amass(2)=16.d0,
  amass(3)=1.d0,
  asr=.true.,
  epsil=.false.,
  trans=.true.,
  lraman=.false.,
  elop=.false.,
fildyn='H2O.dyn',
fildrho='H2O.drho',
  nat_todo=3,
/
0.0 0.0 0.0
25 26  27

上面的调整是针对4.1.2版本的。试试看。

[ Last edited by valenhou001 on 2010-5-31 at 17:00 ]
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4楼2010-05-31 16:57:58
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等待的心

金虫 (正式写手)
★
huazhorg(金币+1):谢谢参与
我想请教下楼主，固定原子能省大概多少时间？
谢谢！
我现在也很困惑，我计算频率也很花费时间
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waitingisbeautiful!
5楼2010-05-31 18:40:17
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
★
qasd(金币+1):谢谢 2010-05-31 20:42:31
引用回帖:
Originally posted by 等待的心 at 2010-05-31 18:40:17:
我想请教下楼主，固定原子能省大概多少时间？
谢谢！
我现在也很困惑，我计算频率也很花费时间

如果你的体系很多原子，只需要关注局部的振动情况（比如吸附体系），可以把其他部分都固定，这样可以节省绝大部分时间。如果不固定，N个原子的体系一般需要3N步循环，如果如果只想让其中的X个振动，其他的固定，就只需要3X步循环就够了。因此固定原子是很有实用意义的。但是现在的问题是，固定原子的问题还没有解决。

[ Last edited by huazhorg on 2010-5-31 at 18:56 ]
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6楼2010-05-31 18:44:55
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-05-31 16:57:58:
为计算出频率的原因，可能是你的tr2_ph的收敛精度设置太高，而未收敛，适当降低它。

在做ph.x之前进行的pw.x中，使用多个点。比如下面的：
K_POINTS {automatic}
6 6 1 1 1 1


将ph.x的输入文件中下面的 ...

我试过了，降低了精度，按照你说的办法调整了参数，也还不行。另外，做SCF运算时，K点只能取在GAMMA点，其他点会出错的。
尝试了很多次，现在这个问题好棘手啊……
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7楼2010-05-31 18:48:03
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
如果有人能帮我在pwscf forum 上问问也行，我上不了该论坛。（我注册了，但是发现上去很麻烦，不知道怎么上去发贴）。Thanks all !
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8楼2010-05-31 19:34:52
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
huazhorg(金币+2): 2010-05-31 22:09:04
gavinliu7390(金币+2):谢谢交流！ 2010-06-01 10:48:04
引用回帖:
Originally posted by huazhorg at 2010-05-31 19:34:52:
如果有人能帮我在pwscf forum 上问问也行，我上不了该论坛。（我注册了，但是发现上去很麻烦，不知道怎么上去发贴）。Thanks all !

可以的话，把你pw.x和ph.x的输入文件发到valenhou@gmail.com.我再帮你看看。
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9楼2010-05-31 21:33:43
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-05-31 21:33:43:


可以的话，把你pw.x和ph.x的输入文件发到valenhou@gmail.com.我再帮你看看。

pw.x和ph.x的输入输出文件我已经发送到你的邮箱你了，谢谢。
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10楼2010-05-31 22:24:50
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