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siesta运行出错！！！
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siesta运行时出现如下错误，望高手解答！ * ProcessorY, Blocksize: 1 24 k-point displ. along 3 input, could be: 0.00 0.50 Kpoints in: 2 . Kpoints trimmed: 2 siesta: k-point coordinates (Bohr**-1) and weights: siesta: 1 0.000000 0.000000 0.000000 0.500000 siesta: 2 0.000000 0.000000 0.156111 0.500000 siesta: k-grid: Number of k-points = 2 siesta: k-grid: Cutoff (effective) = 10.649 Ang siesta: k-grid: Supercell and displacements siesta: k-grid: 1 0 0 0.000 siesta: k-grid: 0 1 0 0.000 siesta: k-grid: 0 0 2 0.000 ABORT(FOX) Tried to add text section in wrong place: 1 abort: |
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zhangguangping
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2楼2011-05-16 02:41:06
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输入文件如下 此外说明一下，原来是可以计算的，后来重新编译了一下就出现上述错误 # t SystemName d SystemLabel d NumberOfAtoms 96 NumberOfSpecies 2 %block ChemicalSpeciesLabel 1 8 O 2 22 Ti %endblock ChemicalSpeciesLabel PAO.EnergyShift 100 meV PAO.BasisType split PAO.BasisSize DZP LatticeConstant 1.0 Ang # Lattice constant alat %block LatticeVectors # Lattice vectors, in units of alat 25.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 25.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 10.649200000000000 %endblock LatticeVectors #kgrid_cutoff 20. Ang %block kgrid_Monkhorst_Pack 1 0 0 0.0 0 1 0 0.0 0 0 2 0.0 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack # SPIN options xc.functional GGA # Exchange-correlation functional xc.authors PBE # Exchange-correlation version SpinPolarized F # Logical parameters are: yes or no FixSpin F TotalSpin 0.0 NonCollinearSpin F # 'T', 'F' MeshCutoff 200. Ry # Equivalent plane wave cutoff for the grid LongOutput true # SCF options DM.Tolerance 1.d-4 # Tolerance in maximum difference between input and output DM MaxSCFIterations 300 # Maximum number of SCF iter DM.UseSaveDM T # to use continuation files DM.MixingWeight 0.25 # New DM amount for next SCF cycle DM.NumberPulay 5 DM.MixSCF1 F DM.PulayOnFile F # Store in memory ('F') or in files ('T') # NeglNonOverlapInt T # 'F'=do not neglect SolutionMethod Diagon # OrderN or Diagon ElectronicTemperature 300 K # Temp. for Fermi smearing # MD options MD.TypeOfRun CG # Type of dynamics: MD.VariableCell T MD.NumCGsteps 300 # Number of CG steps for coordinate optimization ZM.UnitsLength Ang #the units of length used during Z-matrix input ZM.UnitsAngle deg #the units of angles used during Z-matrix input ZM.ForceTolLength 0.02 eV/Ang #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix lengths ZM.ForceTolAngle 0.00356549 Ry/rad #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix angles ZM.MaxDisplLength 0.1 Ang # controls the maximum change in a Zmatrix length during an optimisation step ZM.MaxDisplAngle 0.003 rad # controls the maximum change in a Z-matrix angle during an optimisation step ZM.CalcAllForces T # Default value AtomicCoordinatesFormat Ang # Format for inates %block Zmatrix cartesian %endblock Zmatrix #WriteWaveFunctions T # coefficients of the wavefunctions in the basis set orbitals expansion #WaveFuncKPointsScale ReciprocalLatticeVectors #%block WaveFuncKPoints #0.000 0.000 0.000 from 1 to 14 # Gamma wavefuncs 1 to 10 #%endblock WaveFuncKPoints # Output options WriteCoorInitial T WriteCoorStep T WriteCoorXmol T WriteForces T WriteEigenvalues F # If .false., it writes them in the file Systemlabel.EIG WriteMullikenPop 1 # Write Mulliken Population Analysis #WriteKpoints T #WriteKbands T #WriteBands T WriteMDCoorXmol T WriteMDhistory T # Options for saving or reading information MD.UseSaveZM T # Use stored positions and velocities MD.UseSaveCG T # Use stored positions and velocities SaveRho T # Write valence pseudocharge at the mesh SaveDeltaRho T # Write RHOscf-RHOatm at the mesh SaveElectrostaticPotential T # Write the total elect. pot. at the mesh # (local pseudopotential + Hartree) SaveTotalPotential T # write the valence total effective local potential # (local pseudopotential + Hartree + Vxc) WriteSiestaDim T # Write minimum dim to siesta.h and stop WriteDenchar T # Write information for DENCHAR |
3楼2011-05-16 09:21:40
zhangguangping
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【答案】应助回帖
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kuku6666(金币+3): 是的，对每一个任务都这样！我该了一下系统时间，就出现这个问题了，是不是跟着个也有关啊，还是都重新编译一下，从最开始？ 2011-05-16 10:39:30
kuku6666(金币+5): 兄弟，谢谢！哈哈 2011-05-16 10:45:33
zzy870720z(金币+2): 谢谢zhang兄指教 2011-05-16 10:54:59
kuku6666(金币+3): 是的，对每一个任务都这样！我该了一下系统时间，就出现这个问题了，是不是跟着个也有关啊，还是都重新编译一下，从最开始？ 2011-05-16 10:39:30
kuku6666(金币+5): 兄弟，谢谢！哈哈 2011-05-16 10:45:33
zzy870720z(金币+2): 谢谢zhang兄指教 2011-05-16 10:54:59
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那就用原来的版本算。另外你现在的版本对每一个任务都出错还是只对你这一个任务出错。如果对每一个任务出错，说明你的这个编译版本有问题。如果是后者，那么对照一下两个输入文件之间的差别。 |
4楼2011-05-16 10:30:37