| 查看: 1739 | 回复: 7 | ||||
| 本帖产生 2 个 BioEPI ，点击这里进行查看 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
[交流]
测序结果的疑问
|
||||
|
前面利用CODEHOPE设计了简并引物，克隆一个基因片段。现在测序结果已经出来，令我很疑惑。 割胶回收后连接PMD18载体后，涂平板，挑单菌过夜摇菌，之后提质粒酶切，送去测序。 现在问题来了，同一个平板出来的克隆，测序结果不同，有80%左右的相似性。BLAST后都与相关基因具有比较高的同源性。 现在一共送去了11个克隆测序，目前粗粗看了一下至少有4个不同的片段，之间一般是具有80%左右的同源性。 请问这是怎么回事？基因家族？我要克隆的这个基因是具有基因家族的传统的，拟南芥等植物里一般有4-8个基因家族是很正常的。 还是测序问题？ 令外问一个令我不解的问题，植物的基因组应该是固定的吧，那么那么多基因家族，对应的外显子应该不同，怎么能一一对应基因组DNA呢？ 望大家解惑，谢谢！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 经验 |
» 猜你喜欢
心脉受损
已经有3人回复
-
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了
已经有8人回复
-
寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件
已经有7人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有8人回复
-
申请2026年博士
已经有6人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有5人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
请教一个关于测序结果的问题
已经有19人回复- PCR后测序，blast最高匹配度只有32%
已经有3人回复
- 中国高通量测序仪现状调查
已经有10人回复
- 测序结果比对问题
已经有16人回复
- 关于酶切验证克隆的一点点小疑问！
已经有5人回复
- 克隆测序的问题
已经有3人回复
- 测序的问题
已经有24人回复
- 【求助/交流】3'RACE 结果有问题～～～
已经有8人回复
- 【求助/交流】克隆测序问题
已经有6人回复
- 【求助/交流】基因测序结果分析问题
已经有9人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
Ei期刊青年编委招募（工程设计方向）
+1/381
-
鲁东大学硕士研究生招生
+1/131
-
【MLPA-NGS 技术】Y 染色体微缺失 / SNP 分型 /mtDNA 检测试剂盒，现货直供！
+1/91
-
双一流大学湘潭大学“化工过程模拟与强化”国家地方联合工程研究中心招收各类博士生
+1/84
-
加拿大/英属哥伦比亚大学曹彦凯课题组招收全奖博士/博后 [机器学习/优化/控制方向]
+1/83
-
以色列理工-生物质塑料等催化转化及流体力学方向---全奖博士研究生和科研助理
+2/64
-
中国科学院理化所微纳材料与技术前沿交叉研究中心诚聘英才加盟
+2/46
-
南昌大学药学博士招生
+1/37
-
都柏林大学微纳制造博士后招聘启事——二
+1/34
-
国家青年人才叶立群教授课题组招收2026级博士研究生
+1/32
-
国家青年人才叶立群教授课题组招收2026级博士研究生
+1/31
-
澳门科技大学2026年数学博士招生—计算物理与数学课题组:计算流体与相场方法
+1/22
-
天津大学建工学院课题组诚招2026级博士研究生
+1/14
-
海南大学国家高层次人才团队2026年博士招生
+1/6
-
东北师范大学国家杰青汤庆鑫教授团队招收博士研究生
+1/5
-
想替换掉环状DNA中心通道中的金属离子 如何替换才是正确操作
+1/4
-
北理工柔性电子国家杰青团队招【博士后】【博士】【科研助理】
+1/4
-
有没有一款可以听文献的APP
+1/2
-
申博求捞
+1/2
-
澳大利亚南昆士兰大学（UniSQ）量子点课题组招收博士生
+1/1
|
我是在NCBI上BLAST的了，通过BLASTN或者BLASTX都与已知的基因同源性比较高。我是用BLAST的里面的两两比较确定其相似性的。比如 Score = 663 bits (734), Expect = 0.0 Identities = 705/936 (75%), Gaps = 23/936 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 GAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGT 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 23 GAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGT 82 Query 61 AATGAACTGGTGAATGAGCATTAAGATGACGGCAGTGTCACGCCAGCCAGTCCTGGAGAG 120 ||| ||||| ||||| ||||| | ||||| ||| | || | | ||||| || | ||| Sbjct 