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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs 4.5.4并行安装
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yjr

铁杆木虫 (正式写手)

[资源] gromacs 4.5.4并行安装

第一步：我的linux用户名是yangjr
准备fftw-3.1.2.tar.gz、gromacs-4.5.4.tar.gz、lam-7.1.3.tar.gz
tar –zxvf  fftw-3.1.2.tar.gz
tar –zxvf  gromacs-4.5.4.tar.gz
tar –zxvf  lam-7.1.3.tar.gz
第二步：
进入cd  fftw-3.1.2
./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/yangjr/fftw
make
make install
make distclean
./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/yangjr/fftw
在用户账户下设置环境变量vi .bashrc
export CPPFLAGS=-I/home/yangjr/fftw/include
export LDFLAGS=-L/home/yangjr/fftw/lib
LIBS=-lmpich
MPICC=cc
第三步：
进入 cd lam-7.1.3
./configure --prefix=/home/yangjr/lam --without-fc
make
make install
在用户账户下设置环境变量 vi .bashrc
export PATH=$PATH:/home/yangjr/lam/bin
第四步：
cd gromacs-4.5.4
./configure --prefix=/home/yangjr/gromacs --enable-mpi  --program-suffix=_mpi  --disable-shared
make
make install
在用户账户下设置环境变量 vi .bashrc
export PATH=$PATH:/home/yangjr/gromacs/bin
source /home/yangjr/gromacs/bin/GMXRC
最后测试：source .bashrc
lamboot 出现：LAM 7.1.3/MPI 2 C++/ROMIO - Indiana University说明lam装成功了，祝贺！
mpirun  出现：Synopsis:       mpirun [options]
               mpirun [options] [] 等等
mdrun_mpi 出现："Would You Like to Be the Monster Tonight ?" (Captain Beefheart)
OK！都成功就可以计算了
Gromacs计算：grompp后，mpirun –np N mdrun_mpi …….
感谢师兄的帮助及网友！！
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1楼 2011-08-25 21:47:26
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢分享，实际上感觉4.5.4用cmake貌似更方便~~~呵呵
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2楼2011-08-25 22:14:53
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dubo

金虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

bucuo
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3楼2011-08-28 23:00:55
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leirongjian

至尊木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

向您学习和请教！
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4楼2011-10-08 15:16:20
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zhangchen0

银虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢提供 版主有gromacs 4.5.4的安装包吗 或者哪里可以免费下载呢？谢谢
赞一下 回复此楼
5楼2012-02-13 10:41:19
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yjr

铁杆木虫 (正式写手)
内容已删除
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6楼2012-02-13 13:37:15
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cuiyoutian88

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

openmpi怎么办,请问lz..
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7楼2012-02-15 19:41:42
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yjr

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cuiyoutian88 at 2012-02-15 19:41:42:
openmpi怎么办,请问lz..

不好意思，没有试过
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8楼2012-02-16 08:18:30
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abigrabbit

金虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

受益了~~~
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9楼2012-10-16 13:57:23
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