应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 测序结果的疑问
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1963  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 2 个 BioEPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 测序结果的疑问

前面利用CODEHOPE设计了简并引物，克隆一个基因片段。现在测序结果已经出来，令我很疑惑。

割胶回收后连接PMD18载体后，涂平板，挑单菌过夜摇菌，之后提质粒酶切，送去测序。

现在问题来了，同一个平板出来的克隆，测序结果不同，有80%左右的相似性。BLAST后都与相关基因具有比较高的同源性。

现在一共送去了11个克隆测序，目前粗粗看了一下至少有4个不同的片段，之间一般是具有80%左右的同源性。

请问这是怎么回事？基因家族？我要克隆的这个基因是具有基因家族的传统的，拟南芥等植物里一般有4-8个基因家族是很正常的。 还是测序问题？

令外问一个令我不解的问题，植物的基因组应该是固定的吧，那么那么多基因家族，对应的外显子应该不同，怎么能一一对应基因组DNA呢？

望大家解惑，谢谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

经验

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-07-05 09:49:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by thinka at 2011-07-05 10:39:32:
肯定不是测序的问题。对于植物来说最大的可能是因为大的基因家族,也有可能是选择性剪切.不知道你说得相似性是怎么算出来的,是SNP还是有插入或者确实的片段？做过blast没有呢，可以试一下用clustalx或者seqman等比 ...

我是在NCBI上BLAST的了，通过BLASTN或者BLASTX都与已知的基因同源性比较高。我是用BLAST的里面的两两比较确定其相似性的。比如
Score =  663 bits (734),  Expect = 0.0
Identities = 705/936 (75%), Gaps = 23/936 (2%)
Strand=Plus/Plus

Query  1    GAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGT  60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  23   GAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGT  82

Query  61   AATGAACTGGTGAATGAGCATTAAGATGACGGCAGTGTCACGCCAGCCAGTCCTGGAGAG  120
            ||| ||||| ||||| ||||| |  ||||| ||| | || |   | ||||| || | |||
Sbjct  83   AATAAACTGATGAATAAGCATGAGTATGACAGCACTATCTCTGAATCCAGTTCTTGGGAG  142

Query  121  AAGTGAGAAGGCGTTGGAATGATTGAGGAGTTGATCGCCGAATGCCCAGTAGACGGCGGT  180
             | |||||| || |||| |||  | || ||    || || |||||||| || || || |
Sbjct  143  CAATGAGAAAGCATTGGCATGGGTAAGAAGCATGTCTCCAAATGCCCAATACACAGCAGA  202

Query  181  GGCTGAGGGAATTGTTAATGTGAAAACGTACAAGGTAGCAAACAGATATATGTACTTGAA  240
             || || || |  || || || || || || |  || || | ||  |||||   ||||||
Sbjct  203  AGCCGATGGCAAAGTCAAGGTTAATACATAAAGTGTCGCCATCAAGTATATCACCTTGAA  262

Query  241  CTTTTGAGGTTTCCACATGGCGTGCATAATCTCCACAGTAACAGCGTGGCCACCAAAAGT  300
            ||| || || |||||||| || ||||| ||||| || || ||||| || || ||||| ||
Sbjct  263  CTTCTGTGGCTTCCACATTGCATGCATGATCTCAACTGTGACAGCATGTCCCCCAAACGT  322

Query  301  GTACAGAATATTGGTAGCGCCAGTGAAGTACAGCACTAGCTTTGTCGGAGCCGAGTGTGA  360
            ||| ||||| || ||||| ||||||||||| || || |  || || ||  |||||||   
Sbjct  323  GTAGAGAATGTTAGTAGCTCCAGTGAAGTAGAGAACCATTTTAGTTGGGCCCGAGTGCTT  382

Query  361  CACACCTTCAACCTGGCCATGTACAAGGGCGGCAATGGCCATATACCAGGCGGTGTAAGT  420
            ||| ||||||||||| ||||| |  ||||  || ||||  | |||||| || || |||||
Sbjct  383  CACTCCTTCAACCTGTCCATGAATTAGGGAAGCTATGGTTAAATACCATGCAGTATAAGT  442

