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qqfly2003

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】虚频消除问题--虚频振动坐标能找到,怎么找不到相应的原坐标 已有2人参与

网上找到一个方法:
找到虚频振动坐标
把xsd存为mol,用写字板打开,里面有各原子坐标
把虚频坐标一半加到相应原子坐标上,以之为初始即可
问题:打开Fe2Ge5-1-D5h.mol
  MatStudio         3D                             0

  7 15  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -5.4950    0.7640   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.7560   -1.0250   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.4830   -0.1005   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.3029    2.3467   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.5402    3.4508   -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4375    1.3215    1.1536 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4375    1.3215   -1.1733 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
  3  2  1  0  0  0
  4  3  1  0  0  0
  5  4  1  0  0  0
  1  2  1  0  0  0
  1  5  1  0  0  0
  5  6  1  0  0  0
  1  6  1  0  0  0
  2  6  1  0  0  0
  4  6  1  0  0  0
  3  6  1  0  0  0
  5  7  1  0  0  0
  4  7  1  0  0  0
  3  7  1  0  0  0
  2  7  1  0  0  0
  1  7  1  0  0  0
M  END
不知道该如何下手
寻求:如何找到对应的坐标,下图如何相加
比如  1:  -45.0  
  
Ge x      0.0000      
    y      0.1858      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y     -0.5216      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y      0.6011      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y     -0.5216      
    z      0.0000      
Ge x      0.0000      
    y      0.1858      
    z      0.0000      
Fe x      0.0000      
    y      0.0402      
    z     -0.1053      
Fe x      0.0000      
    y      0.0402      
    z      0.1053
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lfhuang

木虫 (著名写手)


zzy870720z(金币+1):谢谢指点 2010-07-09 14:32:04
计算振动频率很可能需要较高的收敛精度和较多的基组数目(在其它地方可以理解为较高的截断能)。
先进使役材料计算(https://aidme.nimte.ac.cn)
5楼2010-07-09 13:39:17
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lfhuang

木虫 (著名写手)

★ ★
qqfly2003(金币+1):谢谢参与
lvjian8596(金币+1):感谢交流! 2010-07-07 12:59:10
qqfly2003(金币+2): 2010-07-09 08:27:51
消除虚频可以直接结构优化(无对称性限制)。如果这样还有虚频,那纯属振动频率计算的数值误差导致的。
先进使役材料计算(https://aidme.nimte.ac.cn)
2楼2010-07-07 12:24:59
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qqfly2003

银虫 (初入文坛)

直接优化,我试着使用不同精度进行再次优化,多数有虚频的结构仍然没有消除,是不是需要尝试调整一下结构..
3楼2010-07-09 08:30:30
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qqfly2003

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by qqfly2003 at 2010-07-07 10:57:04:
网上找到一个方法:
找到虚频振动坐标
把xsd存为mol,用写字板打开,里面有各原子坐标
把虚频坐标一半加到相应原子坐标上,以之为初始即可
问题:打开Fe2Ge5-1-D5h.mol
  MatStudio         3D              ...

直接优化,我试着使用不同精度进行再次优化,多数有虚频的结构仍然没有消除,是不是需要尝试调整一下结构..
4楼2010-07-09 08:30:54
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