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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs模拟药物溶液如何用磷酸缓冲液控制pH
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Youngchsh

木虫 (正式写手)

Gerrard

[求助] Gromacs模拟药物溶液如何用磷酸缓冲液控制pH

如题，请高手指点，小可不胜感激。
本人正在用Gromocs模拟药物分子，需要控制pH 7.2，要求用磷酸氢二钠和磷酸二氢钠作为缓冲盐，不知怎样入手模拟该体系？
是要先画出缓冲盐分子式，获得pdb文件按个数插入盒子，还是Gromacs中自带控制pH的功能？
请高手指点？再次表示感谢。
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原来木虫还挺有意思的
1楼 2011-08-24 14:14:36
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xulinan

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-08-26 19:59:25
zh1987hs(金币+5): 应楼主要求给予5个金币 2011-08-29 08:40:06
你好，我曾经也想做过这个，可惜半路夭折了，哈哈，gromacs自带的ph调整是氨基酸的质子化吧，似乎你得自己加。而且加了缓冲液后离子的形式也不一样吧，还有是否影响蛋白的质子化等，似乎很复杂啊，纯属个人见解...
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-08-25 09:40:56
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-08-29 08:40:11
Youngchsh(金币+10): 2011-12-02 08:07:43
这个要自己手动添加
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-08-28 23:02:03
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小许高年级

新虫 (初入文坛)
您好，老师。请问您现在解决了gromacs中pH的设置问题吗？我现在想探索pH值为7.5和6.5状态下蛋白的构象影响，但是遇到pH，不知道那一步来设置。若您知晓，麻烦告知。谢谢！
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MD小白
4楼2021-06-08 19:42:15
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