Query  421  GGTCATGCCGAGGCCGAGAAAAGACCAGATTCGGTAGTTATGAAAGGAAGGGATGAACAC  480
             |||||    ||||| | ||| ||||| |||| ||||||||| || || || || |||||
Sbjct  443  AGTCATCATAAGGCCAACAAATGACCAAATTCTGTAGTTATGGAATGAGGGAATAAACAC  502
或者，另外的对比后，
Score =  746 bits (826),  Expect = 0.0
Identities = 722/928 (78%), Gaps = 0/928 (0%)
Strand=Plus/Plus

Query  1    AGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGTAATGAAC  60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2    AGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGTAATGAAC  61

Query  61   TGGTGAATGAGCATTAAGATGACGGCAGTGTCACGCCAGCCAGTCCTGGAGAGAAGTGAG  120
            || || ||||||||||| | ||| ||  |||| ||  ||   |   ||| || ||| |  
Sbjct  62   TGATGGATGAGCATTAAAACGACAGCCATGTCTCGGAAGGGTGATTTGGGGAAAAGGGCA  121

Query  121  AAGGCGTTGGAATGATTGAGGAGTTGATCGCCGAATGCCCAGTAGACGGCGGTGGCTGAG  180
            || |||||||| ||||| || ||    || || |||||||| ||||| || |  || |||
Sbjct  122  AAAGCGTTGGAGTGATTAAGAAGCATGTCCCCAAATGCCCAATAGACAGCTGATGCCGAG  181

Query  181  GGAATTGTTAATGTGAAAACGTACAAGGTAGCAAACAGATATATGTACTTGAACTTTTGA  240
            || | ||| | ||| ||||| || |  || || |  |  ||||||  ||||||||||||
Sbjct  182  GGCAGTGTCAGTGTCAAAACATAGAGAGTCGCCAGTAAGTATATGGCCTTGAACTTTTGG  241

Query  241  GGTTTCCACATGGCGTGCATAATCTCCACAGTAACAGCGTGGCCACCAAAAGTGTACAGA  300
            || |||||||| || ||||| || |||||||||||||| || || ||||| ||||| |||
Sbjct  242  GGCTTCCACATAGCATGCATTATTTCCACAGTAACAGCATGTCCTCCAAATGTGTAGAGA  301

Query  301  ATATTGGTAGCGCCAGTGAAGTACAGCACTAGCTTTGTCGGAGCCGAGTGTGACACACCT  360
            || || || || || || || || | ||  ||||| || ||  | || |||  ||| |||
Sbjct  302  ATGTTTGTGGCTCCTGTAAAATATAACATCAGCTTGGTTGGGCCTGAATGTTTCACTCCT  361

Query  361  TCAACCTGGCCATGTACAAGGGCGGCAATGGCCATATACCAGGCGGTGTAAGTGGTCATG  420
            || ||||||||||| |  || || |||||||  | |||||| |  |||||||| |||||
Sbjct  362  TCCACCTGGCCATGGAGGAGAGCAGCAATGGTGAGATACCAAGACGTGTAAGTTGTCATC  421

Query  421  CCGAGGCCGAGAAAAGACCAGATTCGGTAGTTATGAAAGGAAGGGATGAACACAGTGGTG  480
             ||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||| ||||| || || ||
Sbjct  422  ACGAGGCCAAGAAAAGACCAAATTCTGTAGTTGTGAAATGAAGGAATGAAGACTGTAGTT  481

Query  481  GCACAGCAAGCACCAAAAATATAAGTCCATGTTCGCTTATCCAATCGGTCGTTGATGTAG  540
            ||||||||||| || || || |||||||| || | ||| ||||    ||| || |||||
--------------------
不能上传图片，排列的很不齐啊。

我是用CDNA作模板的，还么有用DNA作模板扩。
赞一下 回复此楼
5楼2011-07-05 17:19:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

thinka

铜虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
shizishanshang(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+3, EPI+1): 前提是PCR没有突变 2011-07-05 12:12:51
shizishanshang(金币+2): 谢谢啊，看着BLAST结果头晕着呢 2011-07-05 17:22:40
肯定不是测序的问题。对于植物来说最大的可能是因为大的基因家族,也有可能是选择性剪切.不知道你说得相似性是怎么算出来的,是SNP还是有插入或者确实的片段？做过blast没有呢，可以试一下用clustalx或者seqman等比一下看看。

