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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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shenailin

木虫 (正式写手)

[求助] 怎么计算离解能？

想要计算胞嘧啶AT碱基对质子化后的结构ATH+的离解能（dissociation energy)。用De=E(AT)-E(AH+)-E(T)对吗？如果对的话，需要求的三个能量都是优化得到的吗？
还是后面两个能量只需计算单点能？因为我在优化过程中AH+结构变化会很大（H+移到了另外的原子上），请高手指教？多谢您！
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1楼 2011-04-28 08:32:31
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奔鲨

铁虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
shenailin(金币+1): 2011-04-28 14:11:18
小红豆(金币+2): 感谢交流！ 2011-04-29 11:17:49
BDE的论文那么多，随便看两篇就会了
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to realize something, never complain too much about the effort, you have no right to say you don't like.
2楼2011-04-28 09:37:18
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hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
shenailin(金币+5): 2011-04-28 14:11:50
小红豆(金币+2): 感谢交流！ 2011-04-29 11:17:55
简单的相加相减 然后具体的优化可以用一部分固定 来得到相应的能量
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3楼2011-04-28 11:29:11
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shenailin

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hexinchem at 2011-04-28 11:29:11:
简单的相加相减 然后具体的优化可以用一部分固定 来得到相应的能量

意识是说用De=E(ATH+)-E(AH+)-E(T)这个公式计算是对的吗？
计算E(ATH+)和E(T)的时候必须是优化，而不能是计算单点能对吗？
优化过程中要是结构形变大的话就用固定一部分键长命令优化对吗？
请指教？
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4楼2011-04-28 14:16:01
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shenailin

木虫 (正式写手)
问题太简单了吗？没人回答我啊？那位高手指点一下吧！
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5楼2011-04-28 14:39:49
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奔鲨

铁虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
shenailin(金币+1): 2011-04-28 15:21:59
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-04-29 11:03:18
小红豆(金币+2): 感谢交流！ 2011-04-29 11:18:07
引用回帖:
Originally posted by shenailin at 2011-04-28 14:16:01:
意识是说用De=E(ATH+)-E(AH+)-E(T)这个公式计算是对的吗？
计算E(ATH+)和E(T)的时候必须是优化，而不能是计算单点能对吗？
优化过程中要是结构形变大的话就用固定一部分键长命令优化对吗？
请指教？

如果你的分子大，建议用合理的方法和基组，先用小的预优化，再用大的，
如果涉及氢键，建议多用几种比较
键解离能和键解离焓差不多，具体你看看硕博论文，很有启发的
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to realize something, never complain too much about the effort, you have no right to say you don't like.
6楼2011-04-28 14:40:00
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shenailin

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 奔鲨 at 2011-04-28 14:40:00:
如果你的分子大，建议用合理的方法和基组，先用小的预优化，再用大的，
如果涉及氢键，建议多用几种比较
键解离能和键解离焓差不多，具体你看看硕博论文，很有启发的

我的整个体系都用同样的方法计算完了，到离解能分析这，一优化单个结构就发生形变。楼主越说我越迷惑了！
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7楼2011-04-28 15:26:12
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奔鲨

铁虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
shenailin(金币+3): 2011-04-28 17:19:08
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-04-29 11:03:43
小红豆(金币+2): 感谢交流！ 2011-04-29 11:18:17
引用回帖:
Originally posted by shenailin at 2011-04-28 15:26:12:
我的整个体系都用同样的方法计算完了，到离解能分析这，一优化单个结构就发生形变。楼主越说我越迷惑了！

形变很正常啊，分子变成自由基，几何结构是要发生变化的
比如甲烷变成CH3，就变成平面了
理解能就是焓变的差值
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8楼2011-04-28 15:31:58
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hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
shenailin(金币+3): 2011-04-28 17:15:15
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-04-29 11:03:58
引用回帖:
Originally posted by shenailin at 2011-04-28 14:16:01:
意识是说用De=E(ATH+)-E(AH+)-E(T)这个公式计算是对的吗？
计算E(ATH+)和E(T)的时候必须是优化，而不能是计算单点能对吗？
优化过程中要是结构形变大的话就用固定一部分键长命令优化对吗？
请指教？

楼上正解，是要优化，几个部分和总体都要优化，同时，计算焓变的差值
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9楼2011-04-28 16:32:50
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shenailin

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hexinchem at 2011-04-28 16:32:50:
楼上正解，是要优化，几个部分和总体都要优化，同时，计算焓变的差值

那对于结构变化问题，必须要固定一些键吗？这样计算出来的能量可靠吗？焓变的差值怎样计算，能说详细一些吗？不好意思刚刚开始做这方面的东西，很无知！每次都是把输出文件中的HF能量提出来进行分析加减。
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10楼2011-04-28 17:18:27
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