应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 【求助】ph.x计算振动频率的问题
161/2返回列表12下一页
查看: 3375  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】ph.x计算振动频率的问题 已有5人参与

我想计算一个吸附在硅表面上的水分子的振动频率。所有的原子都计算的话，我试过，太慢了，由于我只想计算水分子的振动频率，就把表面硅原子全部固定。方法是在ph.x的输入文件里加上这样一项：nat_todo=3，并给出水分子三个原子的原子系数。能跑起来，但是算完后，在out文件里却没有任何振动频率的结果。反复试了几次都是如此，还以为是bug,换用最新的QE4.2版本算也是同样的结果。问题出在哪里？请高人指点迷津...
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-05-31 11:22:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
huazhorg(金币+1):谢谢参与
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-05-31 14:15:52
请贴出你的ph.x的输入文件。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-05-31 12:52:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
ph.x 的输入是这样的：
vibrations of H2O
&inputph
  nat_todo=3,
  tr2_ph=4.0d-17,
  prefix='H2O',
  outdir='～/tmp',
  amass(1)=28.d0,
  amass(2)=16.d0,
  amass(3)=1.d0,
  fildyn='H2O.dyn',
  asr=.true.,
  zue=.true.,
  epsil=.true.,
  trans=.true.,
/
0.0 0.0 0.0
25 26  27

最下面的三个数，即是水的三个原子在超胞中的系号.（即1-24号原子都是硅原子)

其中输出文件最后的部分内容为：
       …………………………………………
      iter #  10 total cpu time : 54288.4 secs   av.it.:  21.0
      thresh= 0.256E-07 alpha_mix =  0.700 |ddv_scf|^2 =  0.362E-13

      iter #  11 total cpu time : 54509.6 secs   av.it.:  21.0
      thresh= 0.190E-07 alpha_mix =  0.700 |ddv_scf|^2 =  0.429E-14

     End of self-consistent calculation

     Convergence has been achieved

     Stopping because representation    1 is not done

     PHONON       :    15h 8m CPU time,       15h11m wall time

     INITIALIZATION:
     phq_setup    :     1.27s CPU
     phq_init     :  6207.15s CPU

     phq_init     :  6207.15s CPU
   ………………………………………………………………

可以看出，循环结束后，按照常规，本应该给出声子结果的，却没有，而是直接结束了，没有给出任何声子的数据。
（补充：asr=.true.,   zue=.true.,   epsil=.true.,   trans=.true. 这几项可以不要，但结果也是一样的：没有声子。）

[ Last edited by huazhorg on 2010-5-31 at 14:40 ]
赞一下 回复此楼
3楼2010-05-31 14:38:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
huazhorg(金币+2): 2010-05-31 18:40:35
qasd(金币+2):谢谢 2010-05-31 20:42:24
为计算出频率的原因，可能是你的tr2_ph的收敛精度设置太高，而未收敛，适当降低它。

在做ph.x之前进行的pw.x中，使用多个点。比如下面的：
K_POINTS {automatic}
6 6 1 1 1 1


将ph.x的输入文件中下面的：
vibrations of H2O
&inputph
  tr2_ph=4.0d-14,
  prefix='H2O',
  outdir='～/tmp',
  amass(1)=28.d0,
  amass(2)=16.d0,
  amass(3)=1.d0,
  asr=.true.,
  epsil=.false.,
  trans=.true.,
  lraman=.false.,
  elop=.false.,
fildyn='H2O.dyn',
fildrho='H2O.drho',
  nat_todo=3,
/
0.0 0.0 0.0
25 26  27

上面的调整是针对4.1.2版本的。试试看。

[ Last edited by valenhou001 on 2010-5-31 at 17:00 ]
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-05-31 16:57:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

