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liyang1533新虫 (初入文坛)
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求助：Gromacs的g_energy另外一种用法 的具体步骤
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在论坛上看到此帖： Gromacs的各个工具都很有个性，如果互相结合，可以做很多事情。 g_energy求系统轨迹各个能量的，一般跑完MD之后，使用g_energy处理ener.edr只能得到系统的各个能量项。但是如果想求系统中两个不同部分在模拟过程中的相互作用能量，那就要使用一些小窍门。 以下是实现的一个方法： 第一，根据原来的tpr文件建立一个新的tpr，在这个新的tpr中，明确定义感兴趣的组。这要用索引文件，见上文。 第二，用mdrun的" -rerun "参数指定原来的轨迹文件再跑一次模拟，这个过程很快。如果还想更快，可以使用trjconv把水分子去掉。这一个重复的模拟也产生轨迹文件，重要的是，还产生一个新的ener.edr文件，这个文件中包含了tpr文件中定义的各个组能量及相互作用能量（库伦相互作用能，范德华相互作用能等）。 第三，再使用g_energy把各个能量项提出来，想要什么提什么。 我在第一步建立新的tpr就出问题了，我的命令是 grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.trr -e npt.edr -n index_ene.ndx -p topol.top -o st.tpr 错误提示：Fatal error: Group Protein not found in indexfile. Maybe you have non-default goups in your .mdp file, while not using the '-n' option of grompp. In that case use the '-n' option. 貌似是mdp文件的问题，但是我不知道改哪里。我改怎么办呢？ 还有麻烦做过这个的LZ们能不能把所有命令的详细步骤下一下呢？ |
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2楼2011-05-17 09:06:18
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御剑江湖(金币+4): 谢谢无私公布解决方法 2011-06-02 18:37:44
御剑江湖(金币+4): 谢谢无私公布解决方法 2011-06-02 18:37:44
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现在我全部弄懂了。将所有命令贴在这里。 trjconv -f ../nowat_sx100.xtc -s ../md_0_1_ext1_200ns.tpr -b 0 -e 100 -o rerun.gro -pbc mol -ur compact make_ndx -f ../md_0_1.tpr -o rerun.ndx cp ../md.mdp . cp ../topol.top . mv md.mdp rerun.mdp mv topol.top rerun.top grompp -f rerun.mdp -c rerun.gro -p rerun.top -n rerun.ndx -o rerun.tpr mdrun -s rerun.tpr -rerun ../nowat_sx100.xtc -deffnm rerun_energy g_energy -f rerun_energy.edr -o 1.xvg |
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