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汕头大学海洋科学接受调剂
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fly_elephan

银虫 (小有名气)

[求助] vasp如何优化指定的几个原子 已有1人参与

对于相当大的体系,采用NSW 和ISIF参数设置是对体系整体进行优化,如INCAR里设置NSW=60,ISIF=4,这样优化会消耗很多时间,所以请老师指点一下,我只想优化指定的几个原子,这样比较节省时间,请问应该 如何设置?
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cavediger

金虫 (正式写手)


gzqdyouxia(金币+1): 谢谢指教 2011-06-17 09:23:38
引用回帖:
Originally posted by fly_elephan at 2011-06-16 17:05:16:
对于相当大的体系,采用NSW 和ISIF参数设置是对体系整体进行优化,如INCAR里设置NSW=60,ISIF=4,这样优化会消耗很多时间,所以请老师指点一下,我只想优化指定的几个原子,这样比较节省时间,请问应该 如何设置?

In POSCAR:
Selective dynamics
Cart...
固定的原子坐标后加F, 优化的加T
我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
2楼2011-06-16 17:51:43
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fly_elephan

银虫 (小有名气)

送鲜花一朵
非常感谢!
3楼2011-06-16 17:55:41
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fly_elephan

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-06-16 17:51:43:
In POSCAR:
Selective dynamics
Cart...
固定的原子坐标后加F, 优化的加T

老师,好像不行啊,POSCAR加上Selective dynamics这一行以后运行就提示没有坐标输入,然后就结束运行了,去掉就又可以正常运行了。
4楼2011-06-16 21:45:57
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cavediger

金虫 (正式写手)

★ ★
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指教 2011-06-17 09:23:52
引用回帖:
Originally posted by fly_elephan at 2011-06-16 21:45:57:
老师,好像不行啊,POSCAR加上Selective dynamics这一行以后运行就提示没有坐标输入,然后就结束运行了,去掉就又可以正常运行了。

不好意思,Selecvtive....下一行应为Direct,注意大小写,如下格式:
sys=xxx(111)-3xsqrt(3)                     
   3.95230000000000     
     2.1213203435596402    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    1.2247448713915889    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000    5.7735026918962600
   2   2  24
Selective dynamics
Direct
  0.4054863665508025  0.6038497615780062  0.5127573867832839   T   T   T
  0.5920617558781025  0.6036152904937659  0.5130947435711497   T   T   T
  0.1686988009729342  0.8302014593701986  0.4509938979987685   T   T   T
  0.4989110886373112  0.4865867104595148  0.5065596318505045   T   T   T
  0.9917961686555932  0.0028529482852356  0.4031462662986223   F   F   F
  0.3401384914028052 -0.0000687349729184  0.4003163461852405   F   F   F
  0.6682089317001769 -0.0020904650034856  0.3990166341928203   F   F   F
  0.1659233469473287  0.4881067613003330  0.4002903623880371   F   F   F
  0.5041593041669211  0.4949235970280504  0.4011317407648622   F   F   F
  0.8316290404870048  0.4987159636326962  0.3993741797352651   F   F   F
  0.1666666666666643  0.1666666666666643  0.2999999999999972   F   F   F
  0.5000000000000000  0.1666666666666643  0.2999999999999972   F   F   F
  0.8333333333333357  0.1666666666666643  0.2999999999999972   F   F   F
  0.0000000000000000  0.6666666666666643  0.2999999999999972   F   F   F
  0.3333333333333357  0.6666666666666643  0.2999999999999972   F   F   F
  0.6666666666666643  0.6666666666666643  0.2999999999999972   F   F   F
  0.3333333333333357  0.3333333333333357  0.2000000000000028   F   F   F
  0.6666666666666643  0.3333333333333357  0.2000000000000028   F   F   F
  0.0000000000000000  0.3333333333333357  0.2000000000000028   F   F   F
  0.1666666666666643  0.8333333333333357  0.2000000000000028   F   F   F
  0.5000000000000000  0.8333333333333357  0.2000000000000028   F   F   F
  0.8333333333333357  0.8333333333333357  0.2000000000000028   F   F   F
  0.1666666666666643  0.5000000000000000  0.1000000000000014   F   F   F
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.1000000000000014   F   F   F
  0.8333333333333357  0.5000000000000000  0.1000000000000014   F   F   F
  0.3333333333333357  0.0000000000000000  0.1000000000000014   F   F   F
  0.6666666666666643  0.0000000000000000  0.1000000000000014   F   F   F
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.1000000000000014   F   F   F
我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
5楼2011-06-17 06:29:32
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胡同学

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


mazuju028(金币+1): 谢谢交流 2011-06-19 20:05:19
引用回帖:
Originally posted by fly_elephan at 2011-06-16 17:05:16:
对于相当大的体系,采用NSW 和ISIF参数设置是对体系整体进行优化,如INCAR里设置NSW=60,ISIF=4,这样优化会消耗很多时间,所以请老师指点一下,我只想优化指定的几个原子,这样比较节省时间,请问应该 如何设置?

你是用的MedeA的平台吗?那个平台直接用鼠标选,想选那个原子就选哪个,很方便,跟复制粘贴那样简单
人生苦短,抓紧科研,抓紧找对象。
6楼2011-06-19 13:04:58
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fly_elephan

银虫 (小有名气)

谢谢胡同学,我用的是linux服务器上运行的VASP,要在POSCAR里面设置,但是我不会~
7楼2011-06-19 17:53:01
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zz2020

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cavediger at 2011-06-16 17:51:43
In POSCAR:
Selective dynamics
Cart...
固定的原子坐标后加F, 优化的加T...

请问一下 要是加了FFT 但是忘了加selective,最后结果是不是相当于没有固定原子,还是会有什么别的错误?
8楼2015-05-04 09:52:23
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前田庆次

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

只会Selective dynamics这一种方法,这你肯定也会,但是有没有更好的办法呢?
长枪一横花飘零,松风追月伴我行。无双人间世如梦,倾奇万世永留名。
9楼2015-05-04 14:08:20
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蜜茶Erin

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zz2020 at 2015-05-04 09:52:23
请问一下 要是加了FFT 但是忘了加selective,最后结果是不是相当于没有固定原子,还是会有什么别的错误?...

你现在解决了吗,我也想问这个问题
10楼2016-01-22 21:10:43
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