应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】虚频消除问题--虚频振动坐标能找到，怎么找不到相应的原坐标
51/1返回列表
查看: 1552  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

qqfly2003

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】虚频消除问题--虚频振动坐标能找到，怎么找不到相应的原坐标 已有2人参与

网上找到一个方法：
找到虚频振动坐标
把xsd存为mol,用写字板打开，里面有各原子坐标
把虚频坐标一半加到相应原子坐标上，以之为初始即可
问题：打开Fe2Ge5-1-D5h.mol
  MatStudio         3D                             0

  7 15  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -5.4950    0.7640   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.7560   -1.0250   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.4830   -0.1005   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.3029    2.3467   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.5402    3.4508   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4375    1.3215    1.1536 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4375    1.3215   -1.1733 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
  3  2  1  0  0  0
  4  3  1  0  0  0
  5  4  1  0  0  0
  1  2  1  0  0  0
  1  5  1  0  0  0
  5  6  1  0  0  0
  1  6  1  0  0  0
  2  6  1  0  0  0
  4  6  1  0  0  0
  3  6  1  0  0  0
  5  7  1  0  0  0
  4  7  1  0  0  0
  3  7  1  0  0  0
  2  7  1  0  0  0
  1  7  1  0  0  0
M  END
不知道该如何下手
寻求：如何找到对应的坐标，下图如何相加
比如  1:  -45.0  
  
Ge x      0.0000      
    y      0.1858      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y     -0.5216      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y      0.6011      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y     -0.5216      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y      0.1858      
    z      0.0000      
Fe x      0.0000      
    y      0.0402      
    z     -0.1053      
Fe x      0.0000      
    y      0.0402      
    z      0.1053
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-07-07 10:57:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yasistar

禁虫 (正式写手)
★
qqfly2003(金币+1):谢谢参与
本帖内容被屏蔽
6楼2011-04-18 12:14:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

lfhuang

木虫 (著名写手)
★ ★
qqfly2003(金币+1):谢谢参与
lvjian8596(金币+1):感谢交流！ 2010-07-07 12:59:10
qqfly2003(金币+2): 2010-07-09 08:27:51
消除虚频可以直接结构优化（无对称性限制）。如果这样还有虚频，那纯属振动频率计算的数值误差导致的。
赞一下(2人) 回复此楼
先进使役材料计算（https://aidme.nimte.ac.cn）
2楼2010-07-07 12:24:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qqfly2003

银虫 (初入文坛)
直接优化，我试着使用不同精度进行再次优化，多数有虚频的结构仍然没有消除，是不是需要尝试调整一下结构..
赞一下 回复此楼
3楼2010-07-09 08:30:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qqfly2003

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by qqfly2003 at 2010-07-07 10:57:04:
网上找到一个方法：
找到虚频振动坐标
把xsd存为mol,用写字板打开，里面有各原子坐标
把虚频坐标一半加到相应原子坐标上，以之为初始即可
问题：打开Fe2Ge5-1-D5h.mol
  MatStudio         3D              ...

直接优化，我试着使用不同精度进行再次优化，多数有虚频的结构仍然没有消除，是不是需要尝试调整一下结构..
赞一下 回复此楼
4楼2010-07-09 08:30:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 6/300 2026-08-14 22:32 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +6 启萌科技 2026-08-12 21/1050 2026-08-14 19:48 by 启萌科技
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-14 18:36 by 正能量1斤
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[论文投稿] 职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊 +5 工厂打螺丝 2026-08-08 5/250 2026-08-14 11:03 by 玖戈弋
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