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汕头大学海洋科学接受调剂
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fly_elephan

银虫 (小有名气)

[求助] vasp如何优化指定的几个原子 已有1人参与

对于相当大的体系，采用NSW 和ISIF参数设置是对体系整体进行优化，如INCAR里设置NSW=60,ISIF=4,这样优化会消耗很多时间，所以请老师指点一下，我只想优化指定的几个原子，这样比较节省时间，请问应该 如何设置？
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fly_elephan

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1楼 2011-06-16 17:05:16
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fly_elephan

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-06-16 17:51:43:
In POSCAR:
Selective dynamics
Cart...
固定的原子坐标后加F, 优化的加T

老师，好像不行啊，POSCAR加上Selective dynamics这一行以后运行就提示没有坐标输入，然后就结束运行了，去掉就又可以正常运行了。
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4楼2011-06-16 21:45:57
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cavediger

金虫 (正式写手)
★
gzqdyouxia(金币+1): 谢谢指教 2011-06-17 09:23:38
引用回帖:
Originally posted by fly_elephan at 2011-06-16 17:05:16:
对于相当大的体系，采用NSW 和ISIF参数设置是对体系整体进行优化，如INCAR里设置NSW=60,ISIF=4,这样优化会消耗很多时间，所以请老师指点一下，我只想优化指定的几个原子，这样比较节省时间，请问应该 如何设置？

In POSCAR:
Selective dynamics
Cart...
固定的原子坐标后加F, 优化的加T
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
2楼2011-06-16 17:51:43
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cavediger

金虫 (正式写手)
★ ★
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指教 2011-06-17 09:23:52
引用回帖:
Originally posted by fly_elephan at 2011-06-16 21:45:57:
老师，好像不行啊，POSCAR加上Selective dynamics这一行以后运行就提示没有坐标输入，然后就结束运行了，去掉就又可以正常运行了。

不好意思，Selecvtive....下一行应为Direct，注意大小写，如下格式：
sys=xxx(111)-3xsqrt(3)                     
   3.95230000000000     
     2.1213203435596402    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    1.2247448713915889    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000    5.7735026918962600
   2   2  24
Selective dynamics
Direct
  0.4054863665508025  0.6038497615780062  0.5127573867832839   T   T   T
  0.5920617558781025  0.6036152904937659  0.5130947435711497   T   T   T
  0.1686988009729342  0.8302014593701986  0.4509938979987685   T   T   T
  0.4989110886373112  0.4865867104595148  0.5065596318505045   T   T   T
  0.9917961686555932  0.0028529482852356  0.4031462662986223   F   F   F
  0.3401384914028052 -0.0000687349729184  0.4003163461852405   F   F   F
  0.6682089317001769 -0.0020904650034856  0.3990166341928203   F   F   F
  0.1659233469473287  0.4881067613003330  0.4002903623880371   F   F   F
  0.5041593041669211  0.4949235970280504  0.4011317407648622   F   F   F
  0.8316290404870048  0.4987159636326962  0.3993741797352651   F   F   F
  0.1666666666666643  0.1666666666666643  0.2999999999999972   F   F   F
  0.5000000000000000  0.1666666666666643  0.2999999999999972   F   F   F
  0.8333333333333357  0.1666666666666643  0.2999999999999972   F   F   F
  0.0000000000000000  0.6666666666666643  0.2999999999999972   F   F   F
  0.3333333333333357  0.6666666666666643  0.2999999999999972   F   F   F
  0.6666666666666643  0.6666666666666643  0.2999999999999972   F   F   F
  0.3333333333333357  0.3333333333333357  0.2000000000000028   F   F   F
  0.6666666666666643  0.3333333333333357  0.2000000000000028   F   F   F
  0.0000000000000000  0.3333333333333357  0.2000000000000028   F   F   F
  0.1666666666666643  0.8333333333333357  0.2000000000000028   F   F   F
  0.5000000000000000  0.8333333333333357  0.2000000000000028   F   F   F
  0.8333333333333357  0.8333333333333357  0.2000000000000028   F   F   F
  0.1666666666666643  0.5000000000000000  0.1000000000000014   F   F   F
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.1000000000000014   F   F   F
  0.8333333333333357  0.5000000000000000  0.1000000000000014   F   F   F
  0.3333333333333357  0.0000000000000000  0.1000000000000014   F   F   F
  0.6666666666666643  0.0000000000000000  0.1000000000000014   F   F   F
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.1000000000000014   F   F   F
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
5楼2011-06-17 06:29:32
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胡同学

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
mazuju028(金币+1): 谢谢交流 2011-06-19 20:05:19
引用回帖:
Originally posted by fly_elephan at 2011-06-16 17:05:16:
对于相当大的体系，采用NSW 和ISIF参数设置是对体系整体进行优化，如INCAR里设置NSW=60,ISIF=4,这样优化会消耗很多时间，所以请老师指点一下，我只想优化指定的几个原子，这样比较节省时间，请问应该 如何设置？

你是用的MedeA的平台吗？那个平台直接用鼠标选，想选那个原子就选哪个，很方便，跟复制粘贴那样简单
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人生苦短，抓紧科研，抓紧找对象。
6楼2011-06-19 13:04:58
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