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Youngchsh

木虫 (正式写手)

Gerrard

[求助] Gromacs模拟药物溶液如何用磷酸缓冲液控制pH

如题,请高手指点,小可不胜感激。
本人正在用Gromocs模拟药物分子,需要控制pH 7.2,要求用磷酸氢二钠和磷酸二氢钠作为缓冲盐,不知怎样入手模拟该体系?
是要先画出缓冲盐分子式,获得pdb文件按个数插入盒子,还是Gromacs中自带控制pH的功能?
请高手指点?再次表示感谢。
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原来木虫还挺有意思的
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xulinan

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-08-26 19:59:25
zh1987hs(金币+5): 应楼主要求给予5个金币 2011-08-29 08:40:06
你好,我曾经也想做过这个,可惜半路夭折了,哈哈,gromacs自带的ph调整是氨基酸的质子化吧,似乎你得自己加。而且加了缓冲液后离子的形式也不一样吧,还有是否影响蛋白的质子化等,似乎很复杂啊,纯属个人见解...
2楼2011-08-25 09:40:56
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-08-29 08:40:11
Youngchsh(金币+10): 2011-12-02 08:07:43
这个要自己手动添加
3楼2011-08-28 23:02:03
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小许高年级

新虫 (初入文坛)

您好,老师。请问您现在解决了gromacs中pH的设置问题吗?我现在想探索pH值为7.5和6.5状态下蛋白的构象影响,但是遇到pH,不知道那一步来设置。若您知晓,麻烦告知。谢谢!
MD小白
4楼2021-06-08 19:42:15
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