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zxjdawn

银虫 (小有名气)

[求助] 通用引物扩增细菌16S rDNA

我用通用引物扩增细菌16S rDNA,直接菌落PCR,我试了7、8次,每次都有700bp左右的的非特异性扩增,目的片段也有,在1500bp左右,我老师说他以前一做就出来了,根本没有非特异性扩增,为什么我每次都有呢,请各位虫友帮帮我~~~PCR体系如下(50uL体系):
10*Buffer                            5UL
MgCl2(50mM)                 2uL
引物a(10uL)                   1.5uL
引物b(10uL)                   1.5uL
dNTP(10mM)                  1uL
Taq酶(2U/uL)                 1uL
模板                                    枪头蘸取一点菌
ddH2O                                38uL
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
94度预变性5min
94度          45s
56度          45s
72度          90s
30个循环
问题到底出在哪里呢?我的退火温度从55-59度都试过,59度就没有条带了,引物从1、1.5、2uL的都试过,预变性时间从5、10、12min都试过,还试过把前一次PCR产物取1uL做模板,都有非特异性条带,为么捏???望大虾不吝赐教,小女先谢谢大家了~~
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j2

木虫 (正式写手)


adslye(金币+1): 感谢交流~祝顺利! 2011-08-21 09:44:11
为什么非要跑出一条带不可?直接切1500bp的胶回收就是了塞
通用引物在菌株基因的其他位置结合很正常吧~~~
修炼ing,当虫仙……
8楼2011-08-20 13:06:37
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