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gromacs 4.5.4并行安装
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第一步：我的linux用户名是yangjr 准备fftw-3.1.2.tar.gz、gromacs-4.5.4.tar.gz、lam-7.1.3.tar.gz tar –zxvf fftw-3.1.2.tar.gz tar –zxvf gromacs-4.5.4.tar.gz tar –zxvf lam-7.1.3.tar.gz 第二步： 进入cd fftw-3.1.2 ./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/yangjr/fftw make make install make distclean ./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/yangjr/fftw 在用户账户下设置环境变量vi .bashrc export CPPFLAGS=-I/home/yangjr/fftw/include export LDFLAGS=-L/home/yangjr/fftw/lib LIBS=-lmpich MPICC=cc 第三步： 进入 cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/yangjr/lam --without-fc make make install 在用户账户下设置环境变量 vi .bashrc export PATH=$PATH:/home/yangjr/lam/bin 第四步： cd gromacs-4.5.4 ./configure --prefix=/home/yangjr/gromacs --enable-mpi --program-suffix=_mpi --disable-shared make make install 在用户账户下设置环境变量 vi .bashrc export PATH=$PATH:/home/yangjr/gromacs/bin source /home/yangjr/gromacs/bin/GMXRC 最后测试：source .bashrc lamboot 出现：LAM 7.1.3/MPI 2 C++/ROMIO - Indiana University说明lam装成功了，祝贺！ mpirun 出现：Synopsis: mpirun [options] mpirun [options] mdrun_mpi 出现："Would You Like to Be the Monster Tonight ?" (Captain Beefheart) OK！都成功就可以计算了 Gromacs计算：grompp后，mpirun –np N mdrun_mpi ……. 感谢师兄的帮助及网友！！ |
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