应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 【求助】ph.x计算振动频率的问题
162/2返回列表上一页12
查看: 2818  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢交流 2010-06-01 11:05:56
huazhorg(金币+2):谢谢交流！ 2010-06-01 14:46:18
这个可能与你测试的这个体系很有关系COH2。
你进行下面的测试：
vibrations of hcho
&inputph
  nat_todo=3,
tr2_ph=4.0d-10,
  prefix='HCHO',
  outdir='./tmp/',
  amass(1)=12.d0,
  amass(2)=16.d0,
  amass(3)=1.d0,
  fildyn='hcho.dyn',
  asr=.true.,
  epsil=.false.,
  trans=.true.,
  lraman=.false.,
  elop=.false.,
  fildrho='H2O.drho',
  nogg=.true.,
/
0.0 0.0 0.0
1 2 3

这是我测试SiH4分子的例子：
&control
    calculation='scf'
    restart_mode='from_scratch',
    pseudo_dir = './',
    outdir='./tmp/'
    title='Test Silane SiH4 gamma only'
    prefix='sih4'
/
&system
    ibrav=2, celldm(1) =12.0, nat=5, ntyp= 2,
    ecutwfc =16.0
/
  &electrons
    mixing_mode='plain'
    mixing_beta = 0.7,
    conv_thr =  1.0d-8
/
ATOMIC_SPECIES
Si 28.086 Si.pz-vbc.UPF
  H  1.008  H.pz-vbc.UPF
ATOMIC_POSITIONS (alat)
Si   0.000000000   0.000000000   0.000000000
  H   0.128530744   0.128530744   0.128530744
  H  -0.128530744  -0.128530744   0.128530744
  H  -0.128530744   0.128530744  -0.128530744
  H   0.128530744  -0.128530744  -0.128530744
K_POINTS {automatic}
1 1 1 1 1 1

-------------ph.x---
normal modes for sih4
&inputph
  tr2_ph=1.0d-14,
  prefix='sih4',
  amass(1)=28.086,
  amass(2)=1.008,
  outdir='./tmp/',
  epsil=.false.,
  trans=.true.,
  lraman=.false.
  fildyn='sih4.dyn'
  fildrho='sih4.drho',
  nat_todo=1
/
0.0 0.0 0.0
1
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2010-06-01 10:50:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
xiaohunhun(金币+2):xiexie 2010-06-01 22:59:32
经过我的测试，上面的那个hcho的例子，计算里有声子，但是是全部声子，12个振动模式，运算量并没有减少，好像nat_todo=3完全不起作用了。如果固定两个原子或以上，就又不行了。在实际计算中，肯定不只是固定一个原子。
测试你下面给出的例子，输出文件还是没有振动频率的结果。

[ Last edited by huazhorg on 2010-6-1 at 14:54 ]
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2010-06-01 14:52:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

meng303

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
问一下楼主，这个问题最终怎样解决的啊
赞一下(1人) 回复此楼
13楼2010-12-10 10:00:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-11 11:34:07
最终的办法是，对所有的原子全部计算。不过结果里有些虚频，结构是优化好的，难道是赝势的原因？不知大家是怎么解决虚频问题的？
赞一下(1人) 回复此楼
14楼2010-12-11 11:01:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weiyongkai

木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
229582楼: Originally posted by valenhou001 at 2010-05-31 12:52:42
请贴出你的ph.x的输入文件。

侯老师，我按照你写例子用ph.x计算超导临界转变温度，请问对输入文件的名称有什么具体要求么？我是直接建立ph.in,然后./ph.xph.out,提示出错，如下：
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 0.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
请问是什么问题呢？pw.x可以正常运行，并行和串行均可，这个问题困扰两天了，求助！
赞一下 回复此楼
凌云
15楼2012-11-19 23:54:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weiyongkai

木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1184427楼: Originally posted by weiyongkai at 2012-11-19 23:54:55
侯老师，我按照你写例子用ph.x计算超导临界转变温度，请问对输入文件的名称有什么具体要求么？我是直接建立ph.in,然后./ph.x<ph.in>ph.out,提示出错，如下：
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communica ...

另外我的QE是装在虚拟机里的，安装有openmpi，我怀疑是不是openmpi将进程终止了，请问必须要安装mpi么？如果不安装mpi,直接用openmpi怎么调试？谢谢：）
赞一下 回复此楼
凌云
16楼2012-11-20 00:47:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 huazhorg 的主题更新
162/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