怎么能一一对应基因组DNA呢？这句话没看明白你是什么意思，你是问如何去对应还是已经对应了你不理解为什么？

你可以通过比对基因组序列和mRNA序列来分析你这些序列所对应的基因组的结构的，这个可以帮助你确定他们是基因家族还是选剪以及是如何剪切的。植物的基因组有多倍体。

另外还有个问题，不知道的模板是DNA还是cDNA.
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-07-05 10:39:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

magy2006

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
shizishanshang(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+3, EPI+1): 有一定道理 2011-07-05 12:13:39
shizishanshang(金币+1): 恩，问了一下公司说测序肯定没有问题，我的片段大约850bp，测通的 2011-07-05 17:23:19
shizishanshang(金币+2): 已经证明是基因家族，全长已经得到，既是做荧光定量不好设计引物了 2011-10-04 15:15:03
测序对结果也是有较大影响的，并非楼上说的肯定不是测序的问题。
一般的测序仪在600以内保证没问题，800左右及以上就不准确了，尤其是技术不过关的企业。
你通过兼并引物扩出来的片段我感觉更多的像是基因家族的多个成员，毕竟他们有着相似度很高的保守区段，当然也不排除其他的可能……
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-07-05 10:45:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thinka

铜虫 (著名写手)
楼上，有谁会在截取结果的时候要那些不确定的部分呢。肯定是要结果好的地方啊。
我们实验室是自己测序的，都是用chromas自己分析测序结果的。

[ Last edited by thinka on 2011-7-6 at 09:44 ]
赞一下 回复此楼
4楼2011-07-05 10:50:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 326求调剂 +3 顾若浮生 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:32 by 蓝云思雨
[考研] 328分调剂 +6 门men 2026-04-04 6/300 2026-04-05 13:40 by imissbao
[考研] 302分求调剂 一志愿安徽大学085601 +5 zyx上岸！ 2026-04-04 5/250 2026-04-05 07:50 by 544594351
[考研] 一志愿北京2，材料与化工308求调剂 +10 熊二想上岸 2026-04-04 10/500 2026-04-05 05:20 by houyaoxu
[考研] 323求调剂 +8 李佳乐1 2026-04-04 8/400 2026-04-04 22:26 by hemengdong
[考研] 325求调剂 +4 春风不借意 2026-04-04 4/200 2026-04-04 22:08 by 啵啵啵0119
[考研] 一志愿中国石油大学化学工程323分求调剂 +4 化工专硕323分 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:12 by dongzh2009
[考研] 0856，269分求调剂 +15 有学上就行求求� 2026-03-30 18/900 2026-04-03 16:50 by melodiousnow
[考研] 11408，284分，二战真诚求调剂 +4 12.27 2026-04-02 4/200 2026-04-03 14:14 by dxiaoxin
[考研] 262求调剂 +6 励志一定发文章 2026-04-02 7/350 2026-04-03 09:54 by linyelide
[考研] 08开头看过来！！！ +4 wwwwffffff 2026-03-31 6/300 2026-04-02 11:42 by 均值回归
[考研] 0710生物学，325求调剂 +3 mkkkkkl 2026-04-01 3/150 2026-04-02 09:48 by Jaylen.
[考研] 085602化学工程268分蹲调剂 +8 月照花林。 2026-04-01 8/400 2026-04-01 22:08 by 无际的草原
[考研] 303分 0807学硕求调剂 +3 TYC3632 2026-04-01 3/150 2026-04-01 19:24 by lwk2004
[考研] 265求调剂 +11 yelck 2026-04-01 12/600 2026-04-01 19:12 by 549790059
[考研] 086000生物与医药 初试274求调剂 +5 小叮当来了 2026-03-30 6/300 2026-04-01 14:25 by mxj1203
[考研] 322求调剂 +8 三水sss 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:19 by 唐沐儿
[考研] 358求调剂 +3 王向阳花 2026-03-31 3/150 2026-04-01 09:56 by zzchen2000
[考研] 考研生物与医药调剂 +7 铁憨憨123425 2026-03-31 7/350 2026-04-01 08:45 by JourneyLucky
[考研] 085404 22408 315分 +5 zhuangyan123 2026-03-31 6/300 2026-03-31 13:48 by limeifeng
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