等待的心

金虫 (正式写手)
★
huazhorg(金币+1):谢谢参与
我想请教下楼主，固定原子能省大概多少时间？
谢谢！
我现在也很困惑，我计算频率也很花费时间
赞一下(1人) 回复此楼
waitingisbeautiful!
5楼2010-05-31 18:40:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
★
qasd(金币+1):谢谢 2010-05-31 20:42:31
引用回帖:
Originally posted by 等待的心 at 2010-05-31 18:40:17:
我想请教下楼主，固定原子能省大概多少时间？
谢谢！
我现在也很困惑，我计算频率也很花费时间

如果你的体系很多原子，只需要关注局部的振动情况（比如吸附体系），可以把其他部分都固定，这样可以节省绝大部分时间。如果不固定，N个原子的体系一般需要3N步循环，如果如果只想让其中的X个振动，其他的固定，就只需要3X步循环就够了。因此固定原子是很有实用意义的。但是现在的问题是，固定原子的问题还没有解决。

[ Last edited by huazhorg on 2010-5-31 at 18:56 ]
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-05-31 18:44:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-05-31 16:57:58:
为计算出频率的原因，可能是你的tr2_ph的收敛精度设置太高，而未收敛，适当降低它。

在做ph.x之前进行的pw.x中，使用多个点。比如下面的：
K_POINTS {automatic}
6 6 1 1 1 1


将ph.x的输入文件中下面的 ...

我试过了，降低了精度，按照你说的办法调整了参数，也还不行。另外，做SCF运算时，K点只能取在GAMMA点，其他点会出错的。
尝试了很多次，现在这个问题好棘手啊……
赞一下 回复此楼
7楼2010-05-31 18:48:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
如果有人能帮我在pwscf forum 上问问也行，我上不了该论坛。（我注册了，但是发现上去很麻烦，不知道怎么上去发贴）。Thanks all !
赞一下 回复此楼
8楼2010-05-31 19:34:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
huazhorg(金币+2): 2010-05-31 22:09:04
gavinliu7390(金币+2):谢谢交流！ 2010-06-01 10:48:04
引用回帖:
Originally posted by huazhorg at 2010-05-31 19:34:52:
如果有人能帮我在pwscf forum 上问问也行，我上不了该论坛。（我注册了，但是发现上去很麻烦，不知道怎么上去发贴）。Thanks all !

可以的话，把你pw.x和ph.x的输入文件发到valenhou@gmail.com.我再帮你看看。
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2010-05-31 21:33:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-05-31 21:33:43:


可以的话，把你pw.x和ph.x的输入文件发到valenhou@gmail.com.我再帮你看看。

pw.x和ph.x的输入输出文件我已经发送到你的邮箱你了，谢谢。
赞一下 回复此楼
10楼2010-05-31 22:24:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 huazhorg 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 听说今天filecode变了 +16 布布和一二 2026-08-06 30/1500 2026-08-06 21:37 by 虫友是什么虫
[基金申请] filecode +10 等待解的谜 2026-08-06 14/700 2026-08-06 21:16 by zhanghaozhu
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +3 archvillain 2026-08-06 7/350 2026-08-06 21:05 by archvillain
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 6/300 2026-08-06 20:19 by 苏知砚
[基金申请] 基金中了 +4 laoda193707 2026-08-06 4/200 2026-08-06 18:56 by olivermiaoer
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备？ 50+3 kf2781974 2026-07-31 12/600 2026-08-06 15:11 by eddyin
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[教师之家] 咨询面上基金 +4 李长云 2026-07-31 7/350 2026-08-06 11:20 by 李长云
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +22 低垂的野花 2026-07-31 30/1500 2026-08-05 18:03 by 低垂的野花
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
[基金申请] 有没有H口的？有收到消息的吗？ +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[论文投稿] 十年后又回来了，论文投稿求助 +3 哈哈114477 2026-08-01 3/150 2026-08-04 15:40 by tegsgjy20
[基金申请] 纯娱乐，不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
[基金申请] 娱乐 +4 Tide man 2026-08-03 4/200 2026-08-04 11:51 by wgch518
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