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zxjdawn

银虫 (小有名气)

[求助] 通用引物扩增细菌16S rDNA

我用通用引物扩增细菌16S rDNA,直接菌落PCR,我试了7、8次,每次都有700bp左右的的非特异性扩增,目的片段也有,在1500bp左右,我老师说他以前一做就出来了,根本没有非特异性扩增,为什么我每次都有呢,请各位虫友帮帮我~~~PCR体系如下(50uL体系):
10*Buffer                            5UL
MgCl2(50mM)                 2uL
引物a(10uL)                   1.5uL
引物b(10uL)                   1.5uL
dNTP(10mM)                  1uL
Taq酶(2U/uL)                 1uL
模板                                    枪头蘸取一点菌
ddH2O                                38uL
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
94度预变性5min
94度          45s
56度          45s
72度          90s
30个循环
问题到底出在哪里呢?我的退火温度从55-59度都试过,59度就没有条带了,引物从1、1.5、2uL的都试过,预变性时间从5、10、12min都试过,还试过把前一次PCR产物取1uL做模板,都有非特异性条带,为么捏???望大虾不吝赐教,小女先谢谢大家了~~
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zxjdawn

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ghost9106 at 2011-08-19 16:31:23:
可能是菌没有完全裂解吧,试沸水浴或延长预变性时间。

可是我试过预变性时间12min了,我觉得时间应该够长了吧。。。我还试过把菌挑到ddH2O里面,95度10min,再离心取上清做模板,结果还是一样,我就弄不明白问题到底出在哪里呢????
走自己的路,看身边的风景~~
3楼2011-08-19 22:15:20
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ghost9106

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


lstt09nk(金币+1): 感谢参与 2011-08-19 18:18:42
zxjdawn(金币+1): 谢谢 2011-08-19 22:12:17
可能是菌没有完全裂解吧,试沸水浴或延长预变性时间。
2楼2011-08-19 16:31:23
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wqj1988926

金虫 (正式写手)

会不会是引物出现问题了,引物如果反复冻融的话有可能会裂解断裂。
风雪夜归人
4楼2011-08-20 09:00:12
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zxjdawn

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wqj1988926 at 2011-08-20 09:00:12:
会不会是引物出现问题了,引物如果反复冻融的话有可能会裂解断裂。

可是引物是新合成的呢,,,我现在只能怀疑是引物序列出了问题,谢谢了~~~
走自己的路,看身边的风景~~
5楼2011-08-20 09:36:00
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