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original900

木虫 (小有名气)

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[交流] 如何判断克隆到的基因是否是新基因呢？

各位好！弱弱的请教下大家，我的测序结果在NCBI上直接比对后显示“No significant similarity found”，这说明什么问题？说明克隆到的基因是新基因，还是在比对过程中有什么问题？谢谢！
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1楼 2011-08-03 23:20:30

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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

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★ ★ ★ ★ ★ ★
original900(金币+1):谢谢参与
original900(金币+10): 谢谢 2011-08-04 08:32:08
dhd997(金币+5, MolEPI+1): 加油啊 2011-08-04 09:12:59

引用回帖:

1楼: Originally posted by original900 at 2011-08-03 23:20:30:
各位好！弱弱的请教下大家，我的测序结果在NCBI上直接比对后显示“No significant similarity found”，这说明什么问题？说明克隆到的基因是新基因，还是在比对过程中有什么问题？谢谢！
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这个不能说明你克隆到的基因是新基因。

1）在NCBI中进行核苷酸序列比对Blast n，如果选择"Highly similar sequences (megablast) "的话，比对经常会显示“No significant similarity found”，我在比对的时候经常发现我的序列和其他序列同源性（相似性）大于50%都会出现这样的情况，我感觉以前好像没有这样，但不知道具体的原因。这个时候你可以选择比对参数“Somewhat similar sequences (blastn) ”，一般就不会再显示“No significant similarity found”。

2）其次你可以利用DNAman等软件找出序列的编码框，并把序列翻译成氨基酸，然后再利用氨基酸序列进行比对（protein blast, Blast p）,一般也不会出现“No significant similarity found”，除非你的序列真的是新基因序列。

3）再次，要考虑你的序列会不会存在测序或扩增的误差。一般如果要判断你的基因是新基因的话，相似性可能要低于20%。也许还有其他方面的标准！

祝好运！

[ Last edited by jinkui960 on 2011-8-4 at 00:43 ]