24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1397  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

qqfly2003

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】虚频消除问题--虚频振动坐标能找到,怎么找不到相应的原坐标 已有2人参与

网上找到一个方法:
找到虚频振动坐标
把xsd存为mol,用写字板打开,里面有各原子坐标
把虚频坐标一半加到相应原子坐标上,以之为初始即可
问题:打开Fe2Ge5-1-D5h.mol
  MatStudio         3D                             0

  7 15  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -5.4950    0.7640   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.7560   -1.0250   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.4830   -0.1005   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.3029    2.3467   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.5402    3.4508   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4375    1.3215    1.1536 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4375    1.3215   -1.1733 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
  3  2  1  0  0  0
  4  3  1  0  0  0
  5  4  1  0  0  0
  1  2  1  0  0  0
  1  5  1  0  0  0
  5  6  1  0  0  0
  1  6  1  0  0  0
  2  6  1  0  0  0
  4  6  1  0  0  0
  3  6  1  0  0  0
  5  7  1  0  0  0
  4  7  1  0  0  0
  3  7  1  0  0  0
  2  7  1  0  0  0
  1  7  1  0  0  0
M  END
不知道该如何下手
寻求:如何找到对应的坐标,下图如何相加
比如  1:  -45.0  
  
Ge x      0.0000      
    y      0.1858      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y     -0.5216      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y      0.6011      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y     -0.5216      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y      0.1858      
    z      0.0000      
Fe x      0.0000      
    y      0.0402      
    z     -0.1053      
Fe x      0.0000      
    y      0.0402      
    z      0.1053
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yasistar

禁虫 (正式写手)


qqfly2003(金币+1):谢谢参与
本帖内容被屏蔽

6楼2011-04-18 12:14:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

lfhuang

木虫 (著名写手)

★ ★
qqfly2003(金币+1):谢谢参与
lvjian8596(金币+1):感谢交流! 2010-07-07 12:59:10
qqfly2003(金币+2): 2010-07-09 08:27:51
消除虚频可以直接结构优化(无对称性限制)。如果这样还有虚频,那纯属振动频率计算的数值误差导致的。
先进使役材料计算(https://aidme.nimte.ac.cn)
2楼2010-07-07 12:24:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qqfly2003

银虫 (初入文坛)

直接优化,我试着使用不同精度进行再次优化,多数有虚频的结构仍然没有消除,是不是需要尝试调整一下结构..
3楼2010-07-09 08:30:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qqfly2003

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by qqfly2003 at 2010-07-07 10:57:04:
网上找到一个方法:
找到虚频振动坐标
把xsd存为mol,用写字板打开,里面有各原子坐标
把虚频坐标一半加到相应原子坐标上,以之为初始即可
问题:打开Fe2Ge5-1-D5h.mol
  MatStudio         3D              ...

直接优化,我试着使用不同精度进行再次优化,多数有虚频的结构仍然没有消除,是不是需要尝试调整一下结构..
4楼2010-07-09 08:30:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国自然面上和省基金B类撒花 +15 花田半亩~白 2026-04-21 15/750 2026-04-23 00:09 by prepg
[考研] 312求调剂 +3 山河似你温柔 2026-04-22 3/150 2026-04-22 20:17 by 学员JpLReM
[考博] 华师大读博 +3 xq83 2026-04-22 5/250 2026-04-22 10:42 by xq83
[教师之家] 又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗 +5 yexuqing 2026-04-19 5/250 2026-04-22 10:01 by easeheart
[论文投稿] 急需审稿人!!! +3 陆小果画大饼 2026-04-21 3/150 2026-04-21 23:54 by jzy_123456
[考博] 申博/考博 +4 啃面包的小书虫 2026-04-17 8/400 2026-04-21 16:26 by 啃面包的小书虫
[考研] 295分求调剂 +6 ?要上岸? 2026-04-17 6/300 2026-04-21 08:18 by Equinoxhua
[考研] 085600材料与化工调剂 5+3 孜孜不倦2002 2026-04-19 6/300 2026-04-20 21:25 by babero
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀,最好在一个月之内的,研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 7/350 2026-04-20 15:45 by 豆豆7758
[考研] 337求调剂 +3 jyz04 2026-04-18 3/150 2026-04-20 12:24 by 研可安
[考博] 申博 +3 Xyyx. 2026-04-18 3/150 2026-04-20 10:44 by YuY66
[考博] 湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息 +3 南风观火 2026-04-18 5/250 2026-04-20 10:13 by 南风观火
[考研] 求计算机方向调剂 +3 Toffee2 2026-04-16 6/300 2026-04-19 22:37 by ll叶
[考研] 304求调剂 +8 castLight 2026-04-16 8/400 2026-04-19 17:14 by 中豫男
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 求调剂 +6 苦命人。。。 2026-04-18 7/350 2026-04-19 16:27 by 中豫男
[考研] 接受任何调剂 +6 也就是栗子 2026-04-17 7/350 2026-04-18 17:20 by 涵竹刘
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
信息提示
请填处理意见