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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 计算引物退火温度时末端加的酶切位点计算在内吗？
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zgb1982

木虫 (正式写手)

[求助] 计算引物退火温度时末端加的酶切位点计算在内吗？

求助，RT！加的酶切位点要不要算在内。
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1楼2011-08-04 20:15:14
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen

【答案】应助回帖

zgb1982(金币+1): 2011-08-05 14:47:46
是要计算在内的。。。
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Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
2楼2011-08-04 21:02:38
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cloverplm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

只要属于引物上的序列，计算退火温度都应算上滴。
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净——静——竞——进
3楼2011-08-04 21:55:58
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12zhangwei

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

如果你是从实验室已经构建好的质粒上扩增自己的基因，而且载体上该基因两端的酶切位点与你的不同，那就不需要
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4楼2011-08-04 22:14:51
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gwbk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5, MolEPI+1): good 2011-08-05 08:09:54
zgb1982(金币+1): 2011-08-05 14:46:41
都需要计算在内的
1，第一、二次扩增（循环），退火温度按互补碱基数计算（一般不包括酶切位点和保护碱基序列）。
2，第三次扩增分两种情况，以原始模板、第一次扩增的序列、第二次以原始模板扩增的序列，与第一步退火温度计算相同；以第二次扩增出来的序列（带有两端引物和保护碱基的全基因序列）为模板，此时引物与模板完全互补，退火温度按引物全部序列计算。
3，合成中后期，两端全部与引物互补的DNA片段占有绝对优势。

应该按照全部序列计算退火温度。
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5楼2011-08-05 00:11:18
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gwbk

木虫 (正式写手)
以第一次扩增出来的序列为模板，进行第二次扩增，扩增出来的序列为模板，进行第三次扩增，产物序列带有与引物完全互补的序列，虽然这是第一条带有酶切位点和保护碱基的全长序列，但是在后面的合成过程中，这条序列占有绝对多的数量。
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6楼2011-08-05 00:21:14
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