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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 【求助】ph.x计算振动频率的问题
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢交流 2010-06-01 11:05:56
huazhorg(金币+2):谢谢交流！ 2010-06-01 14:46:18
这个可能与你测试的这个体系很有关系COH2。
你进行下面的测试：
vibrations of hcho
&inputph
  nat_todo=3,
tr2_ph=4.0d-10,
  prefix='HCHO',
  outdir='./tmp/',
  amass(1)=12.d0,
  amass(2)=16.d0,
  amass(3)=1.d0,
  fildyn='hcho.dyn',
  asr=.true.,
  epsil=.false.,
  trans=.true.,
  lraman=.false.,
  elop=.false.,
  fildrho='H2O.drho',
  nogg=.true.,
/
0.0 0.0 0.0
1 2 3

这是我测试SiH4分子的例子：
&control
    calculation='scf'
    restart_mode='from_scratch',
    pseudo_dir = './',
    outdir='./tmp/'
    title='Test Silane SiH4 gamma only'
    prefix='sih4'
/
&system
    ibrav=2, celldm(1) =12.0, nat=5, ntyp= 2,
    ecutwfc =16.0
/
  &electrons
    mixing_mode='plain'
    mixing_beta = 0.7,
    conv_thr =  1.0d-8
/
ATOMIC_SPECIES
Si 28.086 Si.pz-vbc.UPF
  H  1.008  H.pz-vbc.UPF
ATOMIC_POSITIONS (alat)
Si   0.000000000   0.000000000   0.000000000
  H   0.128530744   0.128530744   0.128530744
  H  -0.128530744  -0.128530744   0.128530744
  H  -0.128530744   0.128530744  -0.128530744
  H   0.128530744  -0.128530744  -0.128530744
K_POINTS {automatic}
1 1 1 1 1 1

-------------ph.x---
normal modes for sih4
&inputph
  tr2_ph=1.0d-14,
  prefix='sih4',
  amass(1)=28.086,
  amass(2)=1.008,
  outdir='./tmp/',
  epsil=.false.,
  trans=.true.,
  lraman=.false.
  fildyn='sih4.dyn'
  fildrho='sih4.drho',
  nat_todo=1
/
0.0 0.0 0.0
1
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11楼2010-06-01 10:50:06
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
xiaohunhun(金币+2):xiexie 2010-06-01 22:59:32
经过我的测试，上面的那个hcho的例子，计算里有声子，但是是全部声子，12个振动模式，运算量并没有减少，好像nat_todo=3完全不起作用了。如果固定两个原子或以上，就又不行了。在实际计算中，肯定不只是固定一个原子。
测试你下面给出的例子，输出文件还是没有振动频率的结果。

[ Last edited by huazhorg on 2010-6-1 at 14:54 ]
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12楼2010-06-01 14:52:43
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meng303

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
问一下楼主，这个问题最终怎样解决的啊
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13楼2010-12-10 10:00:52
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-11 11:34:07
最终的办法是，对所有的原子全部计算。不过结果里有些虚频，结构是优化好的，难道是赝势的原因？不知大家是怎么解决虚频问题的？
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14楼2010-12-11 11:01:31
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weiyongkai

木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
229582楼: Originally posted by valenhou001 at 2010-05-31 12:52:42
请贴出你的ph.x的输入文件。

侯老师，我按照你写例子用ph.x计算超导临界转变温度，请问对输入文件的名称有什么具体要求么？我是直接建立ph.in,然后./ph.xph.out,提示出错，如下：
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 0.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
请问是什么问题呢？pw.x可以正常运行，并行和串行均可，这个问题困扰两天了，求助！
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凌云
15楼2012-11-19 23:54:55
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weiyongkai

木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1184427楼: Originally posted by weiyongkai at 2012-11-19 23:54:55
侯老师，我按照你写例子用ph.x计算超导临界转变温度，请问对输入文件的名称有什么具体要求么？我是直接建立ph.in,然后./ph.x<ph.in>ph.out,提示出错，如下：
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communica ...

另外我的QE是装在虚拟机里的，安装有openmpi，我怀疑是不是openmpi将进程终止了，请问必须要安装mpi么？如果不安装mpi,直接用openmpi怎么调试？谢谢：）
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凌云
16楼2012-11-20 00:47:40
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