| 查看: 3567 | 回复: 8 | ||||||
| 【奖励】 本帖被评价6次，作者yjr增加金币 4.8 个 | ||||||
[资源]
gromacs 4.5.4并行安装
|
||||||
|
第一步：我的linux用户名是yangjr 准备fftw-3.1.2.tar.gz、gromacs-4.5.4.tar.gz、lam-7.1.3.tar.gz tar –zxvf fftw-3.1.2.tar.gz tar –zxvf gromacs-4.5.4.tar.gz tar –zxvf lam-7.1.3.tar.gz 第二步： 进入cd fftw-3.1.2 ./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/yangjr/fftw make make install make distclean ./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/yangjr/fftw 在用户账户下设置环境变量vi .bashrc export CPPFLAGS=-I/home/yangjr/fftw/include export LDFLAGS=-L/home/yangjr/fftw/lib LIBS=-lmpich MPICC=cc 第三步： 进入 cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/yangjr/lam --without-fc make make install 在用户账户下设置环境变量 vi .bashrc export PATH=$PATH:/home/yangjr/lam/bin 第四步： cd gromacs-4.5.4 ./configure --prefix=/home/yangjr/gromacs --enable-mpi --program-suffix=_mpi --disable-shared make make install 在用户账户下设置环境变量 vi .bashrc export PATH=$PATH:/home/yangjr/gromacs/bin source /home/yangjr/gromacs/bin/GMXRC 最后测试：source .bashrc lamboot 出现：LAM 7.1.3/MPI 2 C++/ROMIO - Indiana University说明lam装成功了，祝贺！ mpirun 出现：Synopsis: mpirun [options] mpirun [options] mdrun_mpi 出现："Would You Like to Be the Monster Tonight ?" (Captain Beefheart) OK！都成功就可以计算了 Gromacs计算：grompp后，mpirun –np N mdrun_mpi ……. 感谢师兄的帮助及网友！！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Gromacs | TOMA'S INDEX | MD/QM/MM | 分子物理学 |
» 猜你喜欢
材料与化工304求B区调剂
已经有7人回复
-
0703化学336分求调剂
已经有4人回复
-
[复试调剂]西南科技大学国防/材料导师推荐
已经有6人回复
-
化学工程321分求调剂
已经有12人回复
-
211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习
已经有4人回复
-
材料专硕326求调剂
已经有5人回复
-
东南大学364求调剂
已经有5人回复
-
国自科面上基金字体
已经有7人回复
-
药学383 求调剂
已经有4人回复
-
286求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs4.6.5安装问题
已经有4人回复
- 安装gromacs中碰到的问题，请高手帮忙解答，非常感谢！
已经有5人回复
- Gromacs 4.5.5安装记录
已经有5人回复
- [新手求教]安装Gromacs后，查看pdb2gmx命令，显示无此命令
已经有9人回复
- gromacs运行出错
已经有3人回复
- 【讨论】gromacs 并行 mpirun
已经有4人回复
2楼2011-08-25 22:14:53
3楼2011-08-28 23:00:55
4楼2011-10-08 15:16:20
5楼2012-02-13 10:41:19
6楼2012-02-13 13:37:15
7楼2012-02-15 19:41:42
8楼2012-02-16 08:18:30
9楼2012-10-16 13:57:23
