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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 两个基因序列能不能做荧光定量PCR？请教大家一下！！！
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hejiansgbo

新虫 (小有名气)

[求助] 两个基因序列能不能做荧光定量PCR？请教大家一下！！！

相似度为89%的两个基因序列能不能做荧光定量PCR
我想做醇脱氢酶（ADH）基因的表达检测，但ADH1与ADH2的基因序列有89%的相似度，请问各位高手：是否有办法通过设计不同的引物把2段基因中相似度较低的序列P出来，定量PCR？
我设计过引物，好像ADH1与ADH2两条基因无法分开P出来，请大家解惑，谢谢！
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1楼2011-08-27 16:38:50
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根
手工设计引物，有的时候不能一味的相信软件。
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真相是最大的奢侈品
5楼2011-08-28 19:45:10
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

★
adslye(金币+1): 感谢应助，祝顺利！ 2011-08-28 18:02:18
这个当然可以，引物的上下游同时包含差异部分。
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真相是最大的奢侈品
2楼2011-08-27 21:33:00
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cyz20050505

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
adslye(金币+1): 鼓励交流，祝顺利！ 2011-08-28 18:02:28
把引物的3端设计在两个基因有差异的序列上，不就可以区分了吗
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-08-28 16:15:38
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adslye

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
amisking(金币+4, BioEPI+1): 想当专业啊！ 2011-08-28 20:21:44
1.建议用探针法，设计引物理论上可以区别开差异。但是real-time引物质量还是有点要求的，很可能那仅有的差异序列不适合做引物（CT值低，TM低，有错配等等。）

2.探针法，比如：AB公司的Teq MAN 探针有一个专利，就是RGB小沟结合物（可提高局部TM）。因此它可以很好地区别差异序列，理论上13-18bp大小的探针序列中只要有2个碱基不同就能很好区分。杂志认可度高，方便今后投文章。

3.如果楼主没做过real-time。探针法的好处就更多了，你直接给序列给公司，公司一条龙服务。自己跑个PCR就好，省了实验设计阶段。
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4楼2011-08-28 18:10:35
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