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huazhorg铁杆木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】ph.x计算振动频率的问题已有5人参与
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| 我想计算一个吸附在硅表面上的水分子的振动频率。所有的原子都计算的话，我试过，太慢了，由于我只想计算水分子的振动频率，就把表面硅原子全部固定。方法是在ph.x的输入文件里加上这样一项：nat_todo=3，并给出水分子三个原子的原子系数。能跑起来，但是算完后，在out文件里却没有任何振动频率的结果。反复试了几次都是如此，还以为是bug,换用最新的QE4.2版本算也是同样的结果。问题出在哪里？请高人指点迷津... |
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10楼2010-05-31 22:24:50
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2楼2010-05-31 12:52:42
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ph.x 的输入是这样的： vibrations of H2O &inputph nat_todo=3, tr2_ph=4.0d-17, prefix='H2O', outdir='～/tmp', amass(1)=28.d0, amass(2)=16.d0, amass(3)=1.d0, fildyn='H2O.dyn', asr=.true., zue=.true., epsil=.true., trans=.true., / 0.0 0.0 0.0 25 26 27 最下面的三个数，即是水的三个原子在超胞中的系号.（即1-24号原子都是硅原子) 其中输出文件最后的部分内容为： ………………………………………… iter # 10 total cpu time : 54288.4 secs av.it.: 21.0 thresh= 0.256E-07 alpha_mix = 0.700 |ddv_scf|^2 = 0.362E-13 iter # 11 total cpu time : 54509.6 secs av.it.: 21.0 thresh= 0.190E-07 alpha_mix = 0.700 |ddv_scf|^2 = 0.429E-14 End of self-consistent calculation Convergence has been achieved Stopping because representation 1 is not done PHONON : 15h 8m CPU time, 15h11m wall time INITIALIZATION: phq_setup : 1.27s CPU phq_init : 6207.15s CPU phq_init : 6207.15s CPU ……………………………………………………………… 可以看出，循环结束后，按照常规，本应该给出声子结果的，却没有，而是直接结束了，没有给出任何声子的数据。 （补充：asr=.true., zue=.true., epsil=.true., trans=.true. 这几项可以不要，但结果也是一样的：没有声子。） [ Last edited by huazhorg on 2010-5-31 at 14:40 ] |
3楼2010-05-31 14:38:00
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huazhorg(金币+2): 2010-05-31 18:40:35
qasd(金币+2):谢谢 2010-05-31 20:42:24
huazhorg(金币+2): 2010-05-31 18:40:35
qasd(金币+2):谢谢 2010-05-31 20:42:24
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为计算出频率的原因，可能是你的tr2_ph的收敛精度设置太高，而未收敛，适当降低它。 在做ph.x之前进行的pw.x中，使用多个点。比如下面的： K_POINTS {automatic} 6 6 1 1 1 1 将ph.x的输入文件中下面的： vibrations of H2O &inputph tr2_ph=4.0d-14, prefix='H2O', outdir='～/tmp', amass(1)=28.d0, amass(2)=16.d0, amass(3)=1.d0, asr=.true., epsil=.false., trans=.true., lraman=.false., elop=.false., fildyn='H2O.dyn', fildrho='H2O.drho', nat_todo=3, / 0.0 0.0 0.0 25 26 27 上面的调整是针对4.1.2版本的。试试看。 [ Last edited by valenhou001 on 2010-5-31 at 17:00 ] |
4楼2010-05-31 16:57:58