| 查看: 2883 | 回复: 7 | |||
liyang1533新虫 (初入文坛)
|
[求助]
求助：Gromacs的g_energy另外一种用法 的具体步骤
|
|
在论坛上看到此帖： Gromacs的各个工具都很有个性，如果互相结合，可以做很多事情。 g_energy求系统轨迹各个能量的，一般跑完MD之后，使用g_energy处理ener.edr只能得到系统的各个能量项。但是如果想求系统中两个不同部分在模拟过程中的相互作用能量，那就要使用一些小窍门。 以下是实现的一个方法： 第一，根据原来的tpr文件建立一个新的tpr，在这个新的tpr中，明确定义感兴趣的组。这要用索引文件，见上文。 第二，用mdrun的" -rerun "参数指定原来的轨迹文件再跑一次模拟，这个过程很快。如果还想更快，可以使用trjconv把水分子去掉。这一个重复的模拟也产生轨迹文件，重要的是，还产生一个新的ener.edr文件，这个文件中包含了tpr文件中定义的各个组能量及相互作用能量（库伦相互作用能，范德华相互作用能等）。 第三，再使用g_energy把各个能量项提出来，想要什么提什么。 我在第一步建立新的tpr就出问题了，我的命令是 grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.trr -e npt.edr -n index_ene.ndx -p topol.top -o st.tpr 错误提示：Fatal error: Group Protein not found in indexfile. Maybe you have non-default goups in your .mdp file, while not using the '-n' option of grompp. In that case use the '-n' option. 貌似是mdp文件的问题，但是我不知道改哪里。我改怎么办呢？ 还有麻烦做过这个的LZ们能不能把所有命令的详细步骤下一下呢？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 gromacs |
» 猜你喜欢
283求调剂
已经有20人回复
-
求调剂
已经有10人回复
-
材料工程302分求调剂
已经有17人回复
-
一志愿华中农微生物，288分，三年实验经历
已经有10人回复
-
化学工程与技术324调剂
已经有22人回复
-
273求调剂
已经有51人回复
-
材料复试求调剂
已经有18人回复
-
一志愿211，化学学硕，310分，本科重点双非，求调剂
已经有24人回复
-
调剂
已经有9人回复
-
生物学调剂 可调剂到生物与医药
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Gromacs 中 PME 的用法
已经有5人回复
- 【求助】如何使用gromacs中的constraint
已经有8人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
- 【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件
已经有8人回复
- 【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化
已经有4人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【求助】求助Gromacs中关于g_hbond的out文件的问题
已经有10人回复
- 【求助】求GROMACS模拟表面活性剂在油水表面的行为的例子
已经有7人回复
xulinan
木虫 (小有名气)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2564.9
- 散金: 3
- 帖子: 145
- 在线: 96.3小时
- 虫号: 1123245
- 注册: 2010-10-15
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
2楼2011-05-17 09:06:18
liyang1533
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 68.7
- 散金: 40
- 红花: 1
- 帖子: 44
- 在线: 15.8小时
- 虫号: 1115988
- 注册: 2010-10-07
- 专业: 生物大分子结构与功能
★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢无私公布解决方法 2011-06-02 18:37:44
御剑江湖(金币+4): 谢谢无私公布解决方法 2011-06-02 18:37:44
|
现在我全部弄懂了。将所有命令贴在这里。 trjconv -f ../nowat_sx100.xtc -s ../md_0_1_ext1_200ns.tpr -b 0 -e 100 -o rerun.gro -pbc mol -ur compact make_ndx -f ../md_0_1.tpr -o rerun.ndx cp ../md.mdp . cp ../topol.top . mv md.mdp rerun.mdp mv topol.top rerun.top grompp -f rerun.mdp -c rerun.gro -p rerun.top -n rerun.ndx -o rerun.tpr mdrun -s rerun.tpr -rerun ../nowat_sx100.xtc -deffnm rerun_energy g_energy -f rerun_energy.edr -o 1.xvg |
3楼2011-06-02 17:04:54
大赞 4楼2014-06-25 16:15:59
haiyang1234
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 101
- 散金: 53
- 帖子: 100
- 在线: 12.8小时
- 虫号: 4270008
- 注册: 2015-12-06
- 专业: 生物化学
5楼2017-10-23 05:19:02
haiyang1234
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 101
- 散金: 53
- 帖子: 100
- 在线: 12.8小时
- 虫号: 4270008
- 注册: 2015-12-06
- 专业: 生物化学
6楼2017-10-23 05:34:25
向海725
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 898.2
- 散金: 500
- 帖子: 537
- 在线: 141.2小时
- 虫号: 4302844
- 注册: 2015-12-21
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
7楼2021-07-21 15:06:57
向海725
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 898.2
- 散金: 500
- 帖子: 537
- 在线: 141.2小时
- 虫号: 4302844
- 注册: 2015-12-21
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
8楼2021-08-18 17:08:09
