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如何判断克隆到的基因是否是新基因呢？
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各位好！ 弱弱的请教下大家，我的测序结果在NCBI上直接比对后显示“No significant similarity found”，这说明什么问题？说明克隆到的基因是新基因，还是在比对过程中有什么问题？谢谢！ 在线等回复！ |
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 【分子生物】EPI帖 | 蛋白表达纯化鉴定精华 |
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original900(金币+1):谢谢参与
original900(金币+10): 谢谢 2011-08-04 08:32:08
dhd997(金币+5, MolEPI+1): 加油啊 2011-08-04 09:12:59
original900(金币+1):谢谢参与
original900(金币+10): 谢谢 2011-08-04 08:32:08
dhd997(金币+5, MolEPI+1): 加油啊 2011-08-04 09:12:59
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这个不能说明你克隆到的基因是新基因。 1）在NCBI中进行核苷酸序列比对Blast n，如果选择"Highly similar sequences (megablast) "的话，比对经常会显示“No significant similarity found”，我在比对的时候经常发现我的序列和其他序列同源性（相似性）大于50%都会出现这样的情况，我感觉以前好像没有这样，但不知道具体的原因。这个时候你可以选择比对参数“Somewhat similar sequences (blastn) ”，一般就不会再显示“No significant similarity found”。 2）其次你可以利用DNAman等软件找出序列的编码框，并把序列翻译成氨基酸，然后再利用氨基酸序列进行比对（protein blast, Blast p）,一般也不会出现“No significant similarity found”，除非你的序列真的是新基因序列。 3）再次，要考虑你的序列会不会存在测序或扩增的误差。一般如果要判断你的基因是新基因的话，相似性可能要低于20%。也许还有其他方面的标准！ 祝好运！ [ Last edited by jinkui960 on 2011-8-4 at 00:43 ] |
2楼2011-08-04 00:42:07
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梦想天行3楼
2017-01-22 10:00
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original900(金币+1): 谢谢参与
。 发自小木虫Android客户端
2017-01-22 10:31
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original900(金币+1): 谢谢参与
祝福！ 发自小木虫Android客户端