83 AATAAACTGATGAATAAGCATGAGTATGACAGCACTATCTCTGAATCCAGTTCTTGGGAG 142 Query 121 AAGTGAGAAGGCGTTGGAATGATTGAGGAGTTGATCGCCGAATGCCCAGTAGACGGCGGT 180 | |||||| || |||| ||| | || || || || |||||||| || || || | Sbjct 143 CAATGAGAAAGCATTGGCATGGGTAAGAAGCATGTCTCCAAATGCCCAATACACAGCAGA 202 Query 181 GGCTGAGGGAATTGTTAATGTGAAAACGTACAAGGTAGCAAACAGATATATGTACTTGAA 240 || || || | || || || || || || | || || | || ||||| |||||| Sbjct 203 AGCCGATGGCAAAGTCAAGGTTAATACATAAAGTGTCGCCATCAAGTATATCACCTTGAA 262 Query 241 CTTTTGAGGTTTCCACATGGCGTGCATAATCTCCACAGTAACAGCGTGGCCACCAAAAGT 300 ||| || || |||||||| || ||||| ||||| || || ||||| || || ||||| || Sbjct 263 CTTCTGTGGCTTCCACATTGCATGCATGATCTCAACTGTGACAGCATGTCCCCCAAACGT 322 Query 301 GTACAGAATATTGGTAGCGCCAGTGAAGTACAGCACTAGCTTTGTCGGAGCCGAGTGTGA 360 ||| ||||| || ||||| ||||||||||| || || | || || || ||||||| Sbjct 323 GTAGAGAATGTTAGTAGCTCCAGTGAAGTAGAGAACCATTTTAGTTGGGCCCGAGTGCTT 382 Query 361 CACACCTTCAACCTGGCCATGTACAAGGGCGGCAATGGCCATATACCAGGCGGTGTAAGT 420 ||| ||||||||||| ||||| | |||| || |||| | |||||| || || ||||| Sbjct 383 CACTCCTTCAACCTGTCCATGAATTAGGGAAGCTATGGTTAAATACCATGCAGTATAAGT 442 Query 421 GGTCATGCCGAGGCCGAGAAAAGACCAGATTCGGTAGTTATGAAAGGAAGGGATGAACAC 480 ||||| ||||| | ||| ||||| |||| ||||||||| || || || || ||||| Sbjct 443 AGTCATCATAAGGCCAACAAATGACCAAATTCTGTAGTTATGGAATGAGGGAATAAACAC 502 或者，另外的对比后， Score = 746 bits (826), Expect = 0.0 Identities = 722/928 (78%), Gaps = 0/928 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 AGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGTAATGAAC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2 AGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGGAGTACAAGCAAATCCAAAAGTAATGAAC 61 Query 61 TGGTGAATGAGCATTAAGATGACGGCAGTGTCACGCCAGCCAGTCCTGGAGAGAAGTGAG 120 || || ||||||||||| | ||| || |||| || || | ||| || ||| | Sbjct 62 TGATGGATGAGCATTAAAACGACAGCCATGTCTCGGAAGGGTGATTTGGGGAAAAGGGCA 121 Query 121 AAGGCGTTGGAATGATTGAGGAGTTGATCGCCGAATGCCCAGTAGACGGCGGTGGCTGAG 180 || |||||||| ||||| || || || || |||||||| ||||| || | || ||| Sbjct 122 AAAGCGTTGGAGTGATTAAGAAGCATGTCCCCAAATGCCCAATAGACAGCTGATGCCGAG 181 Query 181 GGAATTGTTAATGTGAAAACGTACAAGGTAGCAAACAGATATATGTACTTGAACTTTTGA 240 || | ||| | ||| ||||| || | || || | | |||||| |||||||||||| Sbjct 182 GGCAGTGTCAGTGTCAAAACATAGAGAGTCGCCAGTAAGTATATGGCCTTGAACTTTTGG 241 Query 241 GGTTTCCACATGGCGTGCATAATCTCCACAGTAACAGCGTGGCCACCAAAAGTGTACAGA 