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shenailin

木虫 (正式写手)

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[求助] 怎么计算离解能？

想要计算胞嘧啶AT碱基对质子化后的结构ATH+的离解能（dissociation energy)。用De=E(AT)-E(AH+)-E(T)对吗？如果对的话，需要求的三个能量都是优化得到的吗？
还是后面两个能量只需计算单点能？因为我在优化过程中AH+结构变化会很大（H+移到了另外的原子上），请高手指教？多谢您！

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1楼 2011-04-28 08:32:31

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

奔鲨

铁虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
shenailin(金币+1): 2011-04-28 15:21:59
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-04-29 11:03:18
小红豆(金币+2): 感谢交流！ 2011-04-29 11:18:07

引用回帖:

Originally posted by shenailin at 2011-04-28 14:16:01:
意识是说用De=E(ATH+)-E(AH+)-E(T)这个公式计算是对的吗？
计算E(ATH+)和E(T)的时候必须是优化，而不能是计算单点能对吗？
优化过程中要是结构形变大的话就用固定一部分键长命令优化对吗？
请指教？

如果你的分子大，建议用合理的方法和基组，先用小的预优化，再用大的，
如果涉及氢键，建议多用几种比较
键解离能和键解离焓差不多，具体你看看硕博论文，很有启发的