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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » siesta运行出错！！！
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kuku6666

银虫 (小有名气)

[求助] siesta运行出错！！！

siesta运行时出现如下错误，望高手解答！

* ProcessorY, Blocksize:    1  24

k-point displ. along   3 input, could be:     0.00    0.50
Kpoints in:            2 . Kpoints trimmed:            2

siesta: k-point coordinates (Bohr**-1) and weights:
siesta:    1    0.000000    0.000000    0.000000       0.500000
siesta:    2    0.000000    0.000000    0.156111       0.500000

siesta: k-grid: Number of k-points =     2
siesta: k-grid: Cutoff (effective) =    10.649 Ang
siesta: k-grid: Supercell and displacements
siesta: k-grid:    1   0   0      0.000
siesta: k-grid:    0   1   0      0.000
siesta: k-grid:    0   0   2      0.000
ABORT(FOX)
Tried to add text section in wrong place: 1
abort:
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1楼 2011-05-16 00:33:40
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢建议 2011-05-16 08:51:03
引用回帖:
Originally posted by kuku6666 at 2011-05-15 17:33:40:
siesta运行时出现如下错误，望高手解答！

* ProcessorY, Blocksize:    1  24

k-point displ. along   3 input, could be:     0.00    0.50
Kpoints in:            2 . Kpoints trimmed:            2
...

贴一下输入文件。这样大家更好帮助你找错。如果不便于公开计算的体系，可以将元素符号block部分去掉。
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弘德明志博学笃行
2楼2011-05-16 02:41:06
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kuku6666

银虫 (小有名气)
输入文件如下
此外说明一下，原来是可以计算的，后来重新编译了一下就出现上述错误
#  t

SystemName          d
SystemLabel         d

NumberOfAtoms       96
NumberOfSpecies     2

%block ChemicalSpeciesLabel
1  8   O
2  22  Ti
%endblock ChemicalSpeciesLabel


PAO.EnergyShift    100 meV

PAO.BasisType    split   
     
PAO.BasisSize    DZP




LatticeConstant    1.0 Ang   # Lattice constant alat

%block LatticeVectors               # Lattice vectors, in units of alat
25.000000000000000      0.000000000000000       0.000000000000000
0.000000000000000      25.000000000000000       0.000000000000000
0.000000000000000       0.000000000000000      10.649200000000000
%endblock LatticeVectors


#kgrid_cutoff                        20. Ang


%block kgrid_Monkhorst_Pack
1 0 0   0.0
0 1 0   0.0
0 0 2   0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack


# SPIN options

xc.functional         GGA             # Exchange-correlation functional
xc.authors            PBE             # Exchange-correlation version
SpinPolarized         F               # Logical parameters are: yes or no
FixSpin               F
TotalSpin             0.0   
NonCollinearSpin      F                       # 'T', 'F'
MeshCutoff            200. Ry                  # Equivalent plane wave cutoff for the grid

LongOutput   true

# SCF options

DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference between input and output DM
MaxSCFIterations       300          # Maximum number of SCF iter
DM.UseSaveDM           T            # to use continuation files
DM.MixingWeight       0.25          # New DM amount for next SCF cycle
DM.NumberPulay         5
DM.MixSCF1             F
DM.PulayOnFile         F            # Store in memory ('F') or in files ('T')
# NeglNonOverlapInt    T            # 'F'=do not neglect
SolutionMethod        Diagon        # OrderN or Diagon
ElectronicTemperature  300 K         # Temp. for Fermi smearing

# MD options

MD.TypeOfRun           CG            # Type of dynamics:
MD.VariableCell        T
MD.NumCGsteps          300           # Number of CG steps for coordinate optimization
ZM.UnitsLength         Ang           #the units of length used during Z-matrix input  
ZM.UnitsAngle          deg           #the units of angles used during Z-matrix input
ZM.ForceTolLength      0.02 eV/Ang   #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix lengths
ZM.ForceTolAngle       0.00356549 Ry/rad     #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix angles
ZM.MaxDisplLength      0.1  Ang      # controls the maximum change in a Zmatrix length during an optimisation step
ZM.MaxDisplAngle       0.003 rad     # controls the maximum change in a Z-matrix angle during an optimisation step
ZM.CalcAllForces       T             # Default value


AtomicCoordinatesFormat    Ang  # Format for inates
%block Zmatrix
cartesian

%endblock Zmatrix

#WriteWaveFunctions        T            # coefficients of the wavefunctions in the basis set orbitals expansion     
#WaveFuncKPointsScale     ReciprocalLatticeVectors
#%block WaveFuncKPoints
#0.000 0.000 0.000 from    1 to 14      # Gamma wavefuncs 1 to 10
#%endblock WaveFuncKPoints

# Output options

WriteCoorInitial          T
WriteCoorStep             T
WriteCoorXmol             T
WriteForces               T
WriteEigenvalues          F            # If .false., it writes them in the file Systemlabel.EIG
WriteMullikenPop          1            # Write Mulliken Population Analysis
#WriteKpoints             T
#WriteKbands              T
#WriteBands               T
WriteMDCoorXmol           T
WriteMDhistory            T

# Options for saving or reading information
                             
MD.UseSaveZM                T     # Use stored positions and velocities
MD.UseSaveCG                T     # Use stored positions and velocities
SaveRho                     T     # Write valence pseudocharge at the mesh
SaveDeltaRho                T     # Write RHOscf-RHOatm at the mesh
SaveElectrostaticPotential  T     # Write the total elect. pot. at the mesh
                                  # (local pseudopotential + Hartree)
SaveTotalPotential          T     # write the valence total effective local potential
                                  # (local pseudopotential + Hartree + Vxc)
WriteSiestaDim              T     # Write minimum dim to siesta.h and stop
WriteDenchar                T     # Write information for DENCHAR
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3楼2011-05-16 09:21:40
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
kuku6666(金币+3): 是的，对每一个任务都这样！我该了一下系统时间，就出现这个问题了，是不是跟着个也有关啊，还是都重新编译一下，从最开始？ 2011-05-16 10:39:30
kuku6666(金币+5): 兄弟，谢谢！哈哈 2011-05-16 10:45:33
zzy870720z(金币+2): 谢谢zhang兄指教 2011-05-16 10:54:59
引用回帖:
Originally posted by kuku6666 at 2011-05-16 02:21:40:
输入文件如下
此外说明一下，原来是可以计算的，后来重新编译了一下就出现上述错误
#  t

SystemName          d
SystemLabel         d

NumberOfAtoms       96
NumberOfSpecies     2

%block Chemi ...

那就用原来的版本算。另外你现在的版本对每一个任务都出错还是只对你这一个任务出错。如果对每一个任务出错，说明你的这个编译版本有问题。如果是后者，那么对照一下两个输入文件之间的差别。
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弘德明志博学笃行
4楼2011-05-16 10:30:37
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