300 || |||||||| || ||||| || |||||||||||||| || || ||||| ||||| ||| Sbjct 242 GGCTTCCACATAGCATGCATTATTTCCACAGTAACAGCATGTCCTCCAAATGTGTAGAGA 301 Query 301 ATATTGGTAGCGCCAGTGAAGTACAGCACTAGCTTTGTCGGAGCCGAGTGTGACACACCT 360 || || || || || || || || | || ||||| || || | || ||| ||| ||| Sbjct 302 ATGTTTGTGGCTCCTGTAAAATATAACATCAGCTTGGTTGGGCCTGAATGTTTCACTCCT 361 Query 361 TCAACCTGGCCATGTACAAGGGCGGCAATGGCCATATACCAGGCGGTGTAAGTGGTCATG 420 || ||||||||||| | || || ||||||| | |||||| | |||||||| ||||| Sbjct 362 TCCACCTGGCCATGGAGGAGAGCAGCAATGGTGAGATACCAAGACGTGTAAGTTGTCATC 421 Query 421 CCGAGGCCGAGAAAAGACCAGATTCGGTAGTTATGAAAGGAAGGGATGAACACAGTGGTG 480 ||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||| ||||| || || || Sbjct 422 ACGAGGCCAAGAAAAGACCAAATTCTGTAGTTGTGAAATGAAGGAATGAAGACTGTAGTT 481 Query 481 GCACAGCAAGCACCAAAAATATAAGTCCATGTTCGCTTATCCAATCGGTCGTTGATGTAG 540 ||||||||||| || || || |||||||| || | ||| |||| ||| || ||||| -------------------- 不能上传图片，排列的很不齐啊。 我是用CDNA作模板的，还么有用DNA作模板扩。 |
5楼2011-07-05 17:19:12
★ ★ ★ ★
shizishanshang(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+3, EPI+1): 前提是PCR没有突变 2011-07-05 12:12:51
shizishanshang(金币+2): 谢谢啊，看着BLAST结果头晕着呢 2011-07-05 17:22:40
shizishanshang(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+3, EPI+1): 前提是PCR没有突变 2011-07-05 12:12:51
shizishanshang(金币+2): 谢谢啊，看着BLAST结果头晕着呢 2011-07-05 17:22:40
|
肯定不是测序的问题。对于植物来说最大的可能是因为大的基因家族,也有可能是选择性剪切.不知道你说得相似性是怎么算出来的,是SNP还是有插入或者确实的片段？做过blast没有呢，可以试一下用clustalx或者seqman等比一下看看。 怎么能一一对应基因组DNA呢？这句话没看明白你是什么意思，你是问如何去对应还是已经对应了你不理解为什么？ 你可以通过比对基因组序列和mRNA序列来分析你这些序列所对应的基因组的结构的，这个可以帮助你确定他们是基因家族还是选剪以及是如何剪切的。植物的基因组有多倍体。 另外还有个问题，不知道的模板是DNA还是cDNA. |
2楼2011-07-05 10:39:32
★ ★ ★ ★
shizishanshang(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+3, EPI+1): 有一定道理 2011-07-05 12:13:39
shizishanshang(金币+1): 恩，问了一下公司说测序肯定没有问题，我的片段大约850bp，测通的 2011-07-05 17:23:19
shizishanshang(金币+2): 已经证明是基因家族，全长已经得到，既是做荧光定量不好设计引物了 2011-10-04 15:15:03
shizishanshang(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+3, EPI+1): 有一定道理 2011-07-05 12:13:39
shizishanshang(金币+1): 恩，问了一下公司说测序肯定没有问题，我的片段大约850bp，测通的 2011-07-05 17:23:19
shizishanshang(金币+2): 已经证明是基因家族，全长已经得到，既是做荧光定量不好设计引物了 2011-10-04 15:15:03
|
测序对结果也是有较大影响的，并非楼上说的肯定不是测序的问题。 一般的测序仪在600以内保证没问题，800左右及以上就不准确了，尤其是技术不过关的企业。 你通过兼并引物扩出来的片段我感觉更多的像是基因家族的多个成员，毕竟他们有着相似度很高的保守区段，当然也不排除其他的可能…… |
3楼2011-07-05 10:45:59
4楼2011-07-05 10:50:48